ARB
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z | _
  A  
CompareByLength   GroupNameQueryKey   ReadSeqVars   ali_pt_member   
Complement   GroupPenalty   RealignAttempt   alist   
AbsLoc   ComplementLocation   GroupRename_callenv   Realigner   apd_sequence   
AdaptedAlignmentTransporter   CompountT   GroupSearch   RecalcNeeded   arb_handlers   
AISC_Object   CompountT< R()>   GroupSearchCommon   RecordingMacro   arb_params   
ALI_ALIGNER   CompountT< R(P1)>   GroupSizeKey   Rectangle (AW)   arb_prm_struct   
ALI_ALIGNER_CONTEXT   CompountT< R(P1,...)>   GroupUIdata   RefContainer   arb_progress   
ALI_ARBDB   CompountT< T & >   GroupXfer_callenv   Reference   arb_r2a_pro_2_nuc   
ALI_GLOBAL   CompountT< T * >   GroupZombiesKey   References   arb_r2a_pro_2_nucs   
ALI_MAP   CompountT< T C::* >   
  H  
ReferringEntriesHandler (RefEntries)   arb_status_implementation   
ALI_NORM_SEQUENCE   CompountT< T[]>   RefPtr   arb_suppress_progress   
ALI_PATHMAP   CompountT< T[N]>   HasLevelSmallerThan   Refs   asserter (arb_test)   
ALI_PREALIGNER   CompressionRoot   HasntCurrentClusterPrefix   RefSelector (RefEntries)   auto_delete_array_ptr   
ALI_PREALIGNER_CONTEXT   ConfigDefinition   Header   RegExpr   auto_delete_ptr   
ALI_PROFILE   ConfigDeleter   HeaderList   RegFieldSelection   auto_free_ptr   
ALI_PROFILE_CONTEXT   ConfigMapping   HelixNrInfo   RegMatch   aw_stg_struct   
ALI_PT   ConfigModifier   Helpfile   RequiresActionTracker   aw_toggle_data   
ALI_PT_CONTEXT   ConfigRenamer   Hit   ResourceStack   aw_xargs   
ALI_selection   Consensus   HitCounter   RNA3D_Global   awar_vars   
ALI_sellst_spec   ConsensusBuildParams   Host (ARB_type_traits)   RNA3D_Graphics   awModDef   
ALI_SEQUENCE   ConsensusReference   Hs_struct   RootAsWindowCallback   awt_assignment   
ALI_SUB_SOLUTION   ConsensusTree   
  I  
RSpecSet   awt_check_box   
ALI_TARRAY   ConsensusTreeBuilder   Rule (FieldTransfer)   awt_hotkeys   
ALI_TLIST   ConstParamT   ID_checker   RulerScaler   awt_input_field   
ALI_TLIST_ELEM   ConstParamT< T * >   IfThenElseType   RuleSet (FieldTransfer)   awt_input_handler   
ALI_TSTACK   ConstParamT< void >   IfThenElseType< false, T, F >   
  S  
awt_input_mask_global   
AliAdmin   ConstStrArray   IfThenElseType< true, T, F >   awt_input_mask_id_list   
AliApplicable   ConsumeUDC   Importer   S_cfgLine   awt_item_type_selector   
AliAutoFormatCommand   ConsumeUDC< T, false >   ImportFieldScanner   S_Frand   awt_linked_to_item   
AliChange   ConsumeUDC< void, convert_possible >   ImportSession   S_RNS   awt_mask_action   
AliCompositeCommand   Convaln_exception   ImportTestData   S_Spreading   awt_mask_awar_item   
AliData   ConvertibleData   InfoWindow   SAI_graphic   awt_mask_item   
AliDataSlice   Counted   InfoWindowRegistry   SAI_selection   awt_numeric_input_field   
AliDeleteCommand   CurrSpecies   InputFileError   SAI_sellst_spec   awt_radio_button   
AliEditCommand   CursorPos   InputFormat   SAI_string_builder   awt_string_handler   
AliEditor   
  D  
InsertData   SaiAciApplicator   awt_text_viewport   
AliEntryCounter   Insertions   SaiBoolchainOperator   awt_variable   
AlignBuffer   Data   InsertPerfMeter   SaiBoolRule   awt_viewport   
AlignDataAccess   DataLoc   Int   SaiCalcEnv   awXKeymap   
Aligner   DB_scalable   Interpreter   SaiCalculator   awXKeymap_modfree   
Alignment   DBerror   IRS_data   SaiOperator   
  b  
AlignmentReference   DBID   IsCallback   Sampler   
AlignmentTransporter (FieldTransfer)   DbQuery (QUERY)   IsClassT   Scaler   binop_pair   
AlignParams   DbScanner   IsEnumT   ScopedTransporter   bytestring   
AliInsertCommand   DBwriter   IsFunctionT   SCP_Less   
  c  
AliNameAndType   DecisionTree   IsFundaT   ScrollSynchronizer   
AliView   DefinedCommands   IsSpecificCallback   SearchAwarList   cached_taxonomy   
Ambiguity (chartable)   DelayReshade   IsSpecificHierarchyCallback   SearchedTree   case_op   
AN_gl_struct   Deletable   Item   SearchFIFO   PT_statistic::chain_head_mem   
Angle (AW)   DendroSubtreeLimits   ItemClonedByRuleSet (FieldTransfer)   SearchParameter   charpLess   
AngleBuffer   DepthMarker   Itemfield_Selection   SearchRelativeParams   cilist   
AP_combinableSeq   Desco (validNames)   ItemFieldShader   SearchRelativesReference   client_msg_queue   
AP_DefaultTreeShader   DesignTargets   ItemShader   SearchSettings   cllist   
AP_filter   DI_ENTRY   
  J  
SearchTree   cmp_candidates   
AP_main   DI_GLOBAL_MATRIX   SearchTreeNode   cmp_Rectangles   
AP_matrix   DI_MATRIX   JoinedLocation   SEC_base   color_save_data   
AP_pos_var   Dict   
  K  
SEC_base_iterator   column   
AP_rates   DictData   SEC_base_part   common_filter_params   
AP_sequence   DictTree   Keeper   SEC_base_part_iterator   comparator   
AP_sequence_simple_protein   DiffLines   KeyInfo   SEC_bond_def   compare_by_criteria   
AP_smatrix   DisplayFormat   KeySorter   SEC_constrainted   complex   
AP_STACK   DistanceCounter   KL_params   SEC_db_interface   consensus_result   
AP_subtree   Distributor   KL_Settings   SEC_dbcb   containing (arb_test)   
AP_tree   DNA_Table   
  L  
SEC_displayParams   copy (arb_test)   
AP_tree_edge   DontTransportAlignment   SEC_drawn_positions   copy< const char * > (arb_test)   
AP_tree_folding   Dots   Label   SEC_oriented   copy< copy< T > > (arb_test)   
AP_tree_members   Dragged   Lazy   SEC_region   count_mutpsite   
AP_tree_root   DragNDrop   LazyAliData   SEC_root   count_nothing   
AP_TreeShader   DupCriteria   LazyFloat   SEC_segment_iterator   count_unweighted   
AP_userdef_matrix   DuplicateLinkFilter   LazyPersistantFlag   SEC_seq_data   count_weighted   
AP_weights   DupNameCriterion   LeafRelation   SEC_strand_const_iterator   counter   
ARB_countedTree   
  E  
TreeNode::LengthCollector   SEC_strand_iterator   counter (ArbProgress)   
ARB_edge   LikelihoodRanges   SEC_structure_toggler   cursorpos   
ARB_ERROR   ED4_abstract_group_manager   LimitedTime   SelectedDatabase   custom_dealloc_ptr   
ARB_inc_sleep   ED4_abstract_sequence_terminal   LimitTracker   SelectionListSpec   customCriterion   
ARB_init_perl_interface   ED4_area_manager   LineAttachedMessage   SepBaseFreq (chartable)   
  d  
ARB_seqtree   ED4_base   LineBuf   Seq   
ARB_seqtree_root   ED4_base_position   LinePart   SeqInfo   db_interrupt_data   
ARB_TIME   ED4_block   LineQueue   SeqPart   debug_asserter (arb_test)   
ARB_timeout   ED4_block_operator   LineReader   Sequence   dereference   
ARB_timestamp   ED4_bracket_terminal   LineVector (AW)   SequenceAliData   dereference< T * >   
ARB_tree_info   ED4_cb_list   Link   SequenceBuffer   dereference< T *const >   
ARB_tree_predicate   ED4_consensus_sequence_terminal   List   SequenceHandler   di_protdist   
ArbCachedString   ED4_container   ListDisplayRow   SequenceIterator   diff_params   
ARBDB_memory_manager   ED4_coords   LoadSaveSearchParam   SequencePosition   different_types   
ArbDBWriter   ED4_cursor   LocallyModify   SetOnce   difflineMode   
ArbImporter   ED4_CursorShape   Location   Setup (iupac)   disallow_type   
ArbMatchResult   ED4_device_manager   LocationEditor   SetVariables   dot_insert_stat   
ArbMatchResultsManager   ED4_Edit_String   LongBranchMarker   ShaderPlugin   double_xfer   
ArbParsimony   ED4_extension   LooseBases   ShallBeDeleted   doublecomplex   
ArbPC_Context   ED4_foldable   LowDataCheck   ShowHelix_cd   drawdata   
ArbPM_Context   ED4_folding_line   
  M  
SimpleFormatReader   dt_bondssum   
ArbProbe   ED4_group_manager   SimpleLocation   
  e  
ArbProbeCollection   ED4_host   MackeParser   SimpleRoot   
ArbProbeMatchWeighting   ED4_line_terminal   MackeReader   SimpleTester   ed_key   
ArbRefCount   ED4_list   MacroRecorder   SingleDictTree   epsilon_similar (arb_test)   
ArbStringCache   ED4_list_elem   MacroTalkSleep   SizeAwarable   equals   
ArbTcpDat   ED4_LocalWinContext   MarkedPrefixes   SizeAwareRoot   expectation (arb_test)   
ArbWriteFile_Context   ED4_manager   MarkerDisplay   SizedBufferPtr   expectation_group (arb_test)   
ArgParser   ED4_MostRecentWinContext   MarkerIdentifier   SizedCstr   export_environment   
AttributeParser   ED4_move_info   MarkerPosition   SizeOverOne   export_format   
AutoMatchSettings   ED4_multi_name_manager   MarkerXPos   SlaveCanvas   export_sequence_data   
AvailableFieldScanner   ED4_multi_sequence_manager   MaskCommandDefinition   SlaveCanvas_internal   
  f  
AW_area_management   ED4_multi_species_manager   MasterCanvas   SmartPtr   
AW_at   ED4_name_manager   MasterSequence   Smoother   fallbacks   
AW_at_auto   ED4_objspec   MatchingOligo   Socinf   filter_params   
AW_at_maxsize   ED4_objspec_registry   MatchRequest   Sonde   for_data   
AW_at_size   ED4_orf_terminal   MatrixDisplay   Sondentopf   format_props   
AW_at_storage   ED4_plugin_host   MatrixOrder   SortByTopo   formatTable   
AW_awar   ED4_reference   MaxBond   SortClusterIDsBy   fragment   
AW_buttons_struct   ED4_reference_terminals   MemBlock   SortedFreq   
  g  
AW_cb   ED4_remap   MemBlockManager   Spec (TreeAdmin)   
AW_CL_castableType   ED4_root   MemDump   SpeciesConcatenateList   g_b_undo_entry   
AW_click_cd   ED4_root_group_manager   Memory   SpeciesFlag   g_b_undo_gbd   
AW_clicked_box   ED4_scroll_links   MergeFieldScanner   SpeciesFlags   g_b_undo_header   
AW_clicked_element   ED4_scroll_picture   MessageAttachable   SpeciesInTwoTrees   g_b_undo_list   
AW_clicked_line   ED4_scrolled_rectangle   MetaInfo   SpeciesMergeList   g_b_undo_mgr   
AW_clicked_text   ED4_SearchPosition   MetaTag   SpeciesSelector   gb_buffer   
AW_clip_scale_stack   ED4_SearchResults   MetaTagTranslator   SpecificAliData   gb_cache   
AW_clipable   ED4_selection_entry   MG_remap   SpecificGap   gb_cache_entry   
AW_common   ED4_seq_colors   MG_remaps   SpecSet   gb_callback   
AW_common_Xm   ED4_sequence_manager   Mismatches   SpecSetRegistry   gb_callback_list   
AW_DB_selection   ED4_sequence_terminal   MismatchWeights   Splits   gb_compress_list   
AW_device   ED4_species_pointer   MITuple   Spoolable   gb_compress_tree   
AW_device_size   ED4_terminal   MO_Liste   SpoolableColor   gb_data_base_type_union   
AW_event   ED4_TerminalPredicate   MO_Mismatch   SpoolableString   gb_data_base_type_union2   
AW_font_group   ED4_text_terminal   ModRLimit   SPOOLER   gb_data_list   
AW_font_limits   ED4_update_info   MostLikelySeq   SQ_ambiguities   gb_db_extended   
AW_font_overlap   ED4_WinContext   MostUsedPos   SQ_GroupData   gb_exitfun   
AW_GC   ED4_WinContextFree   MP_list_elem   SQ_GroupData_Impl   gb_extern_data   
AW_GC_config   ED4_window   MP_Main   SQ_GroupData_PRO   gb_extern_data2   
AW_gc_manager   ED4_work_info   MP_Window   SQ_GroupData_RNA   gb_flag_types   
AW_GC_set   EdgeBetween   MultiFastaWriter   SQ_helix   gb_flag_types2   
AW_GC_Xm   EdgeChain   MultiFieldReader   SQ_physical_layout   gb_flag_types3   
AW_helix   EdgeDistances   Multitype   SQ_weights   gb_header_flags   
AW_hsv   EdgeFinder   MutableBoundItemSel   ST_base_vector   gb_header_list   
AW_option_menu_struct   EditedTerminal   MutableItemSelector   ST_Container   gb_hierarchy_callback   
AW_rgb16   EG2PS_data   MutationsPerSite   ST_ML   gb_hierarchy_callback_list   
AW_rgb_diff   EmblImporter   Mutex   ST_rate_matrix   gb_hierarchy_location   
AW_rgb_normalized   EmblParser   
  N  
Stack   gb_if_entries   
AW_root   Emblref   StackFrameData   gb_index_files   
AW_root_cblist   EmblSwissprotReader   NA_Alignment   StateStack   gb_Key   
AW_root_Motif   EntryRemover   NA_Sequence   StaticCode (arb_test)   gb_local_data   
AW_scalar   Error   NamedCommand   StaticData   gb_map_header   
AW_ScalerTransformer   ErrorOr   NameInformation   StorableSelectionList   gb_pending_callbacks   
AW_screen_area   ExecutingMacro   Namelist   Store_species   gb_quick_save   
AW_selection   EXP_item_type_species_selector   NameServerConnection   StrandPositionData   gb_scandir   
AW_selection_list   ExplicitQueryKey   NestingLevelKey   StrictlyAliased_BasePtrRef   gb_server_data   
AW_selection_list_entry   ExplicitRange   NN_GlobalData   StrictlyTypedCallback   gb_transaction_save   
AW_selection_list_iterator   ExplicitReference   NoCaseCmp   StringParser   gb_triggered_callback   
AW_simple_device   ExportFieldScanner   Node   Struct2Dinfo   gb_user   
AW_size_tracker   ExportFieldTracker   NodeInsertOrder   Struct2Dplus3D   gbb_Cluster   
AW_stylable   ExportFormatInfo (SEQIO)   NodeLeafDistance   Struct3Dinfo   gbb_data   
AW_subset_selection   Expression   NodeMarkers   Structure3D   gbb_freedata   
AW_timer_cb_struct   
  F  
NodeStack   StrUniquifier   gbcmc_comm   
AW_toggle_field_struct   NodeState   Subinfo   gbcms_create   
AW_trackPositions_device   FailedAt   NodeTextBuilder   SuppressOutput   gbcms_delete_list   
AW_trackSpecies_device   FamilyFinder   Noncopyable   SymmetricMatrixMapper   gbdata_offset   
AW_var_target   FamilyList   NoSuchCommand   SymPart   gbdByKey   
AW_widget_refresh_cb   FamilyStat   Not   
  T  
gbl_param (GBL_IMPL)   
AW_widget_value_pair   FastAlignInsertion   NoTuple   gbm_data   
AW_window   FastAlignReport   NSONS   Tab   gbm_pool   
AW_window_menu   FastSearchOccurrence   NT_global   TaggedContentParser   gbm_table   
AW_window_menu_modes   FastSearchSequence   NT_NODE   TargetGroup   gbs_hash_entry   
AW_window_menu_modes_opengl   Feature   NT_TreeShader   TargetItem   gbt_renamed   
AW_window_message   FeatureLine   NtreeCommandLine   Test   gc_desc   
AW_window_Motif   FieldReader   Nuc_Group (iupac)   TextRef   gc_range   
AW_window_simple_menu   FieldSelDef   NullTracker   Texture2D   gde_database_access   
AW_world   FieldTracker   
  O  
TimedCombines   gde_iteminfo   
AW_xfig   File_selection   TimeStamp   gene_container_changed_cb_data   
AW_xfig_line   FileContent   O_gbdByKey   Token   gene_part_pos   
AW_xfig_pos   FileWatch   Oligo   TokenList   gene_struct   
AW_xfig_text   FileWriter   OligoRegistry   TokenListBlock   gl_struct   
AW_zoomable   FillStyle (AW)   OpenGLGraphics   TokenMatcher   group_folding   
AWT_auto_refresh   FilterDefinition   OptiPerfMeter   TopologyShader   group_match (arb_test)   
AWT_canvas   FilteredExport   OrgInfo   TrackedAwarChange   group_scaling   
AWT_Codon_Code_Definition   FINAL_TYPE   Ostring   TrackedFile   
  h  
AWT_command_data   FINAL_TYPE (arb_test)   OutgroupMatcher   TrackedFiles   
AWT_config   Flag   Output   Translator   has_base_at   
AWT_config_definition   FlagLayout   OutputFormat   TransportedData (FieldTransfer)   has_been_deleted   
AWT_config_mapping_def   FormatReader   
  P  
TransTables   has_id   
AWT_configuration   FormattedFile   TraversalHitLimit   hash   
AWT_configuration_selection   Formatter   Package   TREE_canvas   hash_entry   
AWT_distance_meter   FormatTester   PaintData   TREE_canvas_registry   hasSequence   
AWT_graphic   ForwardParamT   PaintedNode   TREE_node_text_gen   hasType   
AWT_graphic_event   ForwardParamT< T * >   Pair   TreeAwarRegistry   helix_pair_def   
AWT_graphic_exports   ForwardParamT< void >   PairDefinition   TreeInfo   helix_stack   
AWT_graphic_parsimony   FoundGroup   PaperFormat   TreeNode   hits_sort_params   
AWT_graphic_tree   FrameStack   Parameter   TreeOrderedSpecies   huffmann_list   
AWT_graphic_tree_group_state   FullDictTree   Params   TreePositionLookup   
  i  
AWT_nonDB_graphic   Function   ParentCache   TreeReader   
AWT_PDP   Function< RT, P1, P2, void >   ParentGroupNameQueryKey   TreeRelativePosition   icilist   
AWT_predefined_config   Function< RT, P1, void, void >   PARS_commands   TreeRoot   import_format   
AWT_registered_itemtype   Function< RT, void, void, void >   ParsedProbeMatch   TripleOffset   import_match   
AWT_scaled_font_limits   FunInfo   Parser   TSpecSet   indent   
AWT_translator   
  G  
PARSIMONY_testenv   TwoLeafs   indexed_name   
AWT_tree_selection   PART   Type   initial_progress   
  B  
GargChoice   PartialSequence   TypedAliData   initial_selfRef_progress   
GB_DbScanner   Partition   TypedDatabaseCallback   inlist   
BackTraceInfo   GB_DICTIONARY   PartitionSize   TypedSelectionList   is (arb_compile_assertion)   
Bakt_Info   GB_HASH   PartitionSpec   TypeMap   is< true > (arb_compile_assertion)   
BaseCounter   GB_initial_transaction   PartQueue   TypeOp   is_base_of (ARB_type_traits)   
BaseCounts   GB_INTern   PartRegistry   TypeOp< T & >   is_same (ARB_type_traits)   
BaseFrequencies   GB_INTern2   Paup   TypeOp< T const >   isAbove   
BaseInverter   GB_INTern_strings   PD_formatter   TypeOp< void >   isBelow   
BasePosition   GB_INTern_strings2   PerfTimer   TypeSwitch   island   
BasicStatus   GB_MAIN_TYPE   PersistantFlag   TypeT   
  k  
BestEdge   GB_NUMHASH   PersistentNameServerConnection   
  U  
BI_ecoli_ref   GB_previousSecurityLevel   PH_display   keychar_table   
BI_helix   GB_securityLevel   PH_display_status   UniqueNameDetector   known_enum   
BI_helix_entry   GB_shell   PH_filter   UnitPair   
  l  
BitField   GB_shell4perl   PH_NEIGHBOUR_DIST   UnitPtr   
BitMask   GB_test_shell_closed   PH_NEIGHBOURJOINING   UnitTest_simple   less_DistinctPosRange   
BitRange   GB_topSecurityLevel   PH_root   UnitTester   link_tree_data   
BitsBelowBit   GB_transaction   PH_used_windows   UseAnyTree   list_elem   
BitsBelowBit< 31 >   GBCONTAINER   Phaser   UsedColor   locinfo (arb_test)   
BitsBelowBit< 32 >   GBDATA   PHDATA   UserActionTracker   lt_field   
Bitvector   GBENTRY   PlotParam   UserFrame   lt_probe   
Block   GBENTRY_memory   PlugIn   UserlandCheck   ltByArbName   
BootstrapConfig   GBL_call_env   PO_Less   UseTreeRoot   ltByInternalName   
BoundActionTracker   GBL_command_arguments   POS_TREE1   
  V  
ltNonOverlap   
BoundTreeAwarCallback   GBL_command_definition   POS_TREE2   
  m  
BoundWindowCallback   GBL_command_lookup_table   PosGene   Validity   
BranchLinewidthScaler   GBL_custom_command_lookup_table   Position (AW)   ValueCounter   mark_nontree_cb_data   
BranchMover   GBL_env   PositionPair   ValueTuple   match_expectation (arb_test)   
BranchScaler   GBL_maybe_itemless_call_env   PosRange   Vardesc   matchable (arb_test)   
BranchWindow   GBL_simple_call_env   PrefixIterator   VarianceSampler   matcher (arb_test)   
BufferedFileReader   GBL_streams   PrefixProbabilities   VarUpdateInfo   merge_scheme   
BufferedPipeReader   GBS_regex   PrimerDesign   Vector (AW)   mp_gl_struct   
BufferPtr   GBS_string_matcher   PrintMaybe   Vector3   TreeNode::multifurc_limits   
  C  
GBS_strstruct   ProbeCandidates   ViaFtsTransporter   
  n  
GBT_config   ProbeCollDisplay   
  W  
Cache (cache)   GBT_config_item   ProbeCommonSettings   name_value_pair   
CacheEntry (cache)   GBT_config_parser   ProbeIterator   Warnings   nameOrder   
CacheHandle (cache)   GcgCommentWriter   ProbeMatch_impl   WeightedFilter   nestable   
Callback_FFV   GcgWriter   ProbeMatchEventParam   Word   nestable (ArbProgress)   
Callback_FVF   GEN_command_mode_param   ProbeMatchParser   WrapMode   no_counter   
Callback_FVV   GEN_create_map_param   ProbeMatchSettings   Writer   node   
Callback_VV   GEN_extract_mode_param   ProbeOccurrence   WriteRule (FieldTransfer)   null_counter   
CallbackData   GEN_gene   ProbeValuation   
  X  
null_progress   
CallbackList   GEN_graphic   ProgramError   numhash_entry   
Candidate   GEN_item_type_species_selector   PromptData   Xfig_Eater   
  o  
CanvasRef   GEN_map_manager   Prototype   XML_Comment   
CentigradePos   GEN_map_window   PS_BitMap   XML_Node   oligo_cmp_abs   
ChainEntryBuffer   GEN_NodeTextBuilder   PS_BitSet   XML_Text   oligo_cmp_rel   
ChainIteratorStage1   GEN_position   PS_Callback   XString   oligo_comparator   
ChainIteratorStage2   GEN_position_mem_handler   PS_Candidate   
  _  
olist   
CharCounter   GEN_root   PS_FileBuffer   output   
CharPredicate   GEN_unique_param   PS_Node   _fstruct   
  p  
CharPtrArray   GEN_update_info   PS_Probe   _GLwDrawingAreaClassPart   
CharRangeTable   GenbankParser   PT_compressed   _GLwDrawingAreaClassRec   parameters   
CheckedConsistencies   GenbankReader   PT_dump_loc   _GLwDrawingAreaRec   pfold_mem_handler   
ChecksumCollector   GenbankRef   PT_FamilyFinder   ChainIteratorStage1::_U::_L   pngInfo   
ChildLookupTable   GenebankImporter   PT_FF_comImpl   ChainIteratorStage1::_U::_S   pngRawInfo   
CLI   GenePositionMap   PT_long_chain_header   _xfstruct   predicate (arb_test)   
ClickedElement   Generation   PT_selection   
  a  
predicate_description (arb_test)   
ClickedTarget   GenerationDuplicates   PT_short_chain_header   predicate_matcher (arb_test)   
ClientActionTracker   GetMatchesContext   PT_statistic   acceptAnyTerminal   preserve_para   
Cluster   GfileFormat   PT_Traversal   acceptConsensusTerminal   prettyopts   
Clusterer   Globals   PTserverConnection   adfiltercbstruct   probe   
ClustersData   GlobalStringBuffers   
  Q  
aisc_bytes_list   probe_combi_statistic   
Code   GLRenderer   aisc_com   probe_input_data   
Codon_Group   GLwDrawingAreaCallbackStruct   QuadraticThreshold   aisc_hash_node   probe_statistic_struct   
ColorGroupDef   GLwDrawingAreaPart   QueriedGroups   aisc_static_set_mem   probe_struct_global   
ColorMap   Gmenu   QueryExpr   ali_aligner_cell   probe_tabs   
ColorRGBf   GmenuItem   QueryKey   ali_aligner_column   promotion   
Column   GmenuItemArg   QueryTarget   ali_aligner_dellist   pt_global   
ColumnQualityInfo   Group   
  R  
ali_aligner_dellist_elem   ptnd_chain_count_mishits   
ColumnStat   GroupAIDkey   ali_aligner_last_cell   
  q  
ColumnWidths   GroupBuilder   RandomNumberGenerator   ali_aligner_result   
CombinableSeq   GroupChanges   Range   ali_aligner_tripel   query_spec (QUERY)   
CombinedPosInfo   GroupCluster   RangeList   ali_family_member   queued_line   
Command   GroupFoldedKey   RatioLimits   ali_pathmap_up_pointer   
  r  
CommandOutput   GroupInfo   RB_INFO   ali_prealigner_approx_element   
CommentSkippingFileBuffer   GroupIterator   RDP_comments   ali_prealigner_approximation   remote_awars   
CompactedSequence   GroupKeeledKey   ReadableDataLoc   ali_prealigner_cell   remove_const (ARB_type_traits)   
CompactedSubSequence   GroupMarkedKey   Reader   ali_prealigner_column   remove_const< const T > (ARB_type_traits)   
CompareAlpha   GroupMatchScorer   ReadRule (FieldTransfer)   ali_prealigner_mask   remove_cv (ARB_type_traits)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z | _