March 2015 Commit Log

Number of Commits:

11

Number of Active Developers:

1

westram 2015-03-30 09:28 #11 Rev.: 13639

* full update from child 'pars' into 'trunk'
- cleanup patches
* adds:
- log:branches/pars@13628:13638

56 lines of code changed in 21 files:

• ARBDB: TreeNode.h (+2), adoptimize.cxx (-2), adtree.cxx (+9 -7)
• DIST: DI_matr.cxx (+9 -15), DI_protdist.cxx (+5 -5), Makefile (+8), di_matr.hxx (+8 -5), distanalyse.cxx (+1 -4)
• HELP_SOURCE: arb_help2xml.cxx (+1 -1)
• NTREE: AP_pos_var_pars.cxx (+3 -3)
• PARSIMONY: AP_tree_nlen.cxx (-6), PARS_dtree.cxx (+1 -1), PARS_main.cxx (+4 -6), ap_main.hxx (+1 -7)
• SL/AP_TREE: AP_Tree.cxx (+1 -36), AP_Tree.hxx (+1 -19)
• SL/PRONUC: AP_pro_a_nucs.cxx (-3)
• SL/SEQUENCE: AP_seq_dna.cxx (-4), AP_seq_dna.hxx (-1), AP_seq_protein.hxx (+1 -1)
• SL/TREE_READ: TreeTools.cxx (+1 -1)

westram 2015-03-29 11:47 #10 Rev.: 13625

* reintegrates 'pars' into 'trunk'
- fixes #528, #609, #620, #631, #633, #640, #641
- implements #619, #627
* adds:
- log:branches/addtest@13123:13260,13523:13551,13570
- log:branches/check@13365:13375,13450:13457
- log:branches/check2@13458:13465
- log:branches/fix@13522:13588
- log:branches/fixres@13270:13277,13279:13293,13295:13326
- log:branches/pars@12938:13280,13282:13325,13327:13387,13389:13527,13530:13624

8859 lines of code changed in 186 files:

• Makefile (+16 -14), arb_CHANGES.txt (+23)
• ARBDB: Makefile (+27), TreeNode.cxx (new 739), TreeNode.h (new 614), ad_prot.h (+1), ad_t_prot.h (+13 -13), adali.cxx (+1 -1), aditem.cxx (+6 -9), adlang1.cxx (+8 -7), admath.cxx (+12 -5), adname.cxx (+6 -6), adseqcompr.cxx (+29 -11), adtree.cxx (+138 -213), arbdb_base.h (+8 -5), arbdbt.h (-160)
• ARB_GDE: GDE_ParseMenu.cxx (+1 -1)
• AWT: AWT_db_browser.cxx (+1 -1)
• CONSENSUS_TREE: CT_ctree.cxx (+1 -1), CT_ctree.hxx (+24 -15), CT_dtree.cxx (+20 -20), CT_rbtree.cxx (+11 -11), Makefile (+4 -4), needs_libs (+1 -1)
• CORE: arb_string.cxx (+1)
• DIST: DI_clusters.cxx (+45 -40), DI_clustertree.cxx (+4 -16), DI_compress_matrix.cxx (+5 -4), DI_main.cxx (-11), DI_matr.cxx (+202 -284), DI_protdist.cxx (-61), DI_save_matr.cxx (+5 -10), DI_view_matrix.cxx (-17), Makefile (+12 -24), di_clustertree.hxx (+35 -48), di_foundclusters.hxx (+44 -46), di_matr.hxx (+36 -45), di_protdist.hxx (-2), di_view_matrix.hxx (-5), dist.hxx (-7), distanalyse.cxx (+37 -25)
• GENOM: EXP_interface.cxx (+1 -1), GEN_interface.cxx (+1 -1)
• HELP_SOURCE: Makefile (+1), arb_help2xml.cxx (+17 -4), generate_index.pl (+3 -3), to_help.xsl (+1 -1)
• HELP_SOURCE/oldhelp: arb_pars.hlp (+34 -88), branch_analysis.hlp (+2 -2), dist.hlp (+1 -1), kernlin.hlp (new 77), mode_kernlin.hlp (+6 -13), mode_move.hlp (+1 -2), mode_nni.hlp (+6 -16), mode_optimize.hlp (+15 -12), nni.hlp (new 42), pa_add.hlp (+8 -10), pa_branchlengths.hlp (+11 -21), pa_globopti.hlp (new 37), pa_kernlin.hlp (new 45), pa_locopti.hlp (new 38), pa_mixtree.hlp (new 41), pa_optimizer.hlp (+36 -7), pa_partial.hlp (+14 -12), pa_quick.hlp (+7 -8), pa_reset.hlp (new 35), pa_value.hlp (new 157), partial_sequences.hlp (+15 -2), resorttree.hlp (+6), trm_boot.hlp (+2 -1)
• MULTI_PROBE: Makefile (+2 -2)
• NTREE: AP_pos_var_pars.cxx (+11 -10), AP_pos_var_pars.h (+3 -3), Makefile (+8 -5), NT_edconf.cxx (+20 -20), NT_extern.cxx (+4 -3), NT_local_proto.h (+1 -1), NT_sort.cxx (+6 -6), NT_tree_cmp.cxx (+2 -2), ad_spec.cxx (+1 -1), ad_trees.cxx (+56 -53)
• PARSIMONY: AP_buffer.cxx (+176 -197), AP_buffer.hxx (+233 -107), AP_error.hxx (del), AP_main.cxx (+255 -143), AP_tree_edge.cxx (+609 -559), AP_tree_nlen.cxx (+720 -417), GA_genetic.cxx (del), GA_genetic.hxx (del), GA_main.cxx (del), GA_window.cxx (del), Makefile (+45 -36), PARS_debug.cxx (del), PARS_dtree.cxx (+306 -326), PARS_klprops.cxx (+15 -22), PARS_main.cxx (+1587 -226), ap_main.hxx (+81 -37), ap_main_type.hxx (new 163), ap_tree_nlen.hxx (+204 -122), pars_awars.h (new 94), pars_debug.hxx (del), pars_dtree.hxx (+10 -1), pars_klprops.hxx (+1 -1), pars_main.hxx (+12 -13), test_env.h (new 144)
• PERLTOOLS: arb_proto_2_xsub.cxx (+1 -1)
• PROBE_DESIGN: Makefile (+1 -1)
• SEQ_QUALITY: Makefile (+2), SQ_functions.cxx (+16 -16), SQ_functions.h (+4 -5), SQ_main.cxx (+5 -4)
• SL: Makefile (+5)
• SL/AP_TREE: AP_Tree.cxx (+56 -217), AP_Tree.hxx (+22 -42), Makefile (+1 -1)
• SL/ARB_TREE: ARB_Tree.cxx (+3 -4), ARB_Tree.hxx (+17 -8), Makefile (+1 -1), needs_libs (-1)
• SL/FILTER: AP_filter.hxx (-2)
• SL/INSDEL: insdel.cxx (+2)
• SL/MATRIX: AP_matrix.cxx (+38 -32), AP_matrix.hxx (+24 -9)
• SL/NDS: Makefile (+1), nds.cxx (+2 -2), nds.h (+1 -3)
• SL/NEIGHBOURJOIN: Makefile (+1), NJ.cxx (+16 -11), neighbourjoin.hxx (+1 -1)
• SL/PRONUC: AP_pro_a_nucs.cxx (+21 -27), AP_pro_a_nucs.hxx (+13 -9)
• SL/ROOTED_TREE: Makefile (del), RootedTree.cxx (del), RootedTree.h (del)
• SL/SEQIO: seq_export.cxx (+4 -4)
• SL/SEQUENCE: AP_parsimony_defaults.hxx (del), AP_seq_dna.cxx (+52 -38), AP_seq_dna.hxx (+13 -1), AP_seq_protein.cxx (+309 -88), AP_seq_protein.hxx (+41 -24), AP_seq_simple_pro.cxx (+6 -1), AP_seq_simple_pro.hxx (+7), AP_sequence.cxx (+1 -1), AP_sequence.hxx (+13 -9), Makefile (+3 -5)
• SL/TREEDISP: Makefile (+3 -3), TreeCallbacks.cxx (+36 -36), TreeCallbacks.hxx (+2 -2), TreeDisplay.cxx (+10 -7), TreeDisplay.hxx (+8 -4)
• SL/TREE_READ: Makefile (+2), TreeRead.cxx (+69 -55), TreeRead.h (+2 -2), TreeTools.cxx (+4 -3)
• SL/TREE_WRITE: Makefile (+1), TreeWrite.cxx (+23 -23), TreeWrite.h (+2 -2)
• SOURCE_TOOLS: arb.leaksan.supp (+4 -1), arb.supp (-28), dep.4dummy (+2 -3), dep.alltargets (-1), dep.libtargets (-1), generate_all_links.sh (+1 -1)
• STAT: Makefile (+1 -1), MostLikelySeq.hxx (+8), ST_ml.cxx (+9 -6), st_ml.hxx (+1 -2)
• TEMPLATES: arb_error.h (+31), downcast.h (+23 -18)
• TOOLS: Makefile (+4 -2), arb_consensus_tree.cxx (+33 -34), arb_export_tree.cxx (+4 -3), arb_read_tree.cxx (+8 -6), arb_test.cxx (+1 -1)
• UNIT_TESTER: Makefile.test (+6), make_symlist.sh (+1 -1), reporter.pl (+43 -1), sym2testcode.pl (+2 -1), test_global.h (+1 -1), test_unit.h (+14 -10)
• UNIT_TESTER/run: TEST_prot.arb (+80 -42), TEST_realign.arb (+3 -3), TEST_trees.arb (changed)
• UNIT_TESTER/run/help: unittest.hlp (+2 -2)
• lib/pictures/pars: kernlin.fig (+120 -114), tree_opti.fig (new 33)

westram 2015-03-26 11:23 #9 Rev.: 13606

* exclude gif generated by [13605] from source-tarball

1 lines of code changed in 1 file:

• util: arb_srclst.pl (+1)

westram 2015-03-26 11:20 #8 Rev.: 13605

* generate partial help-map (on the fly; while generating help-index)

135 lines of code changed in 2 files:

• HELP_SOURCE: Makefile (+5 -1), generate_index.pl (+130 -6)

westram 2015-03-25 10:30 #7 Rev.: 13604

* minor help fixes

21 lines of code changed in 10 files:

• HELP_SOURCE/oldhelp: aci.hlp (+2 -2), arb.hlp (+1 -5), arb_import.hlp (+2 -2), arb_intro.hlp (+1 -1), dist.hlp (+1 -1), mode_move.hlp (+4 -3), pfold.hlp (+3 -7), st_ml.hlp (+2 -2), tkeep_mrkd.hlp (+3 -5), user_matrix.hlp (+2 -2)

westram 2015-03-25 10:28 #6 Rev.: 13603

* un-"plenk"

24 lines of code changed in 18 files:

• GDE/SATIVA: sativa.menu (new)
• GDEHELP/MENUS: phylip_ml.menu (+1 -1), phylip_pars.menu (+2 -2), pretty_print.menu (+5 -5), start_arb.menu (+1 -1)
• HELP_SOURCE/oldhelp: FAQS.hlp (+1 -1), alignment.hlp (+1 -1), concatenate.hlp (+1 -1), e4_search.hlp (+1 -1), exec_bug.hlp (+1 -1), genes.hlp (+1 -1), mark_genes.hlp (+1 -1), mp_params.hlp (+1 -1), multiprobe.hlp (+1 -1), primer_parameters.hlp (+1 -1), pt_server.hlp (+1 -1), species.hlp (+1 -1)

westram 2015-03-24 15:35 #5 Rev.: 13601

* fix useless 'menumeta has inconsistent definitions' error (occurred e.g. when menu-redefinition was lacking 'menumeta')

11 lines of code changed in 1 file:

• ARB_GDE: GDE_ParseMenu.cxx (+11 -2)

westram 2015-03-24 15:17 #4 Rev.: 13600

* fix unittest for [13598]

5 lines of code changed in 2 files:

• ARB_GDE: GDE_ParseMenu.cxx (+4 -4)
• CORE: arb_string.cxx (+1)

westram 2015-03-24 13:22 #3 Rev.: 13598

* rename menu 'User' -> 'Network'
* reuse menu 'User' to place custom entries into 'ARB/Tools' menu

10 lines of code changed in 2 files:

• GDEHELP: ARB_GDEmenus.source (+7 -2)
• NTREE: NT_extern.cxx (+3 -1)

westram 2015-03-10 12:07 #2 Rev.: 13562

* fix crash when scaling ruler/branch (happened when clicking exactly on start-pixel of ruler/branch)

3 lines of code changed in 1 file:

• SL/TREEDISP: TreeDisplay.cxx (+3 -1)

westram 2015-03-09 14:46 #1 Rev.: 13561

* awtc_nn_search may be called w/o window (crashed when 'auto-search' was checked)

2 lines of code changed in 1 file:

• SL/DB_UI: ui_species.cxx (+2 -2)

February 2015 »