- a -

• accept_proposed_names() : DI_clusters.cxx
• accept_selected_ref_db() : graph_aligner_gui.cxx
• aci_config_changed_cb() : saicalc.cxx
• ACI_get_standard_commands() : adlang1.cxx , gb_aci.h
• aci_gui_changed_cb() : saicalc.cxx
• action_cb_wrapper() : AWTI_edit.cxx
• active_range_changed_cb() : AW_preset.cxx
• ad_move_tree_info() : ad_trees.cxx
• ad_tree_set_security() : ad_trees.cxx
• adaptCopiedAlignment() : MG_adapt_ali.cxx
• adaption_enabled() : MG_species.cxx
• add() : ClustalV.cxx
• add_area_for_gde() : ED4_main.cxx
• add_boolrule_cb() : saicalc.cxx
• add_bootstrap() : arb_read_tree.cxx
• add_border_to_drawsize() : AWT_canio.cxx
• add_common_property_menu_entries() : AW_preset.cxx
• add_dtree_to_dtree() : adoptimize.cxx
• add_field_cb() : xfergui.cxx
• add_for_data_to() : aisc_commands.c
• add_ggaps() : ClustalV.cxx
• add_link_attributes() : arb_help2xml.cxx
• add_new_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• add_probe_to_collection_event() : probe_design.cxx
• add_promotion() : mkptypes.cxx
• add_rule_cb() : xfergui.cxx
• add_selected_cb() : MG_preserves.cxx
• add_selected_experiment_changed_cb() : EXP_interface.cxx
• add_selected_gene_changed_cb() : GEN_interface.cxx
• add_selected_SAI_changed_cb() : SAIs.cxx
• add_selected_species_changed_cb() : species.cxx
• add_species_to_list_cb() : ED4_detect_bad_ali.cxx
• add_species_to_merge_list() : ED4_no_class.cxx
• add_to_callback_chain() : ad_cb.cxx
• add_to_dtree() : adoptimize.cxx
• add_update_cb() : DI_matr.cxx
• add_warning() : arb_help2xml.cxx
• addCallBacks() : SaiProbeVisualization.cxx
• AddCallBacks() : RNA3D_Interface.cxx
• addDefaultTransTable() : ED4_visualizeSAI.cxx
• addElementLen() : arb_dnarates.cxx
• addExcludedSymParts() : mkptypes.cxx
• addid_changed_cb() : AW_names_admin.cxx
• addids_match_info() : MG_names.cxx
• addids_match_info_refresh_cb() : MG_names.cxx
• addinfo() : ureadseq.c
• addmul() : trnsprob.cxx
• addOrUpdateTransTable() : ED4_visualizeSAI.cxx
• addRequiredSymParts() : mkptypes.cxx
• addseq() : ureadseq.c
• addSpeciesToConcatenateList() : NT_concatenate.cxx
• addSymParts() : mkptypes.cxx
• addToAmbiguous() : AP_codon_table.cxx
• addword() : mkptypes.cxx
• adjustOligolenAndMismatches() : AWTC_next_neighbours.cxx
• adjustTreeRoot() : NT_syncroot.cxx
• advice_close_cb() : AW_advice.cxx
• advice_currently_shown() : AW_advice.cxx
• advice_disabled() : AW_advice.cxx
• advice_hide_and_close_cb() : AW_advice.cxx
• advice_id_is_set() : AW_advice.cxx
• advice_id_offset() : AW_advice.cxx
• aed_start_naligning() : ED4_naligner.cxx
• after() : insdel.cxx
• after_callback_guard() : AWT_db_browser.cxx
• aisc_accept_calls() : server.c , server.h
• aisc_add_destroy_callback() : server.c , server.h
• aisc_add_message_queue() : client.c
• aisc_broadcast() : server.c , server.h
• aisc_c_add_to_bytes_queue() : client.c
• aisc_c_send_bytes_queue() : client.c
• aisc_calc_blocks() : aisc_mix.c
• aisc_check_error() : client.c
• aisc_close() : client.c , client.h
• aisc_collect_sets() : client.c
• aisc_create() : client.c , client.h
• aisc_debug_info() : client.c , client.h
• aisc_find_lib() : struct_man.c , struct_man.h , names.cxx
• aisc_fork_server() : server.c
• aisc_free_hash() : struct_man.c
• aisc_free_key() : struct_man.c
• aisc_free_link() : client.c
• aisc_get() : client.c , client.h
• aisc_get_keystring() : aisc_extern.c , aisc_extern_privat.h
• aisc_get_keystring_dll_header() : aisc_extern.c , aisc_extern_privat.h
• aisc_get_object_attribute() : server.c
• aisc_get_object_names() : server.c , server.h
• aisc_hash() : struct_man.c
• aisc_init_client() : client.c
• aisc_init_hash() : struct_man.c
• aisc_insert_hash() : struct_man.c
• aisc_link() : struct_man.c , struct_man.h , names.cxx , PT_family.cxx , PT_match.cxx , PT_new_design.cxx
• aisc_make_sets() : server.c , server.h
• aisc_nput() : client.c , client.h
• aisc_open() : client.c , client.h
• aisc_put() : client.c , client.h
• aisc_read_hash() : struct_man.c , struct_man.h
• aisc_remove_destroy_callback() : server.c , server.h
• aisc_s_add_to_bytes_queue() : server.c
• aisc_s_send_bytes_queue() : server.c
• aisc_server_errorf() : server.c , server.h
• aisc_server_load_token() : server.c , server.h
• aisc_server_save_token() : server.c , server.h
• aisc_server_shutdown() : server.c , server.h
• aisc_server_sigsegv() : server.c
• aisc_talking() : server.c
• aisc_talking_copy() : server.c
• aisc_talking_create() : server.c
• aisc_talking_debug_info() : server.c
• aisc_talking_delete() : server.c
• aisc_talking_find() : server.c
• aisc_talking_func_proto_double() : aisc_func_types.h
• aisc_talking_func_proto_long() : aisc_func_types.h
• aisc_talking_func_proto_longp() : aisc_func_types.h
• aisc_talking_func_proto_void() : aisc_func_types.h
• aisc_talking_get() : server.c
• aisc_talking_get_index() : server.c , server.h
• aisc_talking_init() : server.c
• aisc_talking_nset() : server.c
• aisc_talking_set() : server.c
• aisc_talking_set_index() : server.c
• aisc_talking_sets() : server.c
• aisc_unlink() : struct_man.c , struct_man.h
• ali_base_to_number() : ali_misc.hxx
• ali_checklen_cb() : AdminGui.cxx
• ALI_create_admin_window() : AdminGui.cxx , AliAdmin.h
• ali_error() : ali_main.cxx , ali_misc.hxx
• ali_fatal_error() : ali_main.cxx , ali_misc.hxx
• ali_format_cb() : AdminGui.cxx
• ali_is_base() : ali_misc.hxx
• ali_is_dot() : ali_misc.hxx
• ali_is_gap() : ali_misc.hxx
• ali_is_nbase() : ali_misc.hxx
• ali_is_real_base() : ali_misc.hxx
• ali_is_real_base_or_gap() : ali_misc.hxx
• ali_message() : ali_misc.hxx
• ali_number_to_base() : ali_misc.hxx
• ali_out_of_memory_if() : ali_misc.hxx
• ali_print_sequence() : ali_misc.hxx
• ALI_realign_marked() : TranslateRealign.cxx , TranslateRealign.h
• ali_sequence_to_postree_sequence() : ali_misc.hxx
• ali_sequence_to_string() : ali_misc.hxx
• ali_string_to_sequence() : ali_misc.hxx
• ALI_translate_marked() : TranslateRealign.cxx , TranslateRealign.h
• ali_warning() : ali_misc.hxx
• alidata2buffer() : insdel.cxx
• Align() : align.cxx , i-hopper.h
• align_error() : fast_aligner.cxx
• alignCompactedTo() : fast_aligner.cxx
• alignment_vars_callback() : AdminGui.cxx
• alignQuality() : fast_aligner.cxx
• alignTo() : fast_aligner.cxx
• alignToGroupConsensus() : fast_aligner.cxx
• alignToNextRelative() : fast_aligner.cxx
• AlignTwo() : align.cxx
• alitype_changed_cb() : NT_concatenate.cxx
• all_fontsOrSizes_changed_cb() : AW_preset.cxx
• all_sons_saved() : PT_buildtree.cxx
• allBranchlengthsAreDefined() : AP_tree_edge.cxx , ap_tree_nlen.hxx
• alloc_buffer() : arbdb.cxx
• alloc_failure_panic() : arb_mem.cxx
• allocRNS() : rns.c
• allTrackers() : AW_inotify.cxx
• ALPHA_DICT_OFFSET() : adoptimize.cxx
• an_add_short() : names.cxx
• an_autocaps() : names.cxx
• an_complete_shrt() : names.cxx
• an_find_shrt_prefix() : names.cxx
• an_get_prefix_hash() : names.cxx
• an_get_short() : names.cxx
• an_make_prefix() : names.cxx
• an_remove_short() : names.cxx
• an_shorts_elems() : names.cxx
• an_stricmp() : names.cxx
• an_strlwr() : names.cxx
• an_strnicmp() : names.cxx
• announce_recording() : trackers.cxx
• announce_renamed() : AWT_TreeAwars.cxx
• ap_calc_bootstrap_remark() : AP_tree_edge.cxx
• ap_calc_bootstrap_remark_sub() : AP_tree_edge.cxx
• AP_calc_pos_var_pars() : AP_pos_var_pars.cxx
• AP_create_con_expert_window() : AP_consensus.cxx , NT_local_proto.h
• AP_create_consensus_var() : AP_consensus.cxx , NT_local_proto.h
• AP_create_dna_to_ap_bases() : AP_pro_a_nucs.cxx , AP_pro_a_nucs.hxx
• AP_create_max_freq_window() : AP_consensus.cxx , NT_local_proto.h
• AP_create_pos_var_pars_window() : AP_pos_var_pars.cxx , NT_local_proto.h
• AP_dump_index_event() : arb_probe.cxx
• AP_get_codons() : AP_codon_table.cxx , AP_codon_table.hxx
• AP_initialize_codon_tables() : AP_codon_table.cxx , AP_codon_table.hxx
• ap_just_tree_rek() : AP_Tree.cxx
• ap_mark_degenerated() : AP_Tree.cxx
• ap_mark_duplicates_rek() : AP_Tree.cxx
• AP_probe_design_event() : arb_probe.cxx
• AP_probe_iterate_event() : arb_probe.cxx
• AP_probe_match_event() : arb_probe.cxx
• AP_timer() : AP_filter.cxx , AP_filter.hxx , AP_sequence.hxx
• ap_tree_node_deleted() : AP_Tree.cxx
• AP_user_pop_cb() : PARS_main.cxx
• AP_user_push_cb() : PARS_main.cxx
• Append() : prototypes.h , util.cxx
• append_known_len() : util.cxx
• appendComment() : ED4_search.cxx
• appendData() : Feature.cxx
• AppendNA() : GDE_FileIO.cxx , GDE_proto.h
• AppendNA_and_free() : GDE_arbdb_io.cxx
• appendNameAndUsedBasePositions() : fast_aligner.cxx
• appendSpaced() : tools.h
• appendValue() : UnitTester.cxx
• apply_ACI() : gb_aci.cxx
• apply_auto_numeric_binop() : adlang1.cxx
• apply_command_to_alignment() : insdel.cxx
• apply_double_binop() : adlang1.cxx
• apply_filters() : adlang1.cxx
• apply_numeric_binop() : adlang1.cxx
• apply_ScalerType() : AW_window.cxx
• apply_to_origin() : adlang1.cxx
• applyToItemFoundByKey() : adlang1.cxx
• approve_pos() : adlang1.cxx
• aps_correct_filename() : AWT_asciiprint.cxx
• arb2internal_name() : PT_etc.cxx
• ARB_alloc() : arb_mem.h
• ARB_alloc_aligned() : arb_mem.h
• ARB_bind_global_awars() : AW_global_awars.cxx , aw_root.hxx
• ARB_calloc() : arb_mem.h
• arb_count_keys() : arb_primer.cxx
• ARB_date_string() : arb_string.cxx , arb_string.h
• ARB_dateTime_suffix() : arb_string.cxx , arb_string.h
• ARB_declare_global_awars() : AW_global_awars.cxx , aw_root.hxx
• ARB_delete_columns_using_SAI() : insdel.cxx , insdel.h
• ARB_executable() : arb_misc.cxx , arb_misc.h
• ARB_files_are_equal() : arb_diff.h
• ARB_files_differ() : arb_diff.h
• ARB_float_2_ascii() : arb_misc.cxx , arb_misc.h
• ARB_format_alignment() : insdel.cxx , insdel.h
• ARB_getenv_ignore_empty() : arb_misc.cxx , arb_misc.h
• arb_gethostbyname() : arb_cs.cxx
• arb_gethostname() : arb_cs.cxx , arb_cs.h
• ARB_global_awars_initialized() : AW_global_awars.cxx , aw_root.hxx
• ARB_in_expert_mode() : AW_global_awars.cxx , aw_root.hxx
• ARB_in_novice_mode() : aw_root.hxx
• ARB_init_global_awars() : aw_root.hxx
• ARB_insdel_columns() : insdel.cxx , insdel.h
• ARB_insert_columns_using_SAI() : insdel.cxx , insdel.h
• ARB_install_handlers() : arb_handlers.cxx , arb_handlers.h
• ARB_is_alignment_relative_data() : insdel.cxx , insdel.h
• ARB_keep_string() : arb_string.cxx , arb_string.h
• arb_look_and_kill_server() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• arb_look_and_start_ptserver() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• arb_look_and_start_server() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• ARB_main() : mkptypes.cxx , main.cxx , prototypes.h , db_server.cxx , DI_main.cxx , ED4_main.cxx , arb_help2xml.cxx , ali_main.cxx , names.cxx , NT_main.cxx , PARS_main.cxx , arb_proto_2_xsub.cxx , PH_main.cxx , PT_main.cxx , pt_prototypes.h , fb_test.cxx , Analyser.cxx , arb_main.cxx , arb_2_ascii.cxx , arb_2_bin.cxx , arb_a2ps.c , arb_consensus_tree.cxx , arb_dnarates.cxx , arb_export_rates.cxx , arb_flush_mem.cxx , arb_gene_probe.cxx , arb_message.cxx , arb_perf_test.cxx , arb_primer.cxx , arb_probe.cxx , arb_probe_match.cxx , arb_replace.cxx , arb_sub2ascii.cxx , arb_test.cxx , sim.c , WETC_main.cxx
• arb_open_socket() : arb_cs.cxx , arb_cs.h
• arb_open_tcp_socket() : arb_cs.cxx
• arb_open_unix_socket() : arb_cs.cxx
• ARB_path_contains_unwanted_chars() : arb_misc.cxx , arb_misc.h
• arb_print_primer() : arb_primer.cxx
• arb_print_server_params() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• arb_prm_menu() : arb_primer.cxx
• arb_prm_primer() : arb_primer.cxx
• arb_prm_read() : arb_primer.cxx
• ARB_realloc() : arb_mem.h
• ARB_recalloc() : arb_mem.h
• ARB_redirect_handlers_to() : arb_handlers.cxx , arb_handlers.h
• arb_reduce_primer_len() : arb_primer.cxx
• arb_shell_expand() : arb_pattern.cxx , arb_pattern.h
• ARB_sleep() : arb_sleep.h
• arb_socket_read() : arb_cs.cxx , arb_cs.h
• arb_socket_write() : arb_cs.cxx , arb_cs.h
• arb_start_server() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• ARB_strBeginsWith() : arb_str.h
• ARB_strchrnul() : arb_string.h
• ARB_strdup() : arb_string.h
• ARB_strduplen() : arb_string.h
• ARB_stricmp() : arb_str.h
• ARB_stringdup() : arb_stdstring.h
• ARB_strlower() : arb_str.h
• ARB_strndup() : arb_string.h
• ARB_strNULLcmp() : arb_str.h
• ARB_strpartdup() : arb_string.h
• ARB_strupper() : arb_str.h
• ARB_test_mem_equal() : arb_diff.h
• ARB_textfiles_have_difflines() : arb_diff.cxx , arb_diff.h
• arb_trace_argv() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• arb_tree_species_deleted_cb() : ARB_Tree.cxx
• arb_wait_for_server() : servercntrl.cxx
• ARB_warn_about_unwanted_chars() : arb_misc.cxx , arb_misc.h
• ARB_zfclose() : arb_zfile.cxx , arb_zfile.h
• ARB_zfopen() : arb_zfile.cxx , arb_zfile.h
• Arbdb_get_curelem() : GDE_arbdb_io.cxx , GDE_proto.h
• arbtcpdat_changed_cb() : AWT_sel_boxes.cxx
• are_adjacent_regions() : SEC_root.hxx
• are_not_in_tree() : TreeCallbacks.cxx
• areEqual() : align.cxx
• as_text() : UnitTester.cxx
• Ascii2NA() : GDE_FileIO.cxx , GDE_proto.h
• AsciiTime() : GDE_Genbank.cxx
• ask_for_conversion_params() : main.cxx
• askCopyMoveRuleset_cb() : xfergui.cxx
• auto_calc_changed_cb() : DI_matr.cxx
• auto_match_cb() : probe_design.cxx
• auto_match_changed() : probe_design.cxx
• auto_refresh_cb() : NT_sync_scroll.cxx
• auto_select_pseudo_species() : GEN_interface.cxx
• automark_changed_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• autorefresh_selboxes() : AW_file.cxx
• autoselect_cb() : ED4_visualizeSAI.cxx
• availfield_selected_cb() : xfergui.cxx
• avoid_empty_target_name() : AWTI_export.cxx
• avoid_overflow() : aw_rgb.hxx
• AW_activateColorRange() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_add_inotification() : AW_inotify.cxx , aw_inotify.hxx
• AW_advice() : AW_advice.cxx , aw_advice.hxx
• aw_ask_sure() : AW_question.cxx , aw_question.hxx
• aw_attach_widget() : AW_button.cxx , aw_varupdate.hxx
• aw_calc_WM_offsets_delayed() : AW_window.cxx
• aw_clear_and_hide_message_cb() : AW_status.cxx
• aw_clear_message_cb() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• AW_clock_cursor() : AW_root.cxx , aw_window.hxx
• aw_closestatus() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• AW_color_groups_active() : aw_color_groups.hxx , AW_preset.cxx
• AW_copy_GC_colors() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• aw_cp_awar_2_widget_cb() : AW_awar.cxx
• aw_create_color_chooser_window() : AW_preset.cxx
• aw_create_colorslider_awars() : AW_preset.cxx
• AW_create_fileselection() : aw_file.hxx , AW_file.cxx
• AW_create_fileselection_awars() : AW_file.cxx , aw_file.hxx
• aw_create_font_chooser_awars() : AW_preset.cxx
• aw_create_font_chooser_window() : AW_preset.cxx
• AW_create_gc_window() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_create_gc_window_named() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_create_namesadmin_awars() : AW_names_admin.cxx , AW_rename.hxx
• aw_create_shell() : AW_window.cxx , aw_window_Xm.hxx
• AW_create_standard_fileselection() : aw_file.hxx
• AW_DB_selection_refresh_cb() : AW_select.cxx
• aw_detect_text_size() : AW_button.cxx , aw_global.hxx
• AW_displayColorRange() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_draw_string_on_printer() : AW_print.cxx
• AW_draw_string_on_screen() : AW_Xm.cxx
• AW_edit() : AW_edit.cxx , aw_edit.hxx
• AW_edit_notified() : AW_edit.cxx , aw_edit.hxx
• AW_exposeCB() : AW_window.cxx
• AW_extract_directory() : AW_file.cxx , aw_file.hxx
• AW_focusCB() : AW_window.cxx
• AW_font_2_xfig() : AW_xfont.cxx , aw_xfont.hxx
• AW_forget_all_window_geometry() : aw_nawar.hxx , AW_window.cxx
• AW_get_AreaWidget() : AW_window_Xm_interface.cxx , aw_window_Xm_interface.hxx
• AW_get_color_group_name() : aw_color_groups.hxx , AW_preset.cxx
• AW_get_color_groups_active_awarname() : aw_color_groups.hxx , AW_preset.cxx
• AW_get_common_extends_cb() : AW_device.cxx
• AW_get_drag_gc() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• aw_get_font_from_xfig() : aw_xfig.hxx
• AW_get_font_shortname() : AW_xfont.cxx , aw_xfont.hxx
• AW_get_font_specification() : AW_xfont.cxx , aw_xfont.hxx
• AW_get_nameserver_addid() : AW_rename.cxx , AW_rename.hxx
• AW_get_pixmapPath() : AW_button.cxx , aw_window.hxx
• AW_get_selected_fullname() : aw_file.hxx , AW_file.cxx
• AW_get_XtAppContext() : AW_window_Xm_interface.cxx , aw_window_Xm_interface.hxx
• AW_getActiveColorRangeID() : aw_preset.hxx , AW_preset.cxx
• AW_getColorRangeNames() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_getFirstRangeGC() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• aw_help_back() : AW_help.cxx
• aw_help_browse() : AW_help.cxx
• aw_help_edit_help() : AW_help.cxx
• AW_help_entry_pressed() : AW_root.cxx , aw_window.hxx
• aw_help_helpfile_changed_cb() : AW_help.cxx
• aw_help_history() : AW_help.cxx
• AW_help_popup() : AW_help.cxx , aw_window.hxx
• aw_help_search() : AW_help.cxx
• aw_help_select_newest_in_history() : AW_help.cxx
• aw_help_show_external_format() : AW_help.cxx
• AW_init_color_group_defaults() : aw_color_groups.hxx , AW_preset.cxx
• aw_initstatus() : aw_root.hxx , AW_status.cxx
• aw_input() : AW_modal.cxx , aw_root.hxx
• AW_inputCB_draw_area() : AW_window.cxx
• AW_insert_common_property_menu_entries() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx , AW_preset.cxx
• aw_insert_default_help_entries() : aw_window_Xm.hxx , AW_window.cxx
• aw_insert_message_in_tmp_message() : AW_status.cxx
• aw_insert_message_in_tmp_message_delayed() : AW_status.cxx
• aw_install_xkeys() : AW_xkey.cxx , aw_xkey.hxx
• AW_is_dir() : AW_file.cxx
• AW_is_file() : AW_file.cxx
• AW_IS_IMAGEREF() : aw_localdef.hxx
• AW_is_link() : AW_file.cxx
• AW_label_in_awar_list() : AW_window.cxx , aw_window_Xm.hxx
• aw_loop_forget_window_geometry() : AW_window.cxx
• aw_loop_get_window_geometry() : AW_window.cxx
• AW_manage_GC() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_map_AreaGC() : aw_window_Xm_interface.hxx , AW_window_Xm_interface.cxx
• aw_message() : aw_msg.hxx , AW_status.cxx
• aw_message_and_dump_stderr() : AW_root.cxx
• aw_message_if() : aw_msg.hxx
• aw_message_reload() : AW_preset.cxx
• aw_message_save_cb() : AW_status.cxx
• aw_message_timer_listen_event() : AW_modal.cxx , aw_window_Xm.hxx
• aw_modal_file_selection() : AW_modal.cxx , aw_root.hxx
• aw_mode_callback() : AW_window.cxx
• AW_motionCB() : AW_window.cxx
• AW_normal_cursor() : AW_root.cxx , aw_window.hxx
• aw_onExpose_calc_WM_offsets() : AW_window.cxx
• aw_openstatus() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• AW_openURL() : AW_help.cxx , aw_window.hxx
• AW_POPDOWN() : AW_window.cxx , aw_window.hxx
• aw_popup_exit() : aw_question.hxx , AW_question.cxx
• AW_popup_gc_color_groups_window() : AW_preset.cxx
• AW_popup_gc_color_range_window() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_popup_namesadmin_window() : AW_names_admin.cxx , AW_rename.hxx
• aw_popup_ok() : AW_question.cxx , aw_question.hxx
• AW_preset_create_color_button() : AW_preset.cxx
• AW_preset_create_font_chooser() : AW_preset.cxx
• AW_preset_window() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• aw_question() : AW_question.cxx , aw_question.hxx
• AW_reactivate_all_advices() : AW_advice.cxx , aw_advice.hxx
• AW_reactivate_all_questions() : AW_question.cxx , aw_question.hxx
• aw_realize_widget() : AW_window.cxx , aw_window_Xm.hxx
• aw_ref_to_title() : AW_help.cxx
• AW_refresh_fileselection() : AW_file.cxx , aw_file.hxx
• aw_refresh_tmp_message_display() : AW_status.cxx
• AW_remove_inotification() : AW_inotify.cxx , aw_inotify.hxx
• AW_resizeCB_draw_area() : AW_window.cxx
• aw_root_init_font() : aw_window_Xm.hxx , AW_xfont.cxx
• AW_save_properties() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_save_specific_properties() : AW_preset.cxx , aw_preset.hxx
• AW_select_nameserver() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• AW_server_callback() : AW_window.cxx , aw_window_Xm.hxx
• aw_set_color() : AW_preset.cxx
• aw_set_delete_window_cb() : AW_window.cxx
• aw_set_local_message() : aw_root.hxx , AW_status.cxx
• aw_set_rgb_sliders() : AW_preset.cxx
• AW_set_selected_fullname() : AW_file.cxx , aw_file.hxx
• aw_set_sliders_from_color() : AW_preset.cxx
• aw_size_awar_name() : AW_window.cxx
• aw_status() : arb_export_sequences.cxx
• aw_status_aborted() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• aw_status_check_pipe() : AW_status.cxx
• aw_status_gauge() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• aw_status_hide() : AW_status.cxx
• aw_status_kill() : AW_status.cxx
• aw_status_read_byte() : AW_status.cxx
• aw_status_read_command() : AW_status.cxx
• aw_status_read_int() : AW_status.cxx
• aw_status_subtitle() : aw_status.hxx , AW_status.cxx
• aw_status_timer_event() : AW_status.cxx
• aw_status_timer_hide_event() : AW_status.cxx
• aw_status_timer_listen_event() : AW_status.cxx
• aw_status_title() : AW_status.cxx , aw_status.hxx
• aw_status_wait_for_open() : AW_status.cxx
• aw_status_write() : AW_status.cxx
• AW_test_nameserver() : AW_rename.cxx , AW_rename.hxx
• AW_timer_callback() : AW_root.cxx
• AW_timer_callback_never_disabled() : AW_root.cxx
• AW_unfold_path() : AW_file.cxx , aw_file.hxx
• aw_uninstall_xkeys() : AW_xkey.cxx , aw_xkey.hxx
• aw_update_all_window_geometry_awars() : AW_window.cxx , aw_nawar.hxx
• aw_update_window_geometry_awars() : AW_window.cxx
• AW_value_changed_callback() : AW_button.cxx
• AW_var_gbdata_callback() : AW_awar.cxx
• AW_var_gbdata_callback_delete() : AW_awar.cxx
• AW_var_gbdata_callback_delete_intern() : AW_awar.cxx
• AW_variable_update_callback() : AW_button.cxx , aw_varupdate.hxx
• aw_window_avoid_destroy_cb() : AW_window.cxx
• aw_window_destroy_cb() : AW_window.cxx
• aw_window_noexit_destroy_cb() : AW_window.cxx
• aw_xfig_hash_free_loop() : AW_xfig.cxx
• AW_xfigCB_info_area() : AW_window.cxx
• aw_xkey_2_awkey() : AW_xkey.cxx , aw_xkey.hxx
• AWAR_AW_FOCUS_FOLLOWS_MOUSE_changed_cb() : AW_global_awars.cxx
• AWAR_AWM_MASK_changed_cb() : AW_global_awars.cxx
• awar_changed_cb() : AWT_input_mask.cxx
• AWAR_DB_PATH_changed_cb() : NT_main.cxx
• awar_matrix_cell() : saicalc.cxx
• awar_name_tmp() : merge.hxx
• awar_selected_FTS() : xfergui.cxx
• awar_set_temp_if_is_default() : AW_root.cxx
• awar_translate() : saicalc.cxx
• awar_updated_cb() : AW_global_awars.cxx
• awarname() : ED4_flags.cxx , NT_sync_scroll.cxx , db_scanner.cxx
• awarvalue2query_operator() : db_query.cxx
• aws_init_localized() : ED4_search.cxx
• AWT_activate_prompt() : AWT_prompt.cxx , awt_prompt.hxx
• awt_add_sequences_to_list() : AWT_filter.cxx
• AWT_announce_tree_deleted() : awt_TreeAwars.hxx , AWT_TreeAwars.cxx
• AWT_announce_tree_renamed() : awt_TreeAwars.hxx , AWT_TreeAwars.cxx
• awt_aps_calc_pages_needed() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_get_default_lines_per_page() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_get_xy_ratio() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_go() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_set_magnification_to_fit_xpage() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_set_magnification_to_fit_ypage() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_aps_text_changed() : AWT_asciiprint.cxx
• awt_auto_popdown_cb() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_change_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• awt_clear_selection_list_cb() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_console() : awt_misc.hxx , AWT_misc.cxx
• awt_create_2_filter_window() : AWT_filter.cxx
• awt_create_ALI_selection_button() : awt_sel_boxes.hxx , AWT_sel_boxes.cxx
• awt_create_ALI_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_create_ascii_print_window() : AWT_asciiprint.cxx , awt.hxx
• awt_create_aww_vars() : AWT_www.cxx , awt_www.hxx
• awt_create_collect_buttons() : awt_modules.hxx
• awt_create_CONFIG_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• awt_create_filter_awars() : awt_filter.hxx , AWT_filter.cxx
• awt_create_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_create_IUPAC_info_window() : awt_misc.hxx , AWT_misc.cxx
• awt_create_load_box() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_create_mask_submenu() : awt_input_mask.hxx , AWT_input_mask.cxx
• awt_create_order_buttons() : awt_modules.hxx
• awt_create_PTSERVER_selection_button() : awt_sel_boxes.hxx , AWT_sel_boxes.cxx
• awt_create_PTSERVER_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_create_root() : awt.hxx , AWT_db_browser.cxx
• awt_create_SAI_selection_button() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• awt_create_SAI_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• awt_create_select_cancel_window() : DI_matr.cxx
• awt_create_select_filter() : awt_filter.hxx , AWT_filter.cxx
• awt_create_select_filter_win() : awt_filter.hxx , AWT_filter.cxx
• awt_create_select_filter_window_aw_cb() : AWT_filter.cxx
• awt_create_select_filter_window_gb_cb() : AWT_filter.cxx
• awt_create_selection_list_with_input_field() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• awt_create_subset_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• awt_create_TREE_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_create_www_window() : AWT_www.cxx , awt_www.hxx
• AWT_default_protein_type() : AP_pro_a_nucs.cxx , AP_pro_a_nucs.hxx
• awt_destroy_filter() : AWT_filter.cxx , awt_filter.hxx
• AWT_destroy_input_masks() : awt_input_mask.hxx , AWT_input_mask.cxx
• awt_edit_arbtcpdat_cb() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_edit_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_expose_cb() : awt_canvas.hxx , AWT_canvas.cxx
• AWT_GC_changed_cb() : AWT_canvas.cxx , awt_canvas.hxx
• AWT_get_codon_code_name() : AP_codon_table.hxx , AP_codon_table.cxx
• AWT_get_combined_filter_name() : AWT_filter.cxx , awt_filter.hxx
• awt_get_filter() : AWT_filter.cxx , awt_filter.hxx
• AWT_get_translator() : AP_pro_a_nucs.hxx , AP_pro_a_nucs.cxx
• AWT_get_user_translator() : AP_pro_a_nucs.hxx , AP_pro_a_nucs.cxx
• AWT_getItemType() : AWT_input_mask.cxx , awt_input_mask.hxx
• AWT_graphic_parsimony_root_changed() : PARS_dtree.cxx
• AWT_graphic_tree_node_deleted() : TreeDisplay.cxx
• AWT_graphic_tree_root_changed() : TreeDisplay.cxx
• AWT_initialize_input_mask() : AWT_input_mask.cxx , awt.hxx
• AWT_initTreeAwarRegistry() : awt_TreeAwars.hxx , AWT_TreeAwars.cxx
• awt_input_mask_awar_changed_cb() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_input_mask_browse_url() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_input_mask_perform_action() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_insert_config_manager() : AWT_config_manager.cxx , awt_config_manager.hxx , AWT_config_manager.cxx
• AWT_insert_DBcompression_selector() : AWT_misc.cxx , awt_misc.hxx
• AWT_insert_DBsaveType_selector() : awt_misc.hxx , AWT_misc.cxx
• AWT_install_cb_guards() : awt.hxx , AWT_db_browser.cxx
• AWT_install_postcb_cb() : awt.hxx , AWT_db_browser.cxx
• awt_invalid_filter() : awt_filter.hxx , AWT_filter.cxx
• AWT_is_codon() : AP_codon_table.hxx , AP_codon_table.cxx
• AWT_look_input_mask() : awt.hxx , AWT_input_mask.cxx
• AWT_modify_managed_configs() : AWT_config_manager.cxx , awt_config_manager.hxx
• awt_open_ACI_URL_with_item() : awt_www.hxx , AWT_www.cxx
• awt_open_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• AWT_open_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• awt_openDefaultURL_on_selected_species() : AWT_www.cxx
• awt_openDefaultURL_with_item() : awt_www.hxx , AWT_www.cxx
• AWT_openURL() : AWT_www.cxx , awt_www.hxx
• AWT_popup_print_window() : AWT_canio.cxx , awt_canvas.hxx
• awt_popup_SAI_selection_list() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_popup_sec_export_window() : AWT_canio.cxx , awt_canvas.hxx
• AWT_popup_tree_export_window() : awt_canvas.hxx , AWT_canio.cxx
• awt_pre_to_view() : nds.cxx
• awt_print_tree_check_size() : AWT_canio.cxx
• awt_reconfigure_ALI_selection_list() : awt_sel_boxes.hxx , AWT_sel_boxes.cxx
• AWT_registerTreeAwarCallback() : AWT_TreeAwars.cxx , awt_TreeAwars.hxx
• AWT_registerTreeAwarSimple() : awt_TreeAwars.hxx , AWT_TreeAwars.cxx
• AWT_reload_input_mask() : AWT_input_mask.cxx
• awt_rename_cb() : AW_rename.cxx
• AWT_resize_cb() : awt_canvas.hxx
• awt_select_pre_from_view() : nds.cxx
• awt_set_awar_to_valid_filter_good_for_tree_methods() : awt_filter.hxx , AWT_filter.cxx
• awt_set_subset_selection_content() : awt_sel_boxes.hxx , AWT_sel_boxes.cxx
• AWT_show_file() : AWT_asciiprint.cxx , awt.hxx
• awt_std_SAI_filter_cb() : AWT_sel_boxes.cxx , awt_sel_boxes.hxx
• AWT_system_cb() : awt_misc.hxx , AWT_misc.cxx , awt_misc.hxx
• AWT_system_in_console_cb() : awt_misc.hxx , AWT_misc.cxx
• AWT_trigger_remote_action() : AWT_db_browser.cxx , awt.hxx
• awt_www_select_change() : AWT_www.cxx
• AWTC_create_common_next_neighbour_fields() : awtc_next_neighbours.hxx , AWTC_next_neighbours.cxx
• AWTC_create_common_next_neighbour_vars() : AWTC_next_neighbours.cxx , awtc_next_neighbours.hxx
• AWTC_create_numbered_suffix() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• AWTC_create_rename_awars() : AW_rename.hxx
• AWTC_create_rename_window() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• AWTC_create_submission_variables() : AWTC_submission.cxx , awtc_submission.hxx
• AWTC_create_submission_window() : awtc_submission.hxx , AWTC_submission.cxx
• awtc_delete_names_file() : AW_names_admin.cxx
• awtc_edit_names_file() : AW_names_admin.cxx
• AWTC_generate_one_name() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• AWTC_generate_random_name() : AW_rename.cxx , AW_rename.hxx
• AWTC_makeUniqueShortName() : AW_rename.cxx , AW_rename.hxx
• awtc_mark_hits() : ui_species.cxx
• awtc_move_hits() : ui_species.cxx
• AWTC_name_quality() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• awtc_nn_search() : ui_species.cxx
• awtc_nn_search_all_listed() : ui_species.cxx
• AWTC_pars_names() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• AWTC_recreate_name() : AW_rename.hxx , AW_rename.cxx
• awtc_remove_arb_acc() : AW_names_admin.cxx
• AWTI_acquire_imported_DB_and_cleanup_importer() : awti_import.hxx , AWTI_import.cxx
• AWTI_activate_export_test_window() : awti_edit.hxx , AWTI_edit.cxx
• AWTI_activate_import_test_window() : AWTI_edit.cxx , awti_edit.hxx
• AWTI_cleanup_importer() : awti_import.hxx , AWTI_import.cxx
• AWTI_import_set_ali_and_type() : AWTI_import.cxx , awti_import.hxx
• AWTI_open_import_window() : awti_import.hxx , AWTI_import.cxx
• AWTI_set_importDB_pointer() : awti_import.hxx , AWTI_import.cxx