- n -
- n_encode()
: ClustalV.cxx
- name2ID()
: AW_preset.cxx
- name_only()
: AWTI_import.cxx
- nameIsUnique()
: ED4_no_class.cxx
, GEN_map.cxx
- names_destroy_locs()
: names_extern.c
- names_destroy_socket()
: names_extern.c
- names_init_socket()
: names_extern.c
- names_server_save()
: names.cxx
, names_extern.c
- namesFilename()
: AW_names_admin.cxx
- nas_remove_small_vocals()
: names.cxx
- nas_string_2_name()
: names.cxx
- NDS_changed()
: ED4_nds.cxx
- nds_create_vars()
: nds.cxx
- NDS_create_vars()
: nds.cxx
, nds.h
- NDS_create_window()
: nds.cxx
, nds.h
- nds_delete_database_entries()
: nds.cxx
- nds_init_config()
: nds.cxx
- nds_length_changed_cb()
: nds.cxx
- nds_maintain_viewkeys()
: nds.cxx
- NDS_mask_nonprintable_chars()
: nds.cxx
, nds.h
- NDS_popup_select_srtaci_window()
: nds.cxx
, nds.h
- nds_restore_config()
: nds.cxx
- nds_store_config()
: nds.cxx
- need_macro_ability()
: trackers.cxx
, macros.hxx
- neighbourjoining()
: neighbourjoin.hxx
, NJ.cxx
- never_auto_format_ali_genom_cb()
: AdminGui.cxx
- neverCalledDummy_cb()
: AWTI_edit.cxx
- neverTranslatesError()
: AP_codon_table.cxx
- new_dtree()
: adoptimize.cxx
- new_g_b_undo_entry()
: adindex.cxx
- new_gbt_message_created_cb()
: adtools.cxx
- new_input_window()
: AW_modal.cxx
- new_ntnode()
: CT_ntree.cxx
- new_selection_made_cb()
: db_query.cxx
- new_sina_simple()
: graph_aligner_gui.cxx
- newBlock()
: mem.cxx
, mem.h
- newIsland()
: align.cxx
- newMatrix()
: mem.cxx
, mem.h
- newRefDbSelected_cb()
: graph_aligner_gui.cxx
- newSpreading()
: spreadin.c
, spreadin.h
- newview()
: arb_dnarates.cxx
- next_closing_paren()
: arb_proto_2_xsub.cxx
- next_comma_outside_parens()
: arb_proto_2_xsub.cxx
- next_experiment_in_range()
: EXP_interface.cxx
- next_gene_in_range()
: GEN_interface.cxx
- next_known_enum_value()
: adperl.cxx
- next_non_white()
: AWT_input_mask.cxx
- nextch()
: mkptypes.cxx
- nextNonSpace()
: mkptypes.cxx
- nextNonWord()
: mkptypes.cxx
- nextToken()
: aisc_var_ref.c
- nextTokenMatching()
: aisc_var_ref.c
- ngetc()
: mkptypes.cxx
- nibble2hex()
: awt_hexdump.hxx
- nn_auto_search_changed_cb()
: ui_species.cxx
- nn_perform_delayed_autosearch_cb()
: ui_species.cxx
- nn_searchRel_awar_changed_cb()
: ui_species.cxx
- nn_trigger_delayed_autosearch_cb()
: ui_species.cxx
- no_content()
: global.h
- no_data_error()
: SQ_functions.cxx
- no_files_found_error()
: AWTI_import.cxx
- NO_FUNCTION_TYPE()
: ttypes.h
- no_mode_text_defined()
: mode_text.h
- nocb()
: TreeDisplay.cxx
- nodes_2_edges()
: arbdbt.h
- nodes_2_innerNodes()
: arbdbt.h
- nodes_2_leafs()
: arbdbt.h
- nodiff_indicator_changed_cb()
: ED4_seq_colors.cxx
- noop()
: arb_perf_test.cxx
- normalize_matrix_cb()
: saicalc.cxx
- normalizeBaseFreqs()
: trnsprob.cxx
, trnsprob.h
- NormalizeOffset()
: GDE_FileIO.cxx
- normalizeRateParams()
: trnsprob.cxx
, trnsprob.h
- noRuleset_cb()
: xfergui.cxx
- not_in_match_error()
: AWTI_import.cxx
- notHasGap()
: AP_seq_dna.cxx
, AP_seq_protein.cxx
- notIsGap()
: AP_seq_dna.cxx
, AP_seq_protein.cxx
- NT_activate_configMarkers_display()
: NT_edconf.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_add()
: PARS_main.cxx
- NT_add_and_NNI()
: PARS_main.cxx
- nt_add_and_update()
: PARS_main.cxx
- nt_add_partial()
: PARS_main.cxx
- NT_add_partial_and_update()
: PARS_main.cxx
- NT_add_quick()
: PARS_main.cxx
- NT_alltree_remove_leafs()
: NT_extern.cxx
- nt_best_partial_match_rec()
: PARS_main.cxx
- NT_bootstrap()
: PARS_main.cxx
- nt_build_conf_marked()
: NT_edconf.cxx
- nt_build_conf_string_rek()
: NT_edconf.cxx
- nt_build_sai_string()
: NT_edconf.cxx
- nt_build_sai_string_by_hash()
: NT_edconf.cxx
- NT_calc_branchlengths_reorder_and_update()
: PARS_main.cxx
- nt_changesecurity()
: NT_extern.cxx
- nt_check_database_consistency()
: NT_main.cxx
- NT_configure_treeShader()
: NT_local_proto.h
, NT_shadeTree.cxx
- NT_convert_gene_locations()
: NT_dbrepair.cxx
- NT_count_different_chars()
: ad_spec.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_alignment_admin_window()
: NT_cb.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_alignment_vars()
: NT_cb.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_create_all_awars()
: NT_extern.cxx
- NT_create_branch_analysis_window()
: NT_branchAnalysis.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_colstat_2_gnuplot_window()
: ColumnStat_2_gnuplot.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_compare_taxonomy_awars()
: NT_taxonomy.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_compare_taxonomy_window()
: NT_local_proto.h
, NT_taxonomy.cxx
- NT_create_compareTopologies_window()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_create_config_after_import()
: NT_edconf.cxx
- NT_create_config_after_import()
: NT_edconf.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_create_configuration()
: NT_edconf.cxx
- NT_create_consense_window()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_database_optimization_window()
: NT_extern.cxx
- NT_create_dna_2_pro_window()
: ad_transpro.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_extendeds_vars()
: ad_ext.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_extendeds_window()
: ad_ext.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_create_intro_window()
: NT_main.cxx
- NT_create_main_window()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_mask_submenu()
: NT_extern.cxx
- NT_create_merge_from_window()
: NT_extern.cxx
- NT_create_merge_to_window()
: NT_extern.cxx
- NT_create_moveGroupInfo_window()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_multifurcate_tree_awars()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_multifurcate_tree_window()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_realign_dna_window()
: ad_transpro.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_resort_awars()
: NT_local_proto.h
, NT_sort.cxx
- NT_create_resort_window()
: NT_local_proto.h
, NT_sort.cxx
- NT_create_sai_from_pfold()
: ad_spec.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_save_as()
: NT_extern.cxx
- NT_create_save_quick_as_window()
: NT_extern.cxx
- NT_create_searchManuallyNames_window()
: NT_local_proto.h
, NT_validManual.cxx
- NT_create_select_alignment_window()
: NT_cb.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_select_tree_window()
: NT_cb.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_sort_tree_by_other_tree_window()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_species_join_window()
: NT_join.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_splitAlignment_window()
: NT_local_proto.h
, NT_split_ali.cxx
- NT_create_startEditorOnOldConfiguration_window()
: NT_edconf.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_syncroot_window()
: NT_syncroot.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_syncScroll_window()
: NT_local_proto.h
, NT_sync_scroll.cxx
, NT_sync_scroll.h
- NT_create_trackAliChanges_Awars()
: NT_local_proto.h
, NT_trackAliChanges.cxx
- NT_create_trackAliChanges_window()
: NT_local_proto.h
, NT_trackAliChanges.cxx
- NT_create_transpro_variables()
: ad_transpro.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_create_twoTreeSelection()
: ad_trees.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_createConcatenationAwars()
: NT_concatenate.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_createConcatenationWindow()
: NT_concatenate.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_createMergeSimilarSpeciesAndConcatenateWindow()
: NT_concatenate.cxx
- NT_createMergeSimilarSpeciesWindow()
: NT_concatenate.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_createValidNamesAwars()
: NT_validManual.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_database_optimization()
: NT_extern.cxx
- NT_del_mark_move_REF()
: NT_dbrepair.cxx
- nt_delete_configuration()
: NT_edconf.cxx
- nt_delete_database()
: NT_main.cxx
- NT_delete_mark_all_cb()
: NT_cb.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_deleteValidNames()
: NT_local_proto.h
, NT_validNames.cxx
- NT_deselect_group()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_disconnect_from_db()
: NT_extern.cxx
- nt_draw_zoom_box()
: AWT_canvas.cxx
- NT_edit_bootstrap()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_exit()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_expand_marked_cb()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- nt_extract_configuration()
: NT_edconf.cxx
- NT_fill_canvas_selection_list()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_fix_dict_compress()
: NT_dbrepair.cxx
- NT_fix_gene_data()
: NT_dbrepair.cxx
- NT_format_all_alignments()
: NT_local_proto.h
, NT_main.cxx
- NT_generate_tree()
: TreeDisplay.cxx
, TreeDisplay.hxx
- NT_get_canvas_by_index()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_get_canvas_showing_tree()
: NT_group_search.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_get_tree_root_of_canvas()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_import_sequences()
: NT_local_proto.h
, NT_import.cxx
- NT_importValidNames()
: NT_validNames.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_infomode_cb()
: NT_extern.cxx
- NT_insert_collapse_submenu()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_insert_mark_submenus()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_install_treeShader()
: NT_local_proto.h
, NT_shadeTree.cxx
- nt_intro_start_existing()
: NT_main.cxx
- nt_intro_start_import()
: NT_main.cxx
- nt_intro_start_merge()
: NT_main.cxx
- NT_jump_cb()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_justify_branch_lenghs()
: NT_extern.cxx
- NT_mark_all_cb()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_mark_duplicates()
: NT_extern.cxx
- nt_mode_event()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_move_boot_branch()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_multifurcate_tree()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_open_mask_window()
: NT_extern.cxx
- NT_optimize()
: PARS_main.cxx
- NT_popup_configuration_admin()
: NT_edconf.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_pseudo_species_to_organism()
: NT_extern.cxx
- nt_reAdd()
: PARS_main.cxx
- NT_reAdd_and_NNI()
: PARS_main.cxx
- nt_reAdd_and_update()
: PARS_main.cxx
- NT_reAdd_quick()
: PARS_main.cxx
- NT_recursiveNNI()
: PARS_main.cxx
- NT_reinit_treetype()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_reload_tree_event()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_remove_bootstrap()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_remove_leafs()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_remove_species_in_tree_from_hash()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- nt_rename_configuration()
: NT_edconf.cxx
- NT_repair_DB()
: NT_dbrepair.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_repair_userland_problems()
: NT_userland_fixes.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_rerepair_DB()
: NT_local_proto.h
, NT_dbrepair.cxx
- NT_reset_branchlengths()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_reset_lzoom_cb()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_reset_pzoom_cb()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_resort_data_base_by_tree()
: NT_sort.cxx
- NT_resort_data_by_phylogeny()
: NT_sort.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_resort_data_by_user_criteria()
: NT_sort.cxx
- NT_resort_tree_cb()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- NT_restart()
: NT_local_proto.h
, NT_extern.cxx
- nt_run()
: NT_extern.cxx
- NT_save_as_cb()
: NT_extern.cxx
- NT_save_quick_as_cb()
: NT_extern.cxx
- NT_save_quick_cb()
: NT_extern.cxx
- NT_scale_tree()
: TreeCallbacks.cxx
, TreeCallbacks.hxx
- NT_select_bottom_tree()
: NT_local_proto.h
, NT_cb.cxx
- nt_seq_load_cb()
: NT_import.cxx
- NT_set_tree_style()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- nt_species_join()
: NT_join.cxx
- NT_start()
: NT_extern.cxx
, NT_local_proto.h
- nt_start_2nd_arb()
: NT_extern.cxx
- nt_start_editor_on_configuration()
: NT_edconf.cxx
- NT_start_editor_on_tree()
: NT_local_proto.h
, NT_edconf.cxx
- nt_store_configuration()
: NT_edconf.cxx
- NT_suggestValidNames()
: NT_validNames.cxx
, NT_local_proto.h
- NT_toggle_expert_mode()
: NT_extern.cxx
- NT_toggle_focus_policy()
: NT_extern.cxx
- nt_trans_cursorpos_changed()
: ad_transpro.cxx
- NT_undo_cb()
: NT_extern.cxx
- NT_update_marked_counter()
: NT_extern.cxx
- NT_with_displayed_tree_do()
: TreeCallbacks.hxx
, TreeCallbacks.cxx
- ntree_cleanup()
: CT_ntree.cxx
, CT_ntree.hxx
- ntree_count_sons()
: CT_ntree.cxx
, CT_ntree.hxx
- ntree_get()
: CT_ntree.cxx
, CT_ntree.hxx
- ntree_init()
: CT_ntree.cxx
, CT_ntree.hxx
- NTREE_move_tree_info()
: NT_tree_cmp.h
, NT_tree_cmp.cxx
- nuc_dist()
: AP_pro_a_nucs.cxx
- null_cb()
: AWT_TreeAwars.cxx
- nullcb()
: fast_aligner.cxx
- numeric_string_cmp()
: db_query.cxx