- n -

• n_encode() : ClustalV.cxx
• name2ID() : AW_preset.cxx
• name_only() : AWTI_import.cxx
• nameIsUnique() : ED4_no_class.cxx , GEN_map.cxx
• names_destroy_locs() : names_extern.c
• names_destroy_socket() : names_extern.c
• names_init_socket() : names_extern.c
• names_server_save() : names.cxx , names_extern.c
• namesFilename() : AW_names_admin.cxx
• nas_remove_small_vocals() : names.cxx
• nas_string_2_name() : names.cxx
• NDS_changed() : ED4_nds.cxx
• nds_create_vars() : nds.cxx
• NDS_create_vars() : nds.cxx , nds.h
• NDS_create_window() : nds.cxx , nds.h
• nds_delete_database_entries() : nds.cxx
• nds_init_config() : nds.cxx
• nds_length_changed_cb() : nds.cxx
• nds_maintain_viewkeys() : nds.cxx
• NDS_mask_nonprintable_chars() : nds.cxx , nds.h
• NDS_popup_select_srtaci_window() : nds.cxx , nds.h
• nds_restore_config() : nds.cxx
• nds_store_config() : nds.cxx
• need_macro_ability() : trackers.cxx , macros.hxx
• neighbourjoining() : neighbourjoin.hxx , NJ.cxx
• never_auto_format_ali_genom_cb() : AdminGui.cxx
• neverCalledDummy_cb() : AWTI_edit.cxx
• neverTranslatesError() : AP_codon_table.cxx
• new_dtree() : adoptimize.cxx
• new_g_b_undo_entry() : adindex.cxx
• new_gbt_message_created_cb() : adtools.cxx
• new_input_window() : AW_modal.cxx
• new_ntnode() : CT_ntree.cxx
• new_selection_made_cb() : db_query.cxx
• new_sina_simple() : graph_aligner_gui.cxx
• newBlock() : mem.cxx , mem.h
• newIsland() : align.cxx
• newMatrix() : mem.cxx , mem.h
• newRefDbSelected_cb() : graph_aligner_gui.cxx
• newSpreading() : spreadin.c , spreadin.h
• newview() : arb_dnarates.cxx
• next_closing_paren() : arb_proto_2_xsub.cxx
• next_comma_outside_parens() : arb_proto_2_xsub.cxx
• next_experiment_in_range() : EXP_interface.cxx
• next_gene_in_range() : GEN_interface.cxx
• next_known_enum_value() : adperl.cxx
• next_non_white() : AWT_input_mask.cxx
• nextch() : mkptypes.cxx
• nextNonSpace() : mkptypes.cxx
• nextNonWord() : mkptypes.cxx
• nextToken() : aisc_var_ref.c
• nextTokenMatching() : aisc_var_ref.c
• ngetc() : mkptypes.cxx
• nibble2hex() : awt_hexdump.hxx
• nn_auto_search_changed_cb() : ui_species.cxx
• nn_perform_delayed_autosearch_cb() : ui_species.cxx
• nn_searchRel_awar_changed_cb() : ui_species.cxx
• nn_trigger_delayed_autosearch_cb() : ui_species.cxx
• no_content() : global.h
• no_data_error() : SQ_functions.cxx
• no_files_found_error() : AWTI_import.cxx
• NO_FUNCTION_TYPE() : ttypes.h
• no_mode_text_defined() : mode_text.h
• nocb() : TreeDisplay.cxx
• nodes_2_edges() : arbdbt.h
• nodes_2_innerNodes() : arbdbt.h
• nodes_2_leafs() : arbdbt.h
• nodiff_indicator_changed_cb() : ED4_seq_colors.cxx
• noop() : arb_perf_test.cxx
• normalize_matrix_cb() : saicalc.cxx
• normalizeBaseFreqs() : trnsprob.cxx , trnsprob.h
• NormalizeOffset() : GDE_FileIO.cxx
• normalizeRateParams() : trnsprob.cxx , trnsprob.h
• noRuleset_cb() : xfergui.cxx
• not_in_match_error() : AWTI_import.cxx
• notHasGap() : AP_seq_dna.cxx , AP_seq_protein.cxx
• notIsGap() : AP_seq_dna.cxx , AP_seq_protein.cxx
• NT_activate_configMarkers_display() : NT_edconf.cxx , NT_local_proto.h
• nt_add() : PARS_main.cxx
• NT_add_and_NNI() : PARS_main.cxx
• nt_add_and_update() : PARS_main.cxx
• nt_add_partial() : PARS_main.cxx
• NT_add_partial_and_update() : PARS_main.cxx
• NT_add_quick() : PARS_main.cxx
• NT_alltree_remove_leafs() : NT_extern.cxx
• nt_best_partial_match_rec() : PARS_main.cxx
• NT_bootstrap() : PARS_main.cxx
• nt_build_conf_marked() : NT_edconf.cxx
• nt_build_conf_string_rek() : NT_edconf.cxx
• nt_build_sai_string() : NT_edconf.cxx
• nt_build_sai_string_by_hash() : NT_edconf.cxx
• NT_calc_branchlengths_reorder_and_update() : PARS_main.cxx
• nt_changesecurity() : NT_extern.cxx
• nt_check_database_consistency() : NT_main.cxx
• NT_configure_treeShader() : NT_local_proto.h , NT_shadeTree.cxx
• NT_convert_gene_locations() : NT_dbrepair.cxx
• NT_count_different_chars() : ad_spec.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_alignment_admin_window() : NT_cb.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_alignment_vars() : NT_cb.cxx , NT_local_proto.h
• nt_create_all_awars() : NT_extern.cxx
• NT_create_branch_analysis_window() : NT_branchAnalysis.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_colstat_2_gnuplot_window() : ColumnStat_2_gnuplot.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_compare_taxonomy_awars() : NT_taxonomy.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_compare_taxonomy_window() : NT_local_proto.h , NT_taxonomy.cxx
• NT_create_compareTopologies_window() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• nt_create_config_after_import() : NT_edconf.cxx
• NT_create_config_after_import() : NT_edconf.cxx , NT_local_proto.h
• nt_create_configuration() : NT_edconf.cxx
• NT_create_consense_window() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_database_optimization_window() : NT_extern.cxx
• NT_create_dna_2_pro_window() : ad_transpro.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_extendeds_vars() : ad_ext.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_extendeds_window() : ad_ext.cxx , NT_local_proto.h
• nt_create_intro_window() : NT_main.cxx
• NT_create_main_window() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_mask_submenu() : NT_extern.cxx
• NT_create_merge_from_window() : NT_extern.cxx
• NT_create_merge_to_window() : NT_extern.cxx
• NT_create_moveGroupInfo_window() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_multifurcate_tree_awars() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_multifurcate_tree_window() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_realign_dna_window() : ad_transpro.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_resort_awars() : NT_local_proto.h , NT_sort.cxx
• NT_create_resort_window() : NT_local_proto.h , NT_sort.cxx
• NT_create_sai_from_pfold() : ad_spec.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_save_as() : NT_extern.cxx
• NT_create_save_quick_as_window() : NT_extern.cxx
• NT_create_searchManuallyNames_window() : NT_local_proto.h , NT_validManual.cxx
• NT_create_select_alignment_window() : NT_cb.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_select_tree_window() : NT_cb.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_sort_tree_by_other_tree_window() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_species_join_window() : NT_join.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_splitAlignment_window() : NT_local_proto.h , NT_split_ali.cxx
• NT_create_startEditorOnOldConfiguration_window() : NT_edconf.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_syncroot_window() : NT_syncroot.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_syncScroll_window() : NT_local_proto.h , NT_sync_scroll.cxx , NT_sync_scroll.h
• NT_create_trackAliChanges_Awars() : NT_local_proto.h , NT_trackAliChanges.cxx
• NT_create_trackAliChanges_window() : NT_local_proto.h , NT_trackAliChanges.cxx
• NT_create_transpro_variables() : ad_transpro.cxx , NT_local_proto.h
• NT_create_twoTreeSelection() : ad_trees.cxx , NT_local_proto.h
• NT_createConcatenationAwars() : NT_concatenate.cxx , NT_local_proto.h
• NT_createConcatenationWindow() : NT_concatenate.cxx , NT_local_proto.h
• NT_createMergeSimilarSpeciesAndConcatenateWindow() : NT_concatenate.cxx
• NT_createMergeSimilarSpeciesWindow() : NT_concatenate.cxx , NT_local_proto.h
• NT_createValidNamesAwars() : NT_validManual.cxx , NT_local_proto.h
• NT_database_optimization() : NT_extern.cxx
• NT_del_mark_move_REF() : NT_dbrepair.cxx
• nt_delete_configuration() : NT_edconf.cxx
• nt_delete_database() : NT_main.cxx
• NT_delete_mark_all_cb() : NT_cb.cxx , NT_local_proto.h
• NT_deleteValidNames() : NT_local_proto.h , NT_validNames.cxx
• NT_deselect_group() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• nt_disconnect_from_db() : NT_extern.cxx
• nt_draw_zoom_box() : AWT_canvas.cxx
• NT_edit_bootstrap() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_exit() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• NT_expand_marked_cb() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• nt_extract_configuration() : NT_edconf.cxx
• NT_fill_canvas_selection_list() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• NT_fix_dict_compress() : NT_dbrepair.cxx
• NT_fix_gene_data() : NT_dbrepair.cxx
• NT_format_all_alignments() : NT_local_proto.h , NT_main.cxx
• NT_generate_tree() : TreeDisplay.cxx , TreeDisplay.hxx
• NT_get_canvas_by_index() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• NT_get_canvas_showing_tree() : NT_group_search.cxx , NT_local_proto.h
• NT_get_tree_root_of_canvas() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• NT_import_sequences() : NT_local_proto.h , NT_import.cxx
• NT_importValidNames() : NT_validNames.cxx , NT_local_proto.h
• NT_infomode_cb() : NT_extern.cxx
• NT_insert_collapse_submenu() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_insert_mark_submenus() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_install_treeShader() : NT_local_proto.h , NT_shadeTree.cxx
• nt_intro_start_existing() : NT_main.cxx
• nt_intro_start_import() : NT_main.cxx
• nt_intro_start_merge() : NT_main.cxx
• NT_jump_cb() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_justify_branch_lenghs() : NT_extern.cxx
• NT_mark_all_cb() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_mark_duplicates() : NT_extern.cxx
• nt_mode_event() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_move_boot_branch() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_multifurcate_tree() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_open_mask_window() : NT_extern.cxx
• NT_optimize() : PARS_main.cxx
• NT_popup_configuration_admin() : NT_edconf.cxx , NT_local_proto.h
• NT_pseudo_species_to_organism() : NT_extern.cxx
• nt_reAdd() : PARS_main.cxx
• NT_reAdd_and_NNI() : PARS_main.cxx
• nt_reAdd_and_update() : PARS_main.cxx
• NT_reAdd_quick() : PARS_main.cxx
• NT_recursiveNNI() : PARS_main.cxx
• NT_reinit_treetype() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_reload_tree_event() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_remove_bootstrap() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_remove_leafs() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_remove_species_in_tree_from_hash() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• nt_rename_configuration() : NT_edconf.cxx
• NT_repair_DB() : NT_dbrepair.cxx , NT_local_proto.h
• NT_repair_userland_problems() : NT_userland_fixes.cxx , NT_local_proto.h
• NT_rerepair_DB() : NT_local_proto.h , NT_dbrepair.cxx
• NT_reset_branchlengths() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_reset_lzoom_cb() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_reset_pzoom_cb() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_resort_data_base_by_tree() : NT_sort.cxx
• NT_resort_data_by_phylogeny() : NT_sort.cxx , NT_local_proto.h
• NT_resort_data_by_user_criteria() : NT_sort.cxx
• NT_resort_tree_cb() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• NT_restart() : NT_local_proto.h , NT_extern.cxx
• nt_run() : NT_extern.cxx
• NT_save_as_cb() : NT_extern.cxx
• NT_save_quick_as_cb() : NT_extern.cxx
• NT_save_quick_cb() : NT_extern.cxx
• NT_scale_tree() : TreeCallbacks.cxx , TreeCallbacks.hxx
• NT_select_bottom_tree() : NT_local_proto.h , NT_cb.cxx
• nt_seq_load_cb() : NT_import.cxx
• NT_set_tree_style() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• nt_species_join() : NT_join.cxx
• NT_start() : NT_extern.cxx , NT_local_proto.h
• nt_start_2nd_arb() : NT_extern.cxx
• nt_start_editor_on_configuration() : NT_edconf.cxx
• NT_start_editor_on_tree() : NT_local_proto.h , NT_edconf.cxx
• nt_store_configuration() : NT_edconf.cxx
• NT_suggestValidNames() : NT_validNames.cxx , NT_local_proto.h
• NT_toggle_expert_mode() : NT_extern.cxx
• NT_toggle_focus_policy() : NT_extern.cxx
• nt_trans_cursorpos_changed() : ad_transpro.cxx
• NT_undo_cb() : NT_extern.cxx
• NT_update_marked_counter() : NT_extern.cxx
• NT_with_displayed_tree_do() : TreeCallbacks.hxx , TreeCallbacks.cxx
• ntree_cleanup() : CT_ntree.cxx , CT_ntree.hxx
• ntree_count_sons() : CT_ntree.cxx , CT_ntree.hxx
• ntree_get() : CT_ntree.cxx , CT_ntree.hxx
• ntree_init() : CT_ntree.cxx , CT_ntree.hxx
• NTREE_move_tree_info() : NT_tree_cmp.h , NT_tree_cmp.cxx
• nuc_dist() : AP_pro_a_nucs.cxx
• null_cb() : AWT_TreeAwars.cxx
• nullcb() : fast_aligner.cxx
• numeric_string_cmp() : db_query.cxx