- m -

• MacInit() : macinit.c
• macke_abbrev() : macke.cxx
• macke_continue_line() : macke.cxx
• macke_is_genbank_entry_comment() : macke.cxx
• macke_key_word() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_one_entry_in() : macke.cxx
• macke_origin() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_out_header() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_print_keyword_rem() : macke.cxx
• macke_print_line() : macke.cxx
• macke_print_prefixed_line() : macke.cxx
• macke_print_prefixed_line_if_content() : macke.cxx
• macke_read_seq() : macke.cxx
• macke_seq_data_out() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_seq_display_out() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_seq_info_out() : macke.cxx , prototypes.h
• macke_to_gcg() : gcg.cxx
• macro_execution_finished() : macro_gui.cxx
• macro_recording_changed_cb() : macro_gui.cxx
• macro_terminated() : trackers.cxx
• main() : ps_detect_weak_differences.cxx , ps_eval_candidates.cxx , ps_find_probes.cxx , ps_get_probes.cxx , ps_make_sample_db.cxx , ps_merge_my_dbs.cxx , ps_my2ascii.cxx , ps_my2asciipaths.cxx , ps_show_result.cxx , macinit.c , readseq.c , arb_main.cxx , c0x.cxx , nostd.cxx , arb_calc_pvp.cxx , arb_export_newick.cxx , arb_export_seq_filtered.cxx , arb_export_sequences.cxx , arb_export_tree.cxx , arb_read_tree.cxx , arb_write_tree_comment.cxx , TestEnvironment.cxx , aisc.c , i-hopper.cxx , perlmain_source.c , ps_arb2asciipaths.cxx , ps_convert_db.cxx
• make_alnum() : names.cxx
• make_alpha() : names.cxx
• make_async_call() : servercntrl.cxx
• make_counter() : arb_progress.cxx
• make_limit_string() : field_shader.cxx
• make_macro_recording_tracker() : trackers.cxx
• make_pamo() : ClustalV.cxx
• make_PT_family_list() : PT_family.cxx
• makeAliData() : insdel.cxx
• makeAliSeqData() : insdel.cxx
• makeEdge() : ap_main.hxx
• makeFromConfigRule() : saiop.cxx
• makeHelpCallback() : aw_window.hxx
• makeItemFieldShader() : field_shader.cxx , field_shader.h
• MAKEREL() : admap.cxx
• makeSymPart() : mkptypes.cxx
• makeTitle() : ColumnStat_2_gnuplot.cxx
• makeUniqueShortName() : AW_rename.cxx
• makeUserRates() : arb_dnarates.cxx
• makevalues() : arb_dnarates.cxx
• makeweights() : arb_dnarates.cxx
• map_awXKey() : AW_xkey.cxx
• map_extended() : MG_extendeds.cxx
• map_item_cb() : info_window.cxx
• map_SAI_to_scanner() : ad_ext.cxx
• map_viewkey() : nds.cxx
• map_viewkeys() : nds.cxx
• MapDisplayParameters() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
• mapping_awar_name() : AWT_map_key.cxx
• MapSaiToEcoliTemplateChanged_CB() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
• MapSearchStringsToEcoliTemplateChanged_CB() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
• MapSelectedSpeciesChanged_CB() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
• mapTree() : NT_taxonomy.cxx
• mark_action() : NT_taxonomy.cxx
• mark_as_macro_executor() : adtools.cxx
• mark_cluster() : DI_clusters.cxx
• mark_clusters() : DI_clusters.cxx
• mark_colored_cb() : db_query.cxx
• mark_deep_leafs_automark_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• mark_deep_leafs_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• mark_degenerated_branches_automark_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• mark_degenerated_branches_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• mark_gene_species() : GEN_map.cxx
• mark_gene_species_of_marked_genes() : GEN_map.cxx
• mark_gene_species_using_current_alignment() : GEN_map.cxx
• mark_genes_of_marked_gene_species() : GEN_map.cxx
• mark_long_branches_automark_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• mark_long_branches_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
• MARK_NONFINAL_CLASS() : reader.h , arb_strarray.h , BufferedFileReader.h , ed4_class.hxx , AP_Tree.hxx , ARB_Tree.hxx , TreeDisplay.hxx , aw_window.hxx
• MARK_NONFINAL_DTOR() : reader.h
• MARK_NONFINAL_FUNCTION() : BufferedFileReader.h , ed4_class.hxx , AP_Tree.hxx , ARB_Tree.hxx , TreeDisplay.hxx
• MARK_NONFINAL_METHOD() : TreeNode.h , ed4_class.hxx , AP_Tree.hxx , aw_device.hxx
• mark_nontree_cb() : TreeCallbacks.cxx
• mark_organisms() : GEN_map.cxx
• mark_organisms_with_marked_genes() : GEN_map.cxx
• mark_pipe_broken() : AW_status.cxx
• mark_queried_cb() : db_query.cxx
• mark_referred_species() : NT_extern.cxx
• mark_species() : NT_edconf.cxx
• mark_tree_cb() : TreeCallbacks.cxx
• markerThresholdChanged_cb() : TreeDisplay.cxx
• master_gap_extend() : ClustalV.cxx
• master_gap_open() : ClustalV.cxx
• master_gapAt() : ClustalV.cxx
• master_gapAtWithOpenPenalty() : ClustalV.cxx
• match_changed_cb() : probe_design.cxx
• match_string() : PT_match.cxx , pt_prototypes.h
• matchesSymPart() : mkptypes.cxx
• matchesUsingWildcard() : ED4_block.cxx
• matchingParen() : mkptypes.cxx
• matrix_changed_cb() : DI_matr.cxx
• matrix_config_changed_cb() : saicalc.cxx
• matrix_gui_changed_cb() : saicalc.cxx
• matrix_halfsize() : AP_matrix.hxx
• matrix_needs_recalc_cb() : DI_matr.cxx
• max() : aisc.c , global.h , seq_search.hxx , aw_rgb.hxx
• max_kb_for_passes() : PT_partition.h
• max_probes_for_passes() : PT_partition.h
• maxAllowedInsertions() : PARS_main.cxx
• maxCompressionSteps() : adseqcompr.cxx
• MAXLENtooSmall() : ClustalV.cxx
• member_of_DB() : AW_awar.cxx
• memcpy3() : Translate.cxx
• memstr() : adoptimize.cxx
• MERGE_create_all_awars() : MG_main.cxx , mg_merge.hxx
• MERGE_create_db_file_awars() : MG_main.cxx , mg_merge.hxx
• MERGE_create_main_window() : MG_main.cxx , mg_merge.hxx
• merge_from_cb() : NT_extern.cxx
• merge_from_to() : NT_extern.cxx
• merge_into_cb() : NT_extern.cxx
• MERGE_sequences_simple() : mg_merge.hxx , MG_species.cxx
• merge_startup_abort_cb() : NT_main.cxx
• merge_startup_error_window() : NT_main.cxx
• mergeKnownFields() : xfergui.cxx
• mergeSimilarSpecies() : NT_concatenate.cxx
• mergeToKnownFields() : xfergui.cxx
• message() : ali_main.cxx
• message_cb() : AW_modal.cxx , aw_window_Xm.hxx
• MG_aci_changed_cb() : MG_gene_species.cxx
• MG_adaptAllCopiedAlignments() : MG_adapt_ali.cxx , MG_adapt_ali.hxx
• mg_check_field_cb() : MG_checkfield.cxx
• MG_config_delete_cb() : MG_configs.cxx
• MG_copy_and_check_alignments() : merge.hxx , MG_alignment.cxx
• mg_count_queried() : merge.hxx , MG_checkfield.cxx
• MG_create_config_awar() : merge.hxx , MG_configs.cxx
• MG_create_current_field_content() : MG_gene_species.cxx
• MG_create_db_dependent_awars() : MG_main.cxx
• MG_create_db_dependent_rename_awars() : merge.hxx , MG_names.cxx
• MG_create_extendeds_awars() : merge.hxx , MG_extendeds.cxx
• MG_create_field_content() : MG_gene_species.cxx
• MG_create_gene_species_awars() : MG_gene_species.cxx , merge.hxx
• MG_create_merge_alignment_window() : merge.hxx , MG_alignment.cxx
• MG_create_merge_configs_window() : MG_configs.cxx , merge.hxx
• MG_create_merge_names_window() : merge.hxx , MG_names.cxx
• MG_create_merge_SAIs_window() : MG_extendeds.cxx , merge.hxx
• MG_create_merge_species_window() : merge.hxx , MG_species.cxx
• MG_create_merge_trees_window() : merge.hxx , MG_trees.cxx
• MG_create_preserves_selection_window() : merge.hxx , MG_preserves.cxx
• MG_create_remap() : MG_adapt_ali.cxx
• MG_create_rename_awars() : merge.hxx , MG_names.cxx
• MG_create_save_as_window() : MG_main.cxx
• MG_create_species_awars() : MG_species.cxx , merge.hxx
• MG_create_trees_awar() : merge.hxx , MG_trees.cxx
• MG_current_field_def_changed_cb() : MG_gene_species.cxx
• MG_delete_selected_field_def() : MG_gene_species.cxx
• MG_dest_field_changed_cb() : MG_gene_species.cxx
• MG_diff_strings() : MG_checkfield.cxx
• MG_equal_alignments() : MG_species.cxx
• MG_exit() : MG_main.cxx
• MG_expect_renamed() : merge.hxx , MG_names.cxx
• MG_export_fields() : MG_gene_species.cxx , merge.hxx
• MG_extended_delete_cb() : MG_extendeds.cxx
• MG_gene_species_create_field_transfer_def_window() : merge.hxx , MG_gene_species.cxx
• mg_get_first_sai_data1() : MG_extendeds.cxx
• mg_get_first_sai_data2() : MG_extendeds.cxx
• mg_get_first_species_data1() : MG_species.cxx
• mg_get_first_species_data2() : MG_species.cxx
• mg_get_selected_sai1() : MG_extendeds.cxx
• mg_get_selected_sai2() : MG_extendeds.cxx
• mg_get_selected_species1() : MG_species.cxx
• mg_get_selected_species2() : MG_species.cxx
• mg_initialize_SAI_selectors() : MG_extendeds.cxx
• mg_initialize_species_selectors() : MG_species.cxx
• MG_left_AWAR_SPECIES_NAME() : merge.hxx , MG_species.cxx
• MG_map_species() : MG_species.cxx
• MG_merge_tagged_field_cb() : MG_species.cxx
• MG_method_changed_cb() : MG_gene_species.cxx
• MG_save_cb() : MG_main.cxx
• MG_save_quick_result_cb() : MG_main.cxx
• mg_select_sai1() : MG_extendeds.cxx
• mg_select_sai2() : MG_extendeds.cxx
• mg_select_species1() : MG_species.cxx
• mg_select_species2() : MG_species.cxx
• MG_set_renamed() : merge.hxx , MG_names.cxx
• MG_source_field_changed_cb() : MG_gene_species.cxx
• MG_transfer_config() : MG_configs.cxx
• MG_transfer_extended() : MG_extendeds.cxx
• MG_transfer_fields_info() : MG_species.cxx
• mg_transfer_listed_species() : MG_species.cxx
• MG_transfer_one_species() : MG_species.cxx
• mg_transfer_selected_species() : MG_species.cxx
• MG_transfer_species() : MG_species.cxx
• MG_transfer_tree() : MG_trees.cxx
• MG_update_example() : MG_gene_species.cxx
• MG_update_selection_list_on_field_transfers() : MG_gene_species.cxx
• mg_xfer_via_fts() : MG_species.cxx
• mid() : adlang1.cxx
• min() : arb_dnarates.cxx , global.h , fast_aligner.cxx , adoptimize.cxx
• minfit_() : eispack.cxx
• minmax_awar_pair_changed_cb() : probe_design.cxx
• MissingArgumentFor() : mkptypes.cxx
• mix() : item_shader.h
• mix_floats() : ValueTuple.cxx
• mixtree_and_calclengths() : PARS_main.cxx
• mm2inch() : AWT_canio.cxx
• mod_boolrule_cb() : saicalc.cxx
• mode_is_user_writeable() : arb_file.cxx
• modes_cb() : ED4_root.cxx
• modifies_awar() : recmac.cxx
• modify_configurations() : NT_edconf.cxx
• modify_fields_of_queried_cb() : db_query.cxx
• modify_probe_event() : probe_design.cxx
• modify_target_string() : probe_design.cxx
• modsai_cb() : ED4_block.cxx
• motion_cb() : DI_view_matrix.cxx
• motion_event() : AWT_canvas.cxx
• MouseButton() : macinit.c
• MouseMoveEventHandler() : RNA3D_Interface.cxx
• move_and_update_rectangle() : ED4_window.cxx
• move_dll_header() : aisc_extern.c , aisc_extern_privat.h
• move_field_cb() : xfergui.cxx
• move_son() : CT_ntree.cxx
• move_species_to_extended() : ui_species.cxx
• MP_aborted() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_all_species_string() : pt_prototypes.h , PT_match.cxx
• MP_cache_sonden() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_cache_sonden2() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_close_main() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_collect_probes() : MP_Window.cxx
• MP_Comment() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_compute() : MP_noclass.cxx , MultiProbe.hxx
• MP_count_all_species() : PT_match.cxx , pt_prototypes.h
• MP_delete_selected() : MP_externs.hxx , MP_noclass.cxx
• mp_file2list() : MP_Window.cxx
• MP_gen_quality() : mp_proto.hxx , MP_noclass.cxx
• MP_gen_singleprobe() : mp_proto.hxx , MP_noclass.cxx
• MP_get_comment() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_get_probes() : MP_noclass.cxx
• MP_group_all_except_marked() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_init_local_com_struct() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_is_probe() : MP_noclass.cxx
• mp_list2file() : MP_Window.cxx
• MP_mark_probes_in_tree() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_match_string() : PT_match.cxx , pt_prototypes.h
• MP_modify_selected() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_new_sequence() : MP_noclass.cxx , mp_proto.hxx
• MP_normal_colors_in_tree() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_popup_result_window() : MP_externs.hxx , MP_noclass.cxx
• MP_result_combination_chosen() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_selected_chosen() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• MP_show_probes_in_tree() : MP_externs.hxx , MP_noclass.cxx
• MP_show_probes_in_tree_move() : MP_noclass.cxx , MP_externs.hxx
• mtoe() : embl.cxx , prototypes.h
• mtog() : prototypes.h , mg.cxx
• mtog_decode_ref_and_remarks() : mg.cxx
• mtog_genbank_def_and_source() : mg.cxx
• multi_species_man_consensus_id_starts_with() : ED4_cursor.cxx
• multifurcation_cb() : ad_trees.cxx
• multiroot_sync_subsetTrees() : NT_syncroot.cxx
• mutateRNS() : rns.c
• mutexDir() : TestEnvironment.cxx
• my_strupr() : probe_design.cxx
• mygetc() : arb_a2ps.c