- s -

• safe_write() : AW_status.cxx
• safeCharIndex() : dupstr.h
• SafeSize() : glpng.c
• SAI_get_selector() : items.h , SAIs.cxx
• SAI_init_calculator_awars() : saicalc.cxx
• SAI_popup_calculator_window() : saicalc.h , saicalc.cxx
• sai_seletion_changed_cb() : saicalc.cxx
• sai_transtab_awar() : ED4_visualizeSAI.cxx
• saicalc_edit_method_cb() : saicalc.cxx
• saiChanged_callback() : ED4_visualizeSAI.cxx
• saiHasDataInAli() : calculator.cxx
• save_cb() : AWT_config_manager.cxx
• save_comments() : AWT_config_manager.cxx
• save_list_cb() : AWT_sel_boxes.cxx
• save_lower_subtree() : PT_buildtree.cxx
• save_messagebox_content_to() : AW_status.cxx
• save_probe_collection() : probe_design.cxx
• save_probe_list_to_DB() : probe_design.cxx
• save_results() : DI_clusters.cxx
• save_results_recursive() : DI_clusters.cxx
• save_search_paras_to_file() : ED4_search.cxx
• save_tree_as_newick() : arb_consensus_tree.cxx
• save_upper_tree() : PT_buildtree.cxx
• saveArb() : arb_dnarates.cxx
• saveChangedRuleset() : xfergui.cxx
• scaleAndRound() : AW_xfig.cxx
• scalerChanged_cb() : AW_button.cxx
• scan_bool_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_existing_input_masks() : AWT_input_mask.cxx
• scan_flag_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_gene_positions() : arb_gene_probe.cxx
• scan_identifier() : AWT_input_mask.cxx
• scan_keyword_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_long_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_optional_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_string_or_keyword_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_string_parameter() : AWT_input_mask.cxx
• scan_token() : prototypes.h , util.cxx
• scan_token_or_die() : prototypes.h , util.cxx
• scanGbdByKey() : admap.cxx
• scanKeywords() : readcfg.c
• scanMinIndentation() : arb_help2xml.cxx
• scanSeqlenFromID() : Importer.cxx
• scanSeqlenFromLOCUS() : Importer.cxx
• scanToken() : SEC_main.cxx
• screen2printer() : AW_print.cxx
• script_part_of() : nds.cxx
• scroll_hor_cb() : AWT_canvas.cxx
• scroll_sellist() : AW_button.cxx
• scroll_sellist_dn() : AW_button.cxx
• scroll_sellist_up() : AW_button.cxx
• scroll_vert_cb() : AWT_canvas.cxx
• scrollHalfPage() : ED4_no_class.cxx
• search_comment_for_attribute() : mkptypes.cxx
• search_comment_for_promotion() : mkptypes.cxx
• searchParamsChanged() : ED4_search.cxx
• searchWord() : adoptimize.cxx
• sec2disp() : AW_status.cxx
• SEC_center_cb() : SEC_main.cxx
• SEC_create_bonddef_window() : SEC_main.cxx
• SEC_create_display_window() : SEC_main.cxx
• SEC_create_gc_window() : SEC_main.cxx
• sec_dbcb() : SEC_db.cxx
• SEC_delete_structure() : SEC_main.cxx
• SEC_exit() : SEC_main.cxx
• sec_expect_closing_bracket() : SEC_read.cxx
• sec_expect_constraints() : SEC_read.cxx
• sec_expect_keyword_and_doubles() : SEC_read.cxx
• sec_expect_keyword_and_ints() : SEC_read.cxx
• SEC_fit_window_cb() : SEC_main.cxx
• SEC_foldedHelixList_to_xstring() : SEC_helix.cxx , SEC_helix.hxx
• SEC_importExport() : SEC_main.cxx
• SEC_is_gap() : SEC_root.hxx
• sec_mode_event() : SEC_main.cxx
• SEC_new_structure() : SEC_main.cxx
• sec_read_line() : SEC_read.cxx
• SEC_rename_structure() : SEC_main.cxx
• sec_scan_doubles() : SEC_read.cxx
• sec_scan_ints() : SEC_read.cxx
• SEC_structure_changed_cb() : SEC_graphic.cxx
• SEC_sync_colors() : SEC_main.cxx
• SEC_toggle_cb() : SEC_main.cxx
• SEC_undo_cb() : SEC_main.cxx
• SEC_xstring_to_foldedHelixList() : SEC_helix.cxx , SEC_helix.hxx
• secS() : align.cxx
• seen_valgrinded_call() : ut_valgrinded.h
• sel_isort_backward() : AW_select.cxx
• sel_sort_backward() : AW_select.cxx
• selbox_install_autorefresh() : AW_file.cxx
• select_cluster() : DI_clusters.cxx
• select_cluster_cb() : DI_clusters.cxx
• select_named_sequence_terminal() : ED4_cursor.cxx
• select_organism() : species.cxx
• select_reference() : MG_preserves.cxx
• select_representative() : DI_clusters.cxx
• select_SAI() : SAIs.cxx
• select_species() : species.cxx
• selected_changed_cb() : ED4_detect_bad_ali.cxx
• selected_config_changed_cb() : NT_edconf.cxx
• selected_configs_awar_changed_cb() : NT_edconf.cxx
• selected_configs_display_awar_changed_cb() : NT_edconf.cxx
• selected_field_changed_cb() : AWT_config_manager.cxx
• selected_fts_changed_cb() : xfergui.cxx
• selected_fts_file_changed() : xfergui.cxx
• selected_group_changed_by_canvas_cb() : NT_group_search.cxx
• selected_match_changed_cb() : probe_design.cxx
• selected_probe_changed_cb() : probe_design.cxx
• selected_rule_changed_cb() : xfergui.cxx
• selected_species_changed_cb() : DI_view_matrix.cxx
• selected_tree_changed_cb() : DI_matr.cxx
• selectedSpeciesChanged_cb() : NT_extern.cxx
• selectLowerIslands() : align.cxx
• selectMnemonic() : AWT_input_mask.cxx
• selectRule() : xfergui.cxx
• selectUpperIslands() : align.cxx
• selectValidNameFromList() : NT_validManual.cxx
• seq_colors_changed_cb() : ED4_main.cxx
• seqFileFormat() : ureadseq.h , ureadseq.c
• seqFileFormatFp() : ureadseq.c , ureadseq.h
• sequence_changed_cb() : ED4_base.cxx
• sequence_is_partial() : TreeCallbacks.cxx
• serve_db_interrupt() : dbserver.cxx
• served() : db_server.cxx
• server_load() : names.cxx
• server_main_loop() : db_server.cxx
• server_save() : names.cxx
• server_shutdown() : names.cxx , PT_main.cxx , pt_prototypes.h
• set_addid() : AW_rename.cxx
• set_advice_id() : AW_advice.cxx
• set_all_modules_to() : TestEnvironment.cxx
• set_and_realloc_gde_array() : ED4_main.cxx
• set_autoselect_cb() : ED4_visualizeSAI.cxx
• set_col_stat_activated_and_refresh() : ED4_colStat.cxx
• set_constant_fields() : GDE_arbdb_io.cxx
• set_current_as_diffRef() : ED4_seq_colors.cxx
• set_DB_state() : PT_main.cxx
• set_diff_reference() : ED4_seq_colors.cxx
• set_displ() : ClustalV.cxx
• set_display_update_callback() : GEN_map.cxx
• set_empty_addids() : names.cxx
• set_extract_common() : AP_buffer.cxx
• set_father() : probe_tree.h
• set_field_of_queried_cb() : db_query.cxx
• set_focus_policy() : AW_root.cxx
• SET_GB_DATA_LIST_HEADER() : gb_data.h
• SET_GB_FATHER() : gb_data.h
• SET_GB_HEADER_LIST_GBD() : gb_header.h
• SET_GB_IF_ENTRIES_GBD() : gb_index.h
• SET_GB_IF_ENTRIES_NEXT() : gb_index.h
• SET_GB_INDEX_FILES_ENTRIES() : gb_index.h
• SET_GB_INDEX_FILES_NEXT() : gb_index.h
• SET_GBCONTAINER_ELEM() : gb_header.h
• SET_GBCONTAINER_IFS() : gb_index.h
• set_global_option() : arb_a2ps.c
• set_intEntry_to() : adtools.cxx
• set_keep_ghostnodes() : PARS_main.cxx
• set_mag_from_psize() : AWT_canio.cxx
• set_marks_of() : group_search.cxx
• set_masters_with_sons() : adseqcompr.cxx
• set_max() : PT_match.cxx
• set_paper_size_xy() : AWT_canio.cxx
• set_parents_with_only_temp_childs_temp() : AW_root.cxx
• set_positional_option() : arb_a2ps.c
• set_protection_level() : ad_load.cxx
• set_protection_of_queried_cb() : db_query.cxx
• SET_QUERIED() : db_query.cxx
• set_SAI_group() : ad_ext.cxx
• set_SAI_group_cb() : ad_ext.cxx
• set_selected_FTS() : xfergui.cxx
• set_suffix() : AW_file.cxx
• set_tree_idx() : adtree.cxx
• set_type() : probe_tree.h
• setCfgError() : readcfg.c , readcfg.h
• setIntEntryToZero() : trackers.cxx
• setMinMax() : AW_xfig.cxx
• setOrAppendQualifiedEntry() : Feature.cxx
• SetParams() : glpng.c
• SetTime() : GDE_Genbank.cxx , GDE_proto.h
• settingName() : ED4_flags.cxx
• setup_configmarker_config_cb() : NT_edconf.cxx
• setup_gde_config_def() : GDE.cxx
• setup_helix_config() : AW_helix.cxx
• setup_keymap_config() : AWT_map_key.cxx
• setup_modify_fields_config() : db_query.cxx
• setup_next_neighbour_config() : ui_species.cxx
• setup_pfold_config() : ED4_protein_2nd_structure.cxx
• setup_probe_config() : probe_design.cxx
• setup_saiColorDefs_config() : SaiProbeVisualization.cxx
• setup_search_config() : ED4_search.cxx
• setup_species_flags_config() : ED4_flags.cxx
• setupnodex() : arb_dnarates.cxx
• setuptree() : arb_dnarates.cxx
• setupxarray() : arb_dnarates.cxx
• setVisualizeSAI_cb() : ED4_visualizeSAI.cxx
• setVisualizeSAI_options_cb() : ED4_visualizeSAI.cxx
• shall_store_in_config() : GDE.cxx
• shiftKeyIsDown() : macinit.c
• shortenLongString() : gb_aci.cxx
• shortenString() : ED4_search.cxx
• shorttimecopy() : reader.h
• shorttimekeep() : reader.h
• shouldReflow() : arb_help2xml.cxx
• show_all_changekeys() : changekey.cxx
• show_command_line_usage() : main.cxx
• show_count() : TreeCallbacks.cxx
• show_detailed_column_stats_activated() : ED4_colStat.cxx
• show_err() : arb_help2xml.cxx
• show_error() : arb_read_tree.cxx , arb_write_tree_comment.cxx
• show_error_and_warnings() : arb_help2xml.cxx
• show_help() : db_server.cxx
• show_message() : arb_read_tree.cxx , arb_write_tree_comment.cxx
• show_probes_in_sellist() : probe_design.cxx
• show_sina_window() : graph_aligner_gui.cxx , graph_aligner_gui.hxx
• show_soft_link() : AW_file.cxx
• show_tracked_error() : AW_inotify.cxx
• show_usage() : arb_sub2ascii.cxx
• show_warning() : arb_help2xml.cxx
• show_warnings() : arb_help2xml.cxx
• showDeconstructingSubtitle() : SyncRoot.cxx
• shown_apos() : PT_new_design.cxx
• shown_ecoli() : PT_new_design.cxx
• shown_qual() : PT_new_design.cxx
• ShowVendorInformation() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• shutdown_macro_recording() : macros.hxx , trackers.cxx
• sigsegv_handler() : arb_signal.cxx
• sina_cmd_changed_cb() : graph_aligner_gui.cxx
• sina_mask() : graph_aligner_gui.cxx , graph_aligner_gui.hxx
• sina_select_ref_db() : graph_aligner_gui.cxx
• sina_start() : graph_aligner_gui.cxx
• single2full_dtree() : adoptimize.cxx
• sitecombcrunch() : arb_dnarates.cxx
• sitesort() : arb_dnarates.cxx
• sizetarray2string() : GEN_interface.cxx
• skip_eolnl_and_append() : util.cxx , prototypes.h
• skip_eolnl_and_append_spaced() : prototypes.h , util.cxx
• skip_page() : arb_a2ps.c
• skip_pattern() : prototypes.h , util.cxx
• SKIP_SPACE_LF() : aisc_inline.h
• SKIP_SPACE_LF_BACKWARD() : aisc_inline.h
• skip_strain() : prototypes.h , util.cxx
• skip_subspecies() : util.cxx , prototypes.h
• Skip_white_space() : prototypes.h , util.cxx
• skipit() : mkptypes.cxx
• slave_gap_extend() : ClustalV.cxx
• slave_gap_open() : ClustalV.cxx
• slave_gapAt() : ClustalV.cxx
• slave_gapAtWithOpenPenalty() : ClustalV.cxx
• sleepms() : UnitTester.cxx , UnitTester.hxx
• SLOW_is_pseudo_key() : db_query.cxx
• SmartCustomPtr() : DBwriter.cxx , CT_common.hxx
• SmartMallocPtr() : gb_aci.h , smartptr.h
• sort_dict_offsets() : adoptimize.cxx
• sort_dtree_by_other_tree_cb() : ad_trees.cxx
• sort_gbdata_offsets() : admap.cxx
• sort_keys() : ui_species.cxx
• sort_order_changed_cb() : DI_clusters.cxx
• sort_sequences_by_length() : PARS_main.cxx
• sort_tprobes_by() : PT_new_design.cxx
• sort_tree_by_other_tree() : ad_trees.cxx
• sort_tree_by_other_tree_cb() : ad_trees.cxx
• sortOldestFirst() : AP_tree_nlen.cxx
• source_sai_list_changed_cb() : saicalc.cxx
• spaced_weightable() : arb_progress.cxx
• spanSubtree() : arb_dnarates.cxx
• species_copy_cb() : ui_species.cxx
• species_create_cb() : ui_species.cxx
• species_create_handler() : ui_species.cxx
• species_delete_cb() : ui_species.cxx
• species_field_selection_list_rescan() : changekey.cxx , item_sel_list.h
• species_field_selection_list_unhide_all_cb() : item_sel_list.h , changekey.cxx
• species_field_selection_list_update_cb() : changekey.cxx , item_sel_list.h
• SPECIES_get_selector() : items.h , species.cxx
• species_has_alignment() : TreeCallbacks.cxx
• species_not_found() : fast_aligner.cxx
• species_rename_cb() : ui_species.cxx
• species_rename_handler() : ui_species.cxx
• species_rename_join() : NT_join.cxx
• species_requires() : probe_design.cxx
• SpeciesMergeListLength() : ED4_no_class.cxx
• speciesOrOrganism() : items.h
• SpinMolecule() : RNA3D_Interface.cxx
• split_ali_cb() : NT_split_ali.cxx
• split_alignment() : NT_split_ali.cxx
• split_data_into_parts() : NT_split_ali.cxx
• split_sort_mask() : db_query.cxx
• split_stat_filename() : ColumnStat_2_gnuplot.cxx
• splitEmblTag() : Importer.cxx
• splitEntry() : GDE_ParseMenu.cxx
• splitGenebankTag() : Importer.cxx
• splitRNS() : rns.c , rns.h
• splitTokComment() : ED4_search.cxx
• spreadRand() : spreadin.c , spreadin.h
• SQ_add_changekeys() : SQ_functions.cxx
• sq_calc_seq_quality_cb() : SQ_main.cxx
• SQ_check_tree_structure() : SQ_functions.h , SQ_functions.cxx
• SQ_clear_group_dictionary() : SQ_functions.cxx , SQ_functions.h
• SQ_create_awars() : SQ_main.cxx , seq_quality.h
• SQ_create_seq_quality_window() : SQ_main.cxx , seq_quality.h
• SQ_evaluate() : SQ_functions.cxx , SQ_functions.h
• SQ_fetch_filtered_sequence() : SQ_functions.cxx
• SQ_mark_species() : SQ_functions.h , SQ_functions.cxx
• SQ_pass1() : SQ_functions.cxx
• SQ_pass1_no_tree() : SQ_functions.h , SQ_functions.cxx
• SQ_pass1_on_tree() : SQ_functions.cxx , SQ_functions.h
• SQ_pass2() : SQ_functions.cxx
• SQ_pass2_no_tree() : SQ_functions.cxx , SQ_functions.h
• SQ_pass2_on_tree() : SQ_functions.cxx , SQ_functions.h
• SQ_remove_quality_entries() : SQ_functions.h , SQ_functions.cxx
• sq_remove_quality_entries_cb() : SQ_main.cxx
• sq_round() : SQ_functions.cxx
• squarepyramidal_number() : triangular.h
• st_check_cb() : ST_window.cxx
• st_ml_add_quality_string_to_species() : ST_quality.cxx
• st_ml_add_sequence_part_to_stat() : ST_quality.cxx
• st_ml_check_sequence_quality() : ST_quality.cxx , st_quality.hxx
• st_ok_cb() : ST_window.cxx
• st_remove_entries() : ST_window.cxx
• st_remove_entries_cb() : ST_window.cxx
• st_sequence_callback() : ST_ml.cxx
• st_sequence_del_callback() : ST_ml.cxx
• standard_file2list() : AWT_sel_boxes.cxx
• standard_list2file() : AWT_sel_boxes.cxx
• start_macro_cb() : macro_gui.cxx
• start_main_window_after_import() : NT_main.cxx
• start_of_main() : arb_main.h
• start_pt_server() : PT_main.cxx
• start_remote_command_for_application() : adtools.cxx
• start_RNA3D_plugin() : RNA3D_Main.cxx
• start_SECEDIT_plugin() : SEC_main.cxx
• startpage() : arb_a2ps.c
• startsWithLetter() : arb_help2xml.cxx
• startsWithNumber() : arb_help2xml.cxx
• startup_dbserver() : dbserver.hxx , dbserver.cxx
• startup_gui() : NT_main.cxx
• startup_mainwindow_and_dbserver() : NT_main.cxx
• startup_merge_main_window() : NT_main.cxx
• startup_merge_prompting_for_nonexplicit_dbs() : NT_main.cxx
• startup_merge_prompting_for_nonexplicit_dst_db() : NT_main.cxx
• startup_sequence_cb() : PH_main.cxx
• stat2display() : ED4_terminal.cxx
• STAT_create_awars() : ST_window.cxx
• STAT_create_chimera_check_window() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_create_main_window() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_create_ST_ML() : ST_window.cxx , st_window.hxx
• STAT_destroy_ST_ML() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_find_node_by_name() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_get_color_string() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_set_postcalc_callback() : st_window.hxx , ST_window.cxx
• STAT_update_ml_likelihood() : ST_window.cxx , st_window.hxx
• STATIC_ASSERT() : PT_tools.h , adseqcompr.cxx , AP_seq_protein.cxx , db_scanner.cxx , ED4_seq_colors.cxx , PT_prefixtree.cxx , probe_tree.h , arb_help2xml.cxx , arb_pathlen.h , DI_matr.cxx , arb_pathlen.h , AW_preset.cxx , probe_tree.h , ED4_seq_colors.cxx , cb.cxx , probe_tree.h , AP_seq_protein.cxx , AW_xfont.cxx , ED4_objspec.cxx , AW_preset.cxx , AW_xfont.cxx
• STATIC_ASSERT_ANNOTATED() : arbdb.cxx , AW_window.cxx , arb_early_check.h
• STATIC_BUFFER() : ad_save_load.cxx
• static_downcast() : downcast.h
• status_write_cmd_and_text() : AW_status.cxx
• StdGetFile() : macinit.c
• StopKey() : macinit.c
• store_cb() : AWT_config_manager.cxx
• store_clusters() : DI_clusters.cxx
• store_gene_species_xfer_fields() : MG_gene_species.cxx
• store_generated_config_cb() : AWT_config_manager.cxx
• store_inside_entry() : gb_storage.h
• store_selected_cluster() : DI_clusters.cxx
• store_unused_detached_info_window_cb() : info_window.cxx
• str0len() : global.h
• str2pattern() : ED4_search.cxx
• str_equal() : global.h
• str_iequal() : global.h
• Strcasecmp() : ureadseq.h , ureadseq.c
• strcasecmp_start() : main.cxx
• strcpy_truncate() : GDE_def.h
• strcpydest() : MG_gene_species.cxx
• strdup_getlen() : AW_window.cxx
• strduplen() : aisc_inline.h
• stream2static() : graph_aligner_gui.cxx
• streamIntFunResults() : test_helpers.h
• streamIntFunResultsInBrackets() : test_helpers.h
• strf() : prototypes.h , util.cxx
• strict_resort_data_base() : NT_sort.cxx
• string() : arb_help2xml.cxx
• string2enum() : adperl.cxx
• string2enum_or_die() : adperl.cxx
• string2PlotType() : ColumnStat_2_gnuplot.cxx
• string2WordSet() : group_search.cxx
• string_comparator() : mkptypes.cxx
• string_to_lower() : group_search.cxx
• StripSpecial() : GDE_HGLfile.cxx
• stristr() : util.cxx , prototypes.h
• strlwr() : PH_filt.cxx
• Strncasecmp() : ureadseq.c , ureadseq.h
• strndup() : global.h
• strpartdup() : probe_match_parser.cxx
• subtract_sons_from_tree() : adseqcompr.cxx
• subtreeLength() : arb_dnarates.cxx
• sum_of_triangular_numbers() : triangular.h
• summarize() : arb_dnarates.cxx
• svd_() : eispack.cxx
• swap() : ad_io_inline.h
• swap_clusters() : DI_clusters.cxx
• swap_configs() : NT_edconf.cxx
• swap_source_dest_cb() : ad_trees.cxx
• sync_changed_cb() : NT_sync_scroll.cxx
• SynchronizeColorsWithEditor() : RNA3D_Interface.cxx