- r -

• raise_reference_cb() : MG_preserves.cxx
• randomMixTree() : PARS_main.cxx
• randProb() : frand.h , frand.c
• randval() : frand.c
• range_changed_cb() : NT_ins_col.cxx
• range_contained_in() : ED4_base.cxx
• range_count_update_cb() : NT_ins_col.cxx
• range_overlay_changed_cb() : AW_preset.cxx
• ranges_overlap() : ED4_base.cxx
• ratqr_() : eispack.cxx
• RB_INFO_order() : CT_rbtree.cxx
• react_to_command() : db_server.cxx
• read_accession_file() : arb_export_sequences.cxx
• read_aisc_file() : aisc_proto.h , aisc.c
• read_alignment() : prototypes.h , seq.cxx
• read_export_format() : seq_export.cxx
• read_import_format() : AWTI_import.cxx
• read_int_with_reserved_bits() : PT_tools.h
• read_keyword() : ad_load.cxx
• read_mapping_awar() : AWT_map_key.cxx
• read_name() : fast_aligner.cxx
• read_nat_with_reserved_bits() : PT_tools.h
• read_references() : MG_preserves.cxx
• read_sequence_region() : ui_species.cxx
• read_tree_and_size_internal() : adtree.cxx
• readable_combined_protein() : AP_seq_protein.cxx
• readable_probe() : PT_io.cxx , pt_prototypes.h
• readable_pt_servername() : AWT_sel_boxes.cxx
• readableItemname() : GDE_ParseMenu.cxx
• readableTime() : AW_status.cxx
• readableUnknownNames() : probe_design.cxx
• readACC() : GEN_map.cxx
• readAndWrite() : adoptimize.cxx
• ReadArbdb() : GDE_arbdb_io.cxx , GDE_proto.h
• ReadArbdb2() : GDE_arbdb_io.cxx , GDE_proto.h
• readCfg() : readcfg.c , readcfg.h
• readCmdOptions() : macinit.c
• readCompactedSequence() : fast_aligner.cxx
• readEMBL() : ureadseq.c
• readFirstCompressedDataOf() : NT_dbrepair.cxx
• readFitch() : ureadseq.c
• ReadGen() : GDE_Genbank.cxx , GDE_proto.h
• readGenBank() : ureadseq.c
• readIG() : ureadseq.c
• readLine() : AWT_input_mask.cxx
• readline() : ureadseq.c
• readLoop() : ureadseq.c
• readMSF() : ureadseq.c
• ReadNA_Flat() : GDE_FileIO.cxx
• readNBRF() : ureadseq.c
• readOlsen() : ureadseq.c
• readopt() : readseq.c
• readPAUPinterleaved() : ureadseq.c
• readPAUPsequential() : ureadseq.c
• readPearson() : ureadseq.c
• readPhylipInterleaved() : ureadseq.c
• readPhylipSequential() : ureadseq.c
• readPIR() : ureadseq.c
• readPlain() : ureadseq.c
• readSeq() : ureadseq.c , ureadseq.h
• readSeqFp() : ureadseq.c , ureadseq.h
• readSeqMain() : ureadseq.c
• readSimCfg() : simcfg.c , simcfg.h
• readStrider() : ureadseq.c
• readUWGCG() : ureadseq.c
• readXmlTree() : ad_trees.cxx
• readZuker() : ureadseq.c
• realign_event() : ad_transpro.cxx
• Realize() : GLwDrawA.c
• realloc_unleaked() : aisc_interpreter.h
• really_exit() : NT_extern.cxx
• rebak_() : eispack.cxx
• rebakb_() : eispack.cxx
• rebuild_consensus() : ed4_class.hxx , ED4_no_class.cxx
• rebuild_rule_from_awars_cb() : xfergui.cxx
• reconfigure_dbserver() : dbserver.cxx , dbserver.hxx
• record_state_changed_cb() : trackers.cxx
• rect_corner() : AW_clipable.cxx
• recursiveNNI() : PARS_main.cxx
• redisplay_needed() : DI_view_matrix.cxx
• Redraw() : GLwDrawA.c
• redraw_cursor() : ED4_main.cxx
• reduc2_() : eispack.cxx
• reduc_() : eispack.cxx
• refdata_changed_cb() : ED4_seq_colors.cxx
• refdata_deleted_cb() : ED4_seq_colors.cxx
• refDbModeChanged_cb() : graph_aligner_gui.cxx
• refill_boolrules_sellist() : saicalc.cxx
• refill_boolrules_sellist_from_AWAR() : saicalc.cxx
• refill_syncWithList_cb() : NT_sync_scroll.cxx
• refresh_available_fields_from_ruleset() : xfergui.cxx
• refresh_availfield_selbox_cb() : xfergui.cxx
• refresh_columnstat_selection() : ColumnStat.cxx
• refresh_config_sellist_cb() : AWT_config_manager.cxx
• refresh_display_cb() : ED4_visualizeSAI.cxx
• refresh_displayed_experiments() : EXP_interface.cxx
• refresh_displayed_genes() : GEN_interface.cxx
• refresh_displayed_SAI() : SAIs.cxx
• refresh_displayed_species() : species.cxx
• refresh_fts_selbox() : xfergui.cxx
• refresh_group_cb() : ad_ext.cxx
• refresh_grouplist() : ad_ext.cxx
• refresh_highlighted() : ED4_block.cxx
• refresh_inputfield_selbox_cb() : xfergui.cxx
• refresh_matchedProbesDisplay_cb() : probe_design.cxx
• refresh_reference_list_cb() : MG_preserves.cxx
• refresh_rule_selection_box_cb() : xfergui.cxx
• refresh_SAI_groups_cb() : ad_ext.cxx
• refresh_weights_sellist_cb() : GDE.cxx
• refresh_without_dbsync() : MP_noclass.cxx
• refreshCanvas() : SaiProbeVisualization.cxx
• RefreshCanvas() : RNA3D_Interface.cxx
• RefreshMappingDisplay() : RNA3D_Interface.cxx
• RefreshOpenGLDisplay() : RNA3D_Interface.hxx , RNA3D_Interface.cxx
• registerIsland() : align.cxx
• registerItemShader() : item_shader.cxx , item_shader.h
• registerType() : AWT_input_mask.cxx
• Regroup() : GDE_FileIO.cxx
• reinit_NDS_4_window() : GEN_map.cxx
• reinit_needed() : DI_view_matrix.cxx
• relatedBases() : fast_aligner.cxx
• relative_inside() : adtools.cxx
• relink_pseudo_species_to_organisms() : NT_extern.cxx
• relink_tree_rek() : AP_Tree.cxx
• reload_ecoli_cb() : ED4_root.cxx
• reload_helix_cb() : ED4_root.cxx
• remap_scanner_cb() : AWTI_edit.cxx
• remote_command_handler() : dbserver.cxx
• remove_advice_id() : AW_advice.cxx
• remove_by_tab() : adlang1.cxx
• remove_dup_colors() : NT_dbrepair.cxx
• remove_for_data_from() : aisc_commands.c
• remove_from_configs() : AWT_config_manager.cxx
• remove_from_consensus() : ED4_terminal.cxx
• remove_hit_cb() : NT_group_search.cxx
• remove_keydependent_sort_criteria() : db_query.cxx
• remove_option_from_option_menu() : AW_option_toggle.cxx
• remove_probe_from_collection_event() : probe_design.cxx
• remove_redundant_translation() : GEN_translations.cxx
• remove_tprobes_outside_ecoli_range() : PT_new_design.cxx
• remove_tprobes_with_too_many_mishits() : PT_new_design.cxx
• remove_word_from_dtree() : adoptimize.cxx
• removeFromKnownFields() : xfergui.cxx
• removeHiddenFiles() : AWTI_import.cxx
• RemoveQuotes() : GDE_HGLfile.cxx
• removeSubsequentString() : adoptimize.cxx
• rename_both_databases() : MG_names.cxx
• rename_listed_groups_cb() : NT_group_search.cxx
• rename_SAI_cb() : ad_ext.cxx
• rename_selected_group_cb() : NT_group_search.cxx
• renameDB() : MG_names.cxx
• renameQuicksaves() : ad_save_load.cxx
• RenderOpenGLScene() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
• reorder_configs_cb() : NT_edconf.cxx
• reorder_keys() : ui_species.cxx
• reorder_right_behind_left() : ui_species.cxx
• reorder_subset_cb() : AWT_sel_boxes.cxx
• reorder_trees_cb() : ad_trees.cxx
• reorder_up_down() : ui_species.cxx
• replace_by_underscore() : TreeWrite.cxx
• replace_in_block() : ED4_block.cxx
• ReplaceArgs() : GDE_event.cxx
• replaceChars() : ED4_main.cxx
• ReplaceFile() : GDE_event.cxx
• ReplaceString() : GDE_event.cxx
• reportSearchPosition() : ED4_search.cxx
• represents_existing_edge() : CT_common.hxx
• request_sequence_refresh() : ED4_root.cxx
• request_terminal_refresh() : ED4_root.cxx
• rerun_importTest_cb() : AWTI_edit.cxx
• res_index() : ClustalV.cxx
• reserve_tree_idx() : adtree.cxx
• reset_cb() : AWT_config_manager.cxx
• reset_test_local_flags() : UnitTester.cxx
• resetFiletype() : AWT_canio.cxx
• resetGlobals() : readseq.c
• ReshapeOpenGLWindow() : RNA3D_OpenGLEngine.hxx , RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• Resize() : glpng.c , GLwDrawA.c
• resize_cb() : PH_main.cxx
• resize_needed() : DI_view_matrix.cxx
• ResizeOpenGLWindow() : RNA3D_Interface.cxx
• resolve_IUPAC_target_string() : probe_design.cxx
• resolved_probe_chosen() : probe_design.cxx
• resort_data_base() : NT_sort.cxx
• resort_data_by_customOrder() : NT_sort.cxx
• restore_cb() : AWT_config_manager.cxx
• restore_clusters() : DI_clusters.cxx
• restore_colorset_representation() : db_query.cxx
• restore_mark() : aditem.cxx
• result_sort_order_changed_cb() : db_query.cxx
• result_update_cb() : group_search.cxx
• resultsAreShown() : ED4_search.cxx
• reverse_byteorder() : ad_io_inline.h
• reverse_key_order() : ui_species.cxx
• reverse_probe() : probe.h
• reverseColorTranslationTable() : ED4_visualizeSAI.cxx
• reverseComplement() : fast_aligner.cxx
• rg_() : eispack.cxx
• rgg_() : eispack.cxx
• rightmost_leaf() : NT_edconf.cxx
• RNA3D_init_global_data() : RNA3D_Global.hxx , RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• rootEdge() : ap_main.hxx , TreeNode.h
• rootNode() : ap_main.hxx
• rootsync_subsetTrees_vs_selected() : NT_syncroot.cxx
• RotateMoleculeStateChanged() : RNA3D_Interface.cxx
• RotateMoleculeStateChanged_cb() : RNA3D_Interface.cxx
• round_psize() : AWT_canio.cxx
• rows_changed_cb() : AWT_canio.cxx
• rs_() : eispack.cxx
• rs_isdigit() : readseq.c
• rsb_() : eispack.cxx
• rsg_() : eispack.cxx
• rsgab_() : eispack.cxx
• rsgba_() : eispack.cxx
• rsm_() : eispack.cxx
• rsp_() : eispack.cxx
• rst_() : eispack.cxx
• rt_() : eispack.cxx
• rule_stack_cb() : xfergui.cxx
• ruleSelId() : xfergui.cxx
• ruleset_awar_changed_cb() : xfergui.cxx
• run_and_destroy_exit_functions() : arbdb.cxx
• run_close_callbacks() : arbdb.cxx
• run_command() : db_server.cxx , PT_main.cxx
• run_help_cb() : AWT_prompt.cxx
• run_rnacma() : Analyser.cxx
• run_server() : db_server.cxx
• run_test() : arb_perf_test.cxx
• runDir() : TestEnvironment.cxx
• runGroupSearch_cb() : NT_group_search.cxx
• runtests() : fb_test.cxx