- d -
- d_sign()
: d_sign.cxx
- dated_info()
: adstring.cxx
- DB_create_byte_field()
: DBwriter.cxx
- DB_create_container()
: DBwriter.cxx
- DB_create_string_field()
: DBwriter.cxx
- db_updated_cb()
: AW_global_awars.cxx
- dbserver_container()
: db_server.cxx
- dbserver_entry()
: db_server.cxx
- decide_passes_to_use()
: PT_buildtree.cxx
- DECL_FUNDA_TYPE()
: ttypes.h
- DECL_FUNDA_TYPE_SIGNED()
: ttypes.h
- declare_awar_global()
: AW_global_awars.cxx
- DECLARE_CBTYPE_FFV_AND_BUILDERS()
: cb.h
, aw_inotify.hxx
- DECLARE_CBTYPE_FVF_AND_BUILDERS()
: cb.h
- DECLARE_CBTYPE_FVV_AND_BUILDERS()
: GEN_map.cxx
, cb.h
, group_search.h
, TreeDisplay.hxx
, aw_preset.hxx
, awt_config_manager.hxx
, awt_prompt.hxx
, awt_sel_boxes.hxx
, DI_clusters.cxx
, ed4_class.hxx
, ED4_root.cxx
- DECLARE_CBTYPE_VV_AND_BUILDERS()
: awt_config_manager.hxx
- decodeBase()
: trnsprob.cxx
, trnsprob.h
- decodeEscapes()
: AWT_input_mask.cxx
- decodeFrand()
: simcfg.c
- decodeInt()
: simcfg.c
- decodeProb()
: simcfg.c
- decodeSearchDescriptor()
: ED4_search.cxx
- decr_displ()
: ClustalV.cxx
- def_assert()
: defines.c
, defines.h
- def_outOfMemory()
: defines.c
, defines.h
- default_characters()
: ED4_seq_colors.cxx
- default_color()
: ED4_seq_colors.cxx
- default_colorgroup_name()
: AW_preset.cxx
- DefaultAlphaCallback()
: glpng.c
- DEFINE_ITERATORS()
: MetaInfo.cxx
, types.h
, Location.cxx
- DEFINE_NAMED_ITERATORS()
: types.h
- del_boolrule_cb()
: saicalc.cxx
- del_reference_cb()
: MG_preserves.cxx
- del_rule_cb()
: xfergui.cxx
- del_short()
: names.cxx
- del_tree()
: CT_ntree.cxx
- delete_ali_cb()
: AdminGui.cxx
- delete_cb()
: AWT_config_manager.cxx
- delete_clusters()
: DI_clusters.cxx
- delete_field_cb()
: AWT_config_manager.cxx
- delete_from()
: insdel.cxx
- delete_from_list()
: adhash.cxx
- delete_g_b_undo_entry()
: adindex.cxx
- delete_g_b_undo_header()
: adindex.cxx
- delete_g_b_undo_list()
: adindex.cxx
- delete_gb_dictionary()
: adsystem.cxx
- delete_kept_ghostnodes()
: PARS_main.cxx
- delete_listed_groups_cb()
: NT_group_search.cxx
- delete_macro_cb()
: macro_gui.cxx
- delete_queried_species_cb()
: db_query.cxx
- delete_SAI_cb()
: ad_ext.cxx
- delete_selected_cluster()
: DI_clusters.cxx
- delete_selected_group_cb()
: NT_group_search.cxx
- delete_unused_changekeys()
: changekey.cxx
- deleteColorTranslationTable()
: ED4_visualizeSAI.cxx
- deleteDataOfKey()
: NT_dbrepair.cxx
- deleteRuleset_cb()
: xfergui.cxx
- deleteSuperfluousQuicksaves()
: ad_save_load.cxx
- demangle_backtrace()
: arb_backtrace.h
- deselectRule()
: xfergui.cxx
- Destroy()
: GLwDrawA.c
- destroy()
: TreeNode.h
- destroy_AW_root()
: AW_root.cxx
- destroy_awar()
: AW_window.cxx
- destroy_AWT_configuration()
: AWT_config_manager.cxx
- destroy_ColumnQualityInfo()
: ST_quality.cxx
- destroy_TreeAwarRegistry()
: AWT_TreeAwars.cxx
- destroyEdge()
: ap_main.hxx
- destroyKeptQueries()
: db_query.cxx
- detach_selected_item_cb()
: info_window.cxx
- detect_bitmap_size()
: AW_button.cxx
- detect_current_ref_terminal()
: ED4_seq_colors.cxx
- detect_format_props()
: PT_match.cxx
- detect_input_format_cb()
: AWTI_import.cxx
- detect_sina_version()
: graph_aligner_gui.cxx
- detectArgType()
: NT_main.cxx
- detectBrowserCommand()
: AW_file.cxx
- detectEqualRowsAndColumns()
: saicalc.cxx
- detectLineEnumType()
: arb_help2xml.cxx
- detectLinkType()
: arb_help2xml.cxx
- detectMaxNameLength()
: db_query.cxx
- detectProperties()
: ED4_root.cxx
- develDocPath()
: AW_help.cxx
- di_autodetect_callback()
: DI_matr.cxx
- di_bind_dist_awars()
: DI_view_matrix.cxx
- di_calculate_compressed_matrix_cb()
: DI_matr.cxx
- di_calculate_full_matrix_cb()
: DI_matr.cxx
- di_calculate_matrix()
: DI_matr.cxx
- di_calculate_tree_cb()
: DI_matr.cxx
- DI_create_cluster_awars()
: di_clusters.hxx
, DI_clusters.cxx
- DI_create_cluster_detection_window()
: DI_clusters.cxx
, di_clusters.hxx
- DI_create_matrix_variables()
: DI_matr.cxx
, DI_main.cxx
- DI_create_matrix_window()
: DI_main.cxx
, DI_matr.cxx
- DI_create_save_matrix_window()
: DI_matr.cxx
, di_matr.hxx
- DI_create_view_matrix_window()
: DI_view_matrix.cxx
, di_view_matrix.hxx
- di_define_compression_tree_name_cb()
: DI_matr.cxx
- di_define_save_tree_name_cb()
: DI_matr.cxx
- di_define_sort_tree_name_cb()
: DI_matr.cxx
- di_exit()
: DI_matr.cxx
- di_forget_global_data()
: DI_clusters.cxx
- di_mark_by_distance()
: DI_matr.cxx
- di_recalc_matrix()
: DI_matr.cxx
- di_save_matrix_cb()
: DI_matr.cxx
- DI_timer()
: DI_main.cxx
- di_view_matrix_cb()
: DI_matr.cxx
- di_view_set_distances()
: DI_view_matrix.cxx
- di_view_set_max_dist()
: DI_view_matrix.cxx
- did_valgrinded_syscall()
: UnitTester.cxx
- die()
: adperl.cxx
- diff()
: ClustalV.cxx
- diff_setting_changed_cb()
: ED4_seq_colors.cxx
- diff_smaller_epsilon()
: CT_part.hxx
- diff_type_changed_cb()
: ED4_seq_colors.cxx
- digit()
: arb_dnarates.cxx
- digits()
: NT_split_ali.cxx
- disable_advice()
: AW_advice.cxx
- disable_test_export()
: AWTI_edit.cxx
- disable_test_import()
: AWTI_edit.cxx
- discrete_value()
: TreeDisplay.cxx
- disexpectField()
: NT_dbrepair.cxx
- display_selected_item_cb()
: info_window.cxx
- display_selected_rule_cb()
: saicalc.cxx
- display_status_cb()
: PH_display.cxx
, phwin.hxx
- DisplayHelixNrsChanged_CB()
: RNA3D_OpenGLEngine.hxx
, RNA3D_OpenGLEngine.cxx
- DisplayMoleculeMask()
: RNA3D_Interface.cxx
- DisplayPostionsIntervalChanged_CB()
: RNA3D_OpenGLEngine.cxx
, RNA3D_OpenGLEngine.hxx
- displays_config_markers()
: NT_edconf.cxx
- displays_probeColl_markers()
: probe_design.cxx
- distance_analysis_cb()
: NT_branchAnalysis.cxx
- distribute_masters()
: adseqcompr.cxx
- distribute_xdata()
: TranslateRealign.cxx
- dli_dki()
: arb_dnarates.cxx
- dna2idx()
: AP_codon_table.cxx
- do_align()
: ClustalV.cxx
- do_combine()
: AP_seq_dna.cxx
- do_conversion()
: main.cxx
- do_countMutations()
: AP_seq_dna.cxx
- do_extract_words()
: adlang1.cxx
- do_hide_command_for_one_species()
: GEN_map.cxx
- do_indent()
: SEC_io.cxx
- do_mark_command_for_one_species()
: GEN_map.cxx
- do_sth_with_species()
: ED4_root.cxx
- dont_announce_done()
: macro_gui.cxx
- dont_return_unchanged()
: ED4_block.cxx
- dontAllowOversize()
: insdel.cxx
- dot()
: trnsprob.cxx
- dot_missing_bases()
: ED4_dots.cxx
- dot_sequence_by_consensus()
: ED4_dots.cxx
- double_click_group_cb()
: NT_group_search.cxx
- double_cmp()
: arbtools.h
- double_diff_2_cmp()
: arbtools.h
- downheap()
: admap.cxx
, adoptimize.cxx
- downheap2()
: adoptimize.cxx
- drag_scroll_bar_horizontal()
: AW_window.cxx
- drag_scroll_bar_vertical()
: AW_window.cxx
- drawIsland()
: align.cxx
- drawLowerPath()
: align.cxx
- drawPath()
: align.cxx
- DrawStructure()
: RNA3D_OpenGLEngine.cxx
- drop_dots()
: MG_adapt_ali.cxx
- dummy_db_cb()
: ad_cb.cxx
- dump_hexbyte()
: awt_hexdump.hxx
- dump_internal()
: adTest.cxx
- dump_POS_TREE_special()
: PT_debug.cxx
- dump_stdout()
: AW_root.cxx
- dump_token_recursive()
: aisc_var_ref.c
- dumpDepths()
: rns.h
, rns.c
- dumpError()
: adcomm.cxx
- dumpRNS()
: rns.c
- dumpSeqList()
: readseq.c
- dumpStreams()
: gb_aci.cxx
- dupComplement()
: GEN_interface.cxx
- dupRNS()
: rns.c
- dupSizedPart()
: GEN_interface.cxx