Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- d -

D : mem.cxx
D_fp : f2c.h
d_sign() : d_sign.cxx
dabs : f2c.h
DANGER : RNA3D_Textures.hxx
DATA_VERSION : SEC_root.hxx
DataPointers : AW_root.cxx
DataType : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
dated_info() : adstring.cxx
DAYS : NT_userland_fixes.cxx
days_in_month : date.cxx
db_access : GDE.cxx , GDE_menu.h
DB_create_byte_field() : DBwriter.cxx
DB_create_container() : DBwriter.cxx
DB_create_string_field() : DBwriter.cxx
DB_FIELD_STRAND : ED4_ProteinViewer.cxx
DB_FIELD_STRANDS : ED4_ProteinViewer.cxx
DB_KEYVIEWER : db_scanner.hxx
DB_SCANNER : db_scanner.hxx
DB_SCANNERMODE : db_scanner.hxx
db_updated_cb() : AW_global_awars.cxx
DBID_ACCEPT : MetaInfo.cxx
dbid_definition : MetaInfo.cxx
DBID_ILLEGAL : MetaInfo.cxx
DBID_STANDARD : MetaInfo.cxx
DBID_TYPE : MetaInfo.cxx
DBItemSet : dbitem_set.h
DBItemSetIter : dbitem_set.h
dbq_assert : db_query_local.h
DbSel : merge.hxx
dbserver_container() : db_server.cxx
dbserver_entry() : db_server.cxx
Debug : DNAml_rates_1_0.h
DEBUG_DUMP_INDENTED : ad_load.cxx
DEBUG_MAX_CHAIN_NAME_DIST : PT_debug.cxx
DEBUG_MAX_CHAIN_SIZE : PT_debug.cxx
DEBUG_PRINT : mkptypes.cxx
DEBUG_PRINT_STRING : mkptypes.cxx
debug_printf : adcomm.cxx
DEBUG_TEST_EXPECTATION : test_unit.h
DEBUG_TREE_DEPTH : PT_debug.cxx
decide_passes_to_use() : PT_buildtree.cxx
decimal_point : DNAml_rates_1_0.h
DECL_FUNDA_TYPE : ttypes.h
DECL_FUNDA_TYPE_SIGNED : ttypes.h
DECLARE_ASSIGNMENT_OPERATOR : arbtools.h
declare_awar_global() : AW_global_awars.cxx
DECLARE_CBTYPE_FFV_AND_BUILDERS : cbtypes.h , cb.h , aw_inotify.hxx
DECLARE_CBTYPE_FVF_AND_BUILDERS : cbtypes.h , cb.h
DECLARE_CBTYPE_FVV_AND_BUILDERS() : awt_config_manager.hxx , awt_prompt.hxx , awt_sel_boxes.hxx , DI_clusters.cxx , ed4_class.hxx , ED4_root.cxx , GEN_map.cxx , cb.h , group_search.h , TreeDisplay.hxx , aw_preset.hxx , cbtypes.h
DECLARE_CBTYPE_VV_AND_BUILDERS : cbtypes.h , awt_config_manager.hxx
DECLARE_DUMP_FOR_BASECLASS : ed4_class.hxx
DECLARE_DUMP_FOR_LEAFCLASS : ed4_class.hxx
DECLARE_DUMP_FOR_MIDCLASS : ed4_class.hxx
DECLARE_DUMP_FOR_ROOTCLASS : ed4_class.hxx
declared_awar : AW_global_awars.cxx
declared_awar_count : AW_global_awars.cxx
decodeBase() : trnsprob.cxx , trnsprob.h
decodeEscapes() : AWT_input_mask.cxx
decodeFrand() : simcfg.c
decodeFunc : readcfg.h
decodeInt() : simcfg.c
decodeProb() : simcfg.c
decodeSearchDescriptor() : ED4_search.cxx
DeconstructedTreePtr : SyncRoot.hxx
DeconstructionMode : CT_common.hxx
decr_displ() : ClustalV.cxx
def_assert() : defines.c , defines.h
DEF_FONTSIZE : aw_def.hxx
def_outOfMemory() : defines.c , defines.h
DEFAULT : AW_xfont.cxx
default_AMI_set : ED4_seq_colors.cxx
default_binding_matrix : ali_global.cxx
DEFAULT_BRANCH_LENGTH : arbdbt.h
DEFAULT_BRANCH_LENGTH_MARKER : TreeRead.h
default_characters() : ED4_seq_colors.cxx
default_color() : ED4_seq_colors.cxx
default_colorgroup_name() : AW_preset.cxx
DEFAULT_CONFIGURATION : ad_config.h
Default_DNA_Trans : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
default_full_name : names.cxx
DEFAULT_GAP_EXTEND : ClustalV.cxx
DEFAULT_GAP_OPEN : ClustalV.cxx
DEFAULT_HEIGHT : arb_handlers.cxx
DEFAULT_IMPROBABLY_MUTATION : ClustalV.cxx
Default_NA_RTrans : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
Default_NAColor_LKUP : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
default_NUC_set : ED4_seq_colors.cxx
DEFAULT_PROBABLY_MUTATION : ClustalV.cxx
Default_PROColor_LKUP : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
Default_RNA_Trans : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
DEFAULT_RULER_LENGTH : TreeDisplay.cxx
DEFAULT_RULER_LINEWIDTH : TreeDisplay.cxx
default_sets : ED4_seq_colors.cxx
default_substitute_matrix : ali_global.cxx
DEFAULT_X_ATTR : GDE_def.h
DefaultAlphaCallback() : glpng.c
defaultTranslations : GLwDrawA.c
DEFINE_DOWNCAST_ACCESSORS : downcast.h
DEFINE_ITERATORS : arbtools.h , MetaInfo.cxx , types.h , Location.cxx
define_macro : mkptypes.cxx
DEFINE_NAMED_ITERATORS : arbtools.h , types.h
DEFINE_READ_ACCESSORS : TreeNode.h
DEFINE_TREE_ACCESSORS : TreeNode.h
DEFINE_TREE_RELATIVES_ACCESSORS : TreeNode.h
DEFINE_TREE_ROOT_ACCESSORS : TreeNode.h
defined_commands : adlang1.cxx
definite_translation : AP_codon_table.cxx
DEL : AP_seq_simple_pro.hxx
del_boolrule_cb() : saicalc.cxx
del_reference_cb() : MG_preserves.cxx
del_rule_cb() : xfergui.cxx
del_short() : names.cxx
del_tree() : CT_ntree.cxx
DELETE : adali.cxx , AWTI_edit.cxx , NT_ins_col.cxx , db_query.cxx
delete_ali_cb() : AdminGui.cxx
delete_cb() : AWT_config_manager.cxx
delete_clusters() : DI_clusters.cxx
delete_field_cb() : AWT_config_manager.cxx
delete_from() : insdel.cxx
delete_from_list() : adhash.cxx
delete_g_b_undo_entry() : adindex.cxx
delete_g_b_undo_header() : adindex.cxx
delete_g_b_undo_list() : adindex.cxx
delete_gb_dictionary() : adsystem.cxx
delete_kept_ghostnodes() : PARS_main.cxx
delete_listed_groups_cb() : NT_group_search.cxx
delete_macro_cb() : macro_gui.cxx
delete_queried_species_cb() : db_query.cxx
delete_SAI_cb() : ad_ext.cxx
delete_selected_cluster() : DI_clusters.cxx
delete_selected_group_cb() : NT_group_search.cxx
delete_unused_changekeys() : changekey.cxx
deleteColorTranslationTable() : ED4_visualizeSAI.cxx
deleteDataOfKey() : NT_dbrepair.cxx
deleteRuleset_cb() : xfergui.cxx
deleteSuperfluousQuicksaves() : ad_save_load.cxx
demangle_backtrace() : arb_backtrace.h
DENY_SUBSTITUTION : gb_aci.h
deselectRule() : xfergui.cxx
Destroy() : GLwDrawA.c
destroy() : TreeNode.h
destroy_AW_root() : AW_root.cxx
destroy_awar() : AW_window.cxx
destroy_AWT_configuration() : AWT_config_manager.cxx
destroy_ColumnQualityInfo() : ST_quality.cxx
destroy_TreeAwarRegistry() : AWT_TreeAwars.cxx
destroyEdge() : ap_main.hxx
destroyKeptQueries() : db_query.cxx
detach_selected_item_cb() : info_window.cxx
DETAILED_TYPEINFO : GDE_menu.h
detect_bitmap_size() : AW_button.cxx
detect_current_ref_terminal() : ED4_seq_colors.cxx
detect_format_props() : PT_match.cxx
detect_input_format_cb() : AWTI_import.cxx
detect_sina_version() : graph_aligner_gui.cxx
detectArgType() : NT_main.cxx
detectBrowserCommand() : AW_file.cxx
detectEqualRowsAndColumns() : saicalc.cxx
detectLineEnumType() : arb_help2xml.cxx
detectLinkType() : arb_help2xml.cxx
detectMaxNameLength() : db_query.cxx
detectProperties() : ED4_root.cxx
develDocPath() : AW_help.cxx
device_manager_spec : ED4_manager.cxx
di_aa_matrix : di_protdist.hxx
di_assert : DI_clusters.cxx , di_matr.hxx
di_autodetect_callback() : DI_matr.cxx
di_bind_dist_awars() : DI_view_matrix.cxx
di_bool_matrix : di_protdist.hxx
di_calculate_compressed_matrix_cb() : DI_matr.cxx
di_calculate_full_matrix_cb() : DI_matr.cxx
di_calculate_matrix() : DI_matr.cxx
di_calculate_tree_cb() : DI_matr.cxx
di_cattype : di_protdist.hxx
di_codetype : di_protdist.hxx
DI_create_cluster_awars() : DI_clusters.cxx , di_clusters.hxx
DI_create_cluster_detection_window() : di_clusters.hxx , DI_clusters.cxx
DI_create_matrix_variables() : DI_main.cxx , DI_matr.cxx
DI_create_matrix_window() : DI_matr.cxx , DI_main.cxx
DI_create_save_matrix_window() : DI_matr.cxx , di_matr.hxx
DI_create_view_matrix_window() : di_view_matrix.hxx , DI_view_matrix.cxx
di_define_compression_tree_name_cb() : DI_matr.cxx
di_define_save_tree_name_cb() : DI_matr.cxx
di_define_sort_tree_name_cb() : DI_matr.cxx
di_exit() : DI_matr.cxx
di_forget_global_data() : DI_clusters.cxx
DI_G_ABOVE_DIST : di_view_matrix.hxx
DI_G_BELOW_DIST : di_view_matrix.hxx
DI_G_LAST : di_view_matrix.hxx
DI_G_NAMES : di_view_matrix.hxx
DI_G_RULER : di_view_matrix.hxx
DI_G_RULER_DISPLAY : di_view_matrix.hxx
DI_G_STANDARD : di_view_matrix.hxx
DI_gc : di_view_matrix.hxx
DI_LOAD_ALL : di_matr.hxx
DI_LOAD_LIST : di_matr.hxx
DI_LOAD_MARKED : di_matr.hxx
di_mark_by_distance() : DI_matr.cxx
DI_MATRIX_CB : di_matr.hxx
DI_MATRIX_COMPRESSED : di_matr.hxx
DI_MATRIX_FULL : di_matr.hxx
DI_MATRIX_TYPE : di_matr.hxx
DI_MAX_AA : di_protdist.hxx
DI_MAX_DIST : di_protdist.hxx
DI_MAX_PAA : di_protdist.hxx
di_paa_matrix : di_protdist.hxx
di_recalc_matrix() : DI_matr.cxx
DI_RESOLUTION : di_protdist.hxx
di_save_matrix_cb() : DI_matr.cxx
DI_SAVE_PHYLIP_COMP : di_matr.hxx
DI_SAVE_READABLE : di_matr.hxx
DI_SAVE_TABBED : di_matr.hxx
DI_SAVE_TYPE : di_matr.hxx
DI_timer() : DI_main.cxx
DI_TRANSFORMATION : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_CATEGORIES_BARKER : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_CATEGORIES_CHEMICAL : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_CATEGORIES_HALL : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_COUNT : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_FELSENSTEIN : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_FELSENSTEIN_VOIGT : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_FROM_TREE : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_JUKES_CANTOR : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_KIMURA : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_ML : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_NONE : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_NONE_DETECTED : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_OLSEN : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_OLSEN_VOIGT : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_PAM : di_matr.hxx
DI_TRANSFORMATION_SIMILARITY : di_matr.hxx
di_view_matrix_cb() : DI_matr.cxx
di_view_set_distances() : DI_view_matrix.cxx
di_view_set_max_dist() : DI_view_matrix.cxx
DIAMOND : RNA3D_Textures.hxx
DICT_MEM_WEIGHT : adoptimize.cxx
DICT_STRING_INCR : adoptimize.cxx
DictMap : NT_dbrepair.cxx
DictNodeType : adoptimize.cxx
DictPtr : NT_dbrepair.cxx
Dicts : NT_dbrepair.cxx
did_valgrinded_syscall() : UnitTester.cxx
die() : adperl.cxx
diff() : ClustalV.cxx
diff_setting_changed_cb() : ED4_seq_colors.cxx
diff_smaller_epsilon() : CT_part.hxx
diff_type_changed_cb() : ED4_seq_colors.cxx
digit() : arb_dnarates.cxx
digits() : NT_split_ali.cxx
DIGITS : arb_help2xml.cxx
DIR_SEP : arb_a2ps.c
DIR_SORT_ORDERS : AW_file.cxx
DirDisplay : aw_file.hxx
DIRECTORY : NT_main.cxx
DirSortOrder : AW_file.cxx
disable_advice() : AW_advice.cxx
disable_test_export() : AWTI_edit.cxx
disable_test_import() : AWTI_edit.cxx
discrete_value() : TreeDisplay.cxx
disexpectField() : NT_dbrepair.cxx
DISP_FILTER : phylo.hxx
DISP_FORMAT : probe_design.cxx
DISP_NONE : phylo.hxx
DISP_SPECIES : phylo.hxx
DISPATCH_LIMIT : aisc_commands.c
displ : ClustalV.cxx
displ_size : ClustalV.cxx
DISPLAY_NONE : arb_global_defs.h
display_selected_item_cb() : info_window.cxx
display_selected_rule_cb() : saicalc.cxx
display_status_cb() : phwin.hxx , PH_display.cxx
display_type : phylo.hxx
DISPLAY_TYPE_BIT : GEN_map.cxx
DisplayHelixNrsChanged_CB() : RNA3D_OpenGLEngine.hxx , RNA3D_OpenGLEngine.cxx
DisplayMoleculeMask() : RNA3D_Interface.cxx
DisplayPostionsIntervalChanged_CB() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx , RNA3D_OpenGLEngine.hxx
displays_config_markers() : NT_edconf.cxx
displays_probeColl_markers() : probe_design.cxx
DIST_MIN_SEQ : ColumnStat.hxx
Distance : AP_Tree.cxx
distance_analysis_cb() : NT_branchAnalysis.cxx
distribute_masters() : adseqcompr.cxx
distribute_xdata() : TranslateRealign.cxx
DLC_ANYWHERE : group_search.h
DLC_DIFF_TREE : group_search.h
DLC_SAME_TREE : group_search.h
dli_dki() : arb_dnarates.cxx
dLidki : arb_dnarates.cxx
dmax : f2c.h
dmin : f2c.h
DMODE_CONSENSUS_TREE : CT_common.hxx
DMODE_ROOTSYNC : CT_common.hxx
DNA : GDE_def.h
dna2idx() : AP_codon_table.cxx
DNA_Base : st_ml.hxx
dna_table : ST_ml.cxx , MostLikelySeq.hxx
dnaflag : ClustalV.cxx
DNC_WHOLENAME : group_search.h
DNC_WORDWISE : group_search.h
do_align() : ClustalV.cxx
DO_AND_RETURN_ON_ERROR : gb_aci_impl.h
DO_AUTO_JUMP : ED4_search.cxx
do_combine() : AP_seq_dna.cxx
do_conversion() : main.cxx
do_countMutations() : AP_seq_dna.cxx
do_extract_words() : adlang1.cxx
do_hide_command_for_one_species() : GEN_map.cxx
do_indent() : SEC_io.cxx
do_mark_command_for_one_species() : GEN_map.cxx
do_shutdown : db_server.cxx
do_sth_with_species() : ED4_root.cxx
does_contain : test_unit.h
does_differ_from : test_unit.h
does_differ_from_NULL : test_unit.h
DOESNT_CONTAIN : NT_ins_col.cxx
doesnt_contain : test_unit.h
dolower : readseq.c
dont_announce_done() : macro_gui.cxx
DONT_COUNT : phylo.hxx
DONT_EVAL : aisc_commands.c
DONT_MIND_DUPLICATES : NT_group_search.cxx
dont_promote : mkptypes.cxx
dont_return_unchanged() : ED4_block.cxx
dontAllowOversize() : insdel.cxx
donum : mkptypes.cxx
dopipe : readseq.c
doreverse : readseq.c
dot() : trnsprob.cxx
dot_missing_bases() : ED4_dots.cxx
dot_sequence_by_consensus() : ED4_dots.cxx
dotbases_config_mapping : ED4_dots.cxx
double_click_group_cb() : NT_group_search.cxx
double_cmp() : arbtools.h
double_diff_2_cmp() : arbtools.h
DoubleBuffer : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
DoubleBufferWithAlpha : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
DoubleProb : rns.h
doublereal : f2c.h
doupper : readseq.c
DOWNCAST : downcast.h
DOWNCAST_REFERENCE : downcast.h
downheap() : admap.cxx , adoptimize.cxx
downheap2() : adoptimize.cxx
DPI_PRINTER : aw_device.hxx
DPI_SCREEN : aw_device.hxx
dpi_screen2printer : AW_print.cxx
dpy : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
drag_scroll_bar_horizontal() : AW_window.cxx
drag_scroll_bar_vertical() : AW_window.cxx
DRAW : ed4_defs.hxx , ED4_main.cxx
drawIsland() : align.cxx
drawLowerPath() : align.cxx
drawPath() : align.cxx
DrawStructure() : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
drop_dots() : MG_adapt_ali.cxx
DST_DB : merge.hxx
DUMMY_COUNTER_POS : mkptypes.cxx
dummy_db_cb() : ad_cb.cxx
DUMP_AS : arb_progress.h
dump_backtrace_on_sigsegv : arb_signal.cxx
DUMP_COMPRESSION_TEST : adoptimize.cxx
DUMP_DEPTH : SyncRoot.cxx
dump_hexbyte() : awt_hexdump.hxx
dump_internal() : adTest.cxx
dump_POS_TREE_special() : PT_debug.cxx
DUMP_PROGRESS : arb_progress.h
DUMP_SMART_PTRS_DO : smartptr.h
dump_stdout() : AW_root.cxx
dump_token_recursive() : aisc_var_ref.c
DUMP_TPROBES : PT_new_design.cxx
dumpDepths() : rns.h , rns.c
dumpError() : adcomm.cxx
dumpEvent : ED4_terminal.cxx
DUMPINT : chartable.cxx
dumpRNS() : rns.c
dumpSeqList() : readseq.c
dumpStreams() : gb_aci.cxx
dupComplement() : GEN_interface.cxx
DuplicateMode : NT_group_search.cxx
DupNameCriterionType : group_search.h
dupRNS() : rns.c
dupSizedPart() : GEN_interface.cxx
DupTreeCriterionType : group_search.h
DYNAMIC_PENALTIES : ClustalV.cxx