Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

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• F2C_proc_par_types : f2c.h
• FA_alignTarget : fast_aligner.cxx
• FA_AROUND_CURSOR : fast_aligner.cxx
• fa_assert : seq_search.hxx , seq_search.cxx
• FA_AWAR_ACTION_ON_ERROR : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_AROUND : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_BASE_FREQ_A : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_BASE_FREQ_C : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_BASE_FREQ_G : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_BASE_FREQ_T : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_CONTINUE_ON_ERROR : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_ESTIMATE_BASE_FREQ : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_EXPECTED_DISTANCE : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_GAP_A : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_GAP_B : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_GAP_C : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_ISLAND_HOPPING_ROOT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_MIRROR : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_NEXT_RELATIVES : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_PROTECTION : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_PT_SERVER_ALIGNMENT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_RANGE : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_REFERENCE : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_REFERENCE_NAME : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_RELATIVE_RANGE : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_REPORT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_ROOT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SAI_RANGE_CHARS : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SAI_RANGE_NAME : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SHOW_GAPS_MESSAGES : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_STRUCTURE_SUPPLEMENT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_AC : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_AG : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_AT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_CG : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_CT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_SUBST_PARA_GT : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_THRESHOLD : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_TO_ALIGN : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_USE_ISLAND_HOPPING : fast_aligner.cxx
• FA_AWAR_USE_SECONDARY : fast_aligner.cxx
• FA_CURRENT : fast_aligner.cxx
• FA_errorAction : fast_aligner.cxx
• FA_MARK_ALIGNED : fast_aligner.cxx
• FA_MARK_FAILED : fast_aligner.cxx
• FA_MARKED : fast_aligner.cxx
• FA_NO_ACTION : fast_aligner.cxx
• FA_NO_REPORT : fast_aligner.cxx
• FA_range : fast_aligner.cxx
• FA_REF_CONSENSUS : fast_aligner.cxx
• FA_REF_EXPLICIT : fast_aligner.cxx
• FA_REF_RELATIVES : fast_aligner.cxx
• FA_reference : fast_aligner.cxx
• FA_REPORT : fast_aligner.cxx
• FA_report : fast_aligner.cxx
• FA_SAI_MULTI_RANGE : fast_aligner.cxx
• FA_SELECTED : fast_aligner.cxx
• FA_SELECTED_RANGE : fast_aligner.cxx
• FA_TEMP_REPORT : fast_aligner.cxx
• FA_turn : fast_aligner.cxx
• FA_TURN_ALWAYS : fast_aligner.cxx
• FA_TURN_INTERACTIVE : fast_aligner.cxx
• FA_TURN_NEVER : fast_aligner.cxx
• FA_WHOLE_SEQUENCE : fast_aligner.cxx
• fail_if_error() : arb_sub2ascii.cxx
• FailIfField : item_sel_list.h
• fake_AW_init_color_groups() : test_env.h
• FALLTHROUGH : cxxforward.h
• FALSE : defs.h , arb_a2ps.c
• false : ureadseq.h
• FALSE_ : f2c.h
• FAM_LIST_MAX_DEFAULT : ali_global.cxx
• fAspectRatio : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• FastAligner_create_variables() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FastAligner_create_window() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FastAligner_delete_temp_entries() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FastAligner_set_align_current() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FastAligner_set_reference_species() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FastAligner_start() : fast_aligner.cxx , fast_aligner.hxx
• FASTDNAML : fun.h
• father : probe_tree.h
• fb_assert : BufferedFileReader.h
• fClipFar : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• fClipNear : RNA3D_OpenGLEngine.cxx
• FD_SET_TYPE : server.c , adcomm.cxx , AW_status.cxx
• FeatureLinePtr : Importer.h
• FeatureLines : Importer.h
• FeatureLineType : Importer.h
• FeaturePtr : Importer.h
• ff_assert : awtc_next_neighbours.hxx
• FF_COMPLEMENT : PT_global_defs.h
• FF_complement : PT_global_defs.h
• FF_FORWARD : PT_global_defs.h
• FF_REVERSE : PT_global_defs.h
• FF_REVERSE_COMPLEMENT : PT_global_defs.h
• fflush() : UnitTester.cxx
• fflush_all() : PT_tools.h
• FFMap : ps_eval_candidates.cxx
• field_awar() : MG_gene_species.cxx
• field_changed_cb() : AWT_input_mask.cxx
• FIELD_CONTENT : AWT_config_manager.cxx
• field_content_changed_cb() : AWT_config_manager.cxx
• field_convert_commit_cb() : ui_species.cxx
• field_convert_update_typesel_cb() : ui_species.cxx
• field_create_cb() : ui_species.cxx
• field_delete_cb() : ui_species.cxx
• FIELD_FILTER_ANY_FIELD : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_BYTE_WRITEABLE : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_FLOAT_WRITEABLE : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_INT_WRITEABLE : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_NDS : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_RESORT : NT_sort.cxx
• FIELD_FILTER_STRING : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_STRING_READABLE : item_sel_list.h
• FIELD_FILTER_STRING_WRITEABLE : item_sel_list.h
• FIELD_SIZE : DI_view_matrix.cxx
• FIELD_UNFILTERED : item_sel_list.h
• fieldContainsAlignment() : MG_species.cxx
• FieldMoveDest : xfergui.cxx
• fieldname_changed_cb() : item_sel_list.cxx
• FIELDNAME_VISIBLE_CHARS : item_sel_list.cxx
• FIELDS_BY_RULESET : xfergui.cxx
• fieldScanner : AWTI_export.cxx , AWTI_import.cxx , MG_species.cxx
• FieldSelectionRegistry : item_sel_list.cxx
• FieldSet : field_shader.cxx
• FieldsToScan : xfergui.h
• fieldtype_change_warning : item_sel_list.cxx
• fieldtype_changed_cb() : item_sel_list.cxx
• FIF_ALLOW_ID_CHANGE : item_sel_list.h
• FIF_ALLOW_NONE : item_sel_list.h
• FIF_NAME_SELECTED : item_sel_list.h
• FIF_NO_FIELD_SELECTED : item_sel_list.h
• FIF_STANDARD : item_sel_list.h
• figi2_() : eispack.cxx
• figi_() : eispack.cxx
• figStdColors : AW_print.cxx
• file_exists() : main.cxx
• file_selection_cb() : AW_modal.cxx , aw_window_Xm.hxx
• FILE_SELECTOR : GDE_def.h
• FileCompressionMode : arb_zfile.h
• filedate : arb_a2ps.c
• FileFormat : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
• fileLen : admap.cxx
• fileMappedTo : admap.cxx
• FILEMASK : NT_main.cxx
• FileName : GDE_extglob.h , GDE_global.cxx
• filename_changed_cb() : MG_main.cxx
• filename_footer : arb_a2ps.c
• fileOrLink() : AW_file.cxx
• files_are_equal : test_unit.h
• files_to_remove_on_exit : adsocket.cxx
• fileselection_filename_changed_cb() : AW_file.cxx
• fileselection_filter_changed_cb() : AW_file.cxx
• FILESIZE_GRANULARITY : ad_load.cxx
• fill_boolrules_array_from_AWAR() : saicalc.cxx
• fill_fileselection_cb() : AW_file.cxx
• fill_pam() : ClustalV.cxx
• fill_SAI_group_selection_list() : ad_ext.cxx
• fill_species_name_array() : adtree.cxx
• fill_with_source_sais() : saicalc.cxx
• FILLED_125 : AW_Xm.cxx
• FILLED_25 : AW_Xm.cxx
• FILLED_375 : AW_Xm.cxx
• FILLED_50 : AW_Xm.cxx
• FILLED_625 : AW_Xm.cxx
• FILLED_75 : AW_Xm.cxx
• FILLED_875 : AW_Xm.cxx
• fillSelNamList() : NT_validManual.cxx
• filter_columnstat_SAIs() : ColumnStat.cxx
• filter_fun : adlang1.cxx
• filter_function : adlang1.cxx
• filter_loadable_SAIs() : ED4_no_class.cxx
• FILTER_MODES : phylo.hxx
• filter_posvar_SAI_for_ali() : graph_aligner_gui.cxx
• filter_seq() : adlang1.cxx
• filter_text : PH_display.hxx , PH_main.cxx
• FilterDefType : FilteredExport.h
• FilterMode : phylo.hxx
• FINAL_OVERRIDE : cxxforward.h
• FINAL_TYPE : cxxforward.h
• Find() : GDE_ParseMenu.cxx , GDE_proto.h
• Find2() : GDE_ParseMenu.cxx , GDE_proto.h
• find_data_file() : RNA3D_StructureData.cxx
• find_date() : date.cxx
• find_date_long_form() : date.cxx
• find_display_determining_sort_order() : db_query.cxx
• find_family() : PT_family.cxx , pt_prototypes.h
• FIND_FAMILY_MODE_DEFAULT : ali_global.cxx
• find_gbdata_offset() : admap.cxx
• find_group_name_entry() : AP_Tree.cxx
• find_hash_entry() : adhash.cxx
• find_internal_name() : AWT_input_mask.cxx
• find_largest_tree() : adtree.cxx
• find_least_deep_leaf() : PARS_main.cxx
• find_macro_in() : adtools.cxx
• find_module() : TestEnvironment.cxx
• find_node_with_groupdata() : Group.cxx
• find_open_close_paren() : arb_proto_2_xsub.cxx
• find_or_create() : adquery.cxx
• find_or_create_error_container() : adtools.cxx
• find_or_createAndRegisterWindow() : AW_window.cxx
• find_pattern() : prototypes.h , util.cxx
• find_pipe_symbol() : ut_valgrinded.h
• find_SAI_by_id() : SAIs.cxx
• find_SAI_candidates() : MG_preserves.cxx
• find_sep() : PT_main.cxx
• find_significant_positions() : ED4_terminal.cxx
• FIND_SKIP_OVER : util.cxx
• find_species_by_id() : species.cxx
• find_species_candidates() : MG_preserves.cxx
• FIND_START : util.cxx
• find_strain() : util.cxx , prototypes.h
• find_sub_by_quark() : adquery.cxx
• find_sub_sub_by_quark() : adquery.cxx
• find_subspecies() : util.cxx , prototypes.h
• findAffectedKeys() : NT_dbrepair.cxx
• FINDANSWER : probe.h
• findAutomarkingBranchWindow() : NT_branchAnalysis.cxx
• findch() : arb_dnarates.cxx
• findCommand() : AWT_input_mask.cxx
• findItemShader() : item_shader.cxx
• findLeftmostProbe() : PT_findEx.cxx
• findLongestHelix() : SEC_structure.cxx
• FindMode : util.cxx
• findMultipattern() : util.cxx
• findNextProbe() : PT_findEx.cxx
• findNode() : DI_matr.cxx
• findOrCreate_configuration() : ad_config.cxx
• findParentGroup() : NT_taxonomy.cxx
• findPattern() : util.cxx
• findPlugin() : ED4_plugins.cxx
• findSegmentContaining() : SEC_split.cxx
• findSiteRates() : arb_dnarates.cxx
• findStrain() : util.cxx
• findSubspecies() : util.cxx
• findTipName() : arb_dnarates.cxx
• FindType() : GDE_FileIO.cxx
• first_experiment_in_range() : EXP_interface.cxx
• first_gene_in_range() : GEN_interface.cxx
• first_known_enum_value() : adperl.cxx
• first_non_ascii_char() : TreeWrite.cxx
• first_page : arb_a2ps.c
• first_searchkey_changed_cb() : db_query.cxx
• firstChar() : arb_help2xml.cxx
• firstCharOfAwarOrDefault() : saicalc.cxx
• fit_pages() : AWT_canio.cxx
• fit_pages_cb() : AWT_canio.cxx
• FITNESSSCALEFACTOR : MultiProbe.hxx
• fix_aligned_data() : GDE_event.cxx
• FIXED_ARGS_WANTED : arb_calc_pvp.cxx
• fixed_range_offset() : ValueTuple.cxx
• FIXEDMOD : AW_xkey.cxx
• fixfun : NT_userland_fixes.cxx
• fixmatchchar : ureadseq.c
• FL_CONTINUED : Importer.h
• FL_CONTINUED_QUOTE_CLOSED : Importer.h
• FL_META_CONTINUED : Importer.h
• FL_META_QUALIFIER : Importer.h
• FL_QUALIFIER : Importer.h
• FL_QUALIFIER_NODATA : Importer.h
• FL_QUALIFIER_QUOTE_OPENED : Importer.h
• FL_QUALIFIER_QUOTED : Importer.h
• FL_START : Importer.h
• flag : f2c.h
• flag_2_type : probe_tree.h
• flag_callback() : UnitTester.cxx
• FLAG_FREE_BITS : probe_tree.h
• FLAG_FREE_BITS_MASK : probe_tree.h
• flag_header_spec : ED4_terminal.cxx
• FLAG_MUTEX : TestEnvironment.cxx
• FLAG_SIZE_REDUCTION : PT_prefixtree.cxx
• flag_spec : ED4_terminal.cxx
• FLAG_TYPE_BITS : probe_tree.h
• FLAG_TYPE_BITS_MASK : probe_tree.h
• FLAG_WIDTH : ED4_main.cxx , ed4_defs.hxx
• flagDir() : TestEnvironment.cxx
• flags : probe_tree.h
• FLAGS_DIR : UnitTester.hxx
• FLAGS_EXT : UnitTester.hxx
• FLAT_GRAPHIC_PADDING : AW_button.cxx
• float_cmp() : arbtools.h
• float_diff_2_cmp() : arbtools.h
• float_shift_factor() : adlang1.cxx
• flush_cache_entry() : adcache.cxx
• flush_taxonomy_cb() : adlang1.cxx
• flush_taxonomy_if_new_group_cb() : adlang1.cxx
• FLYMITO : di_protdist.hxx
• fnextch() : mkptypes.cxx
• fold_line() : arb_a2ps.c
• folding : arb_a2ps.c
• font_base : RNA3D_OpenGLGraphics.cxx
• FONT_BUTTON_LEN : AW_preset.cxx
• FONT_EXAMINE_MAX : AW_xfont.cxx
• font_has_fixed_width() : AW_preset.cxx
• FONT_STRING_PARTS : AW_xfont.cxx
• fontinfo_awarname() : AW_preset.cxx
• fontname_awarname() : AW_preset.cxx
• fontsize : arb_a2ps.c
• fontsize_awarname() : AW_preset.cxx
• fontweight : arb_a2ps.c
• foo : readseq.c
• FORBIDDEN : arb_proto_2_xsub.cxx
• force_group_update() : ED4_root.cxx
• force_in_range() : arb_algo.h
• FORCE_WEIGHTED_ESTIMATION : AW_status.cxx , arb_progress.h
• FOREND : glpng.c
• forget_cached_column_stat() : ED4_colStat.cxx
• FORGET_CBS : GEN_graphic.hxx
• Format : fun.h
• format() : adlang1.cxx , insdel.cxx
• format2name() : fconv.cxx
• format4design : PT_new_design.cxx
• FORMAT_2_OUT : gb_aci_impl.h
• format_to_alilen() : insdel.cxx
• FormatAction : AWTI_edit.cxx
• FormatReaderPtr : reader.h
• formats : readseq.c
• formatstr() : readseq.c
• formatted() : aisc_proto.h , aisc_commands.c
• FormatTesterPtr : AWTI_edit.cxx
• FormatType : AWTI_edit.cxx
• formname : readseq.c
• FORSTART : glpng.c
• FORWARD_FORMATTED : arb_msg_fwd.h
• FORWARD_FORMATTED_NORETURN : arb_msg_fwd.h
• FORWARD_STRAND : ED4_ProteinViewer.cxx
• FORWARD_STRANDS : ED4_ProteinViewer.cxx
• found__ATTR__ : mkptypes.cxx
• FoundGroupCIter : group_search.h
• FoundGroupContainer : group_search.h
• FoundGroupIter : group_search.h
• foundin() : mkptypes.cxx
• FP_FILTER : adlang1.cxx
• FP_MODIFY : adlang1.cxx
• fputc() : UnitTester.cxx
• fputs() : UnitTester.cxx
• fputs_len() : util.cxx , prototypes.h
• fracchange : arb_dnarates.cxx
• Fragment : align.cxx
• Frand : frand.h
• free_action() : AW_root.cxx
• free_arb_params() : servercntrl.cxx , servercntrl.h
• free_cached_taxonomy() : adlang1.cxx
• free_dtree() : adoptimize.cxx
• free_gbm_table() : admalloc.cxx
• free_hit_description() : db_query.cxx
• free_insDelBuffer() : insdel.cxx
• freeBlock : mem.h
• freeBlock_() : mem.h , mem.cxx
• freeExcludedSymParts() : mkptypes.cxx
• freeFrand() : frand.c , frand.h
• freeGbdByKey() : admap.cxx
• freeIsland() : align.cxx
• freeMatrix : mem.h
• freeMatrix_() : mem.h , mem.cxx
• freeRequiredSymParts() : mkptypes.cxx
• freeRNS() : rns.c , rns.h
• freeSpeciesConcatenateList() : NT_concatenate.cxx
• freeSpeciesMergeList() : ED4_no_class.cxx
• freeSpreading() : spreadin.c , spreadin.h
• freeSymParts() : mkptypes.cxx
• freeTree() : arb_dnarates.cxx
• freeTreeNode() : arb_dnarates.cxx
• freextip : arb_dnarates.cxx
• freqa : arb_dnarates.cxx
• freqar : arb_dnarates.cxx
• freqc : arb_dnarates.cxx
• freqcy : arb_dnarates.cxx
• freqg : arb_dnarates.cxx
• freqgr : arb_dnarates.cxx
• freqr : arb_dnarates.cxx
• freqsfrom : arb_dnarates.cxx
• freqt : arb_dnarates.cxx
• freqty : arb_dnarates.cxx
• freqy : arb_dnarates.cxx
• FROM_IMPORTER : NT_edconf.cxx
• FROM_MANAGER : NT_edconf.cxx
• FSet : ps_eval_candidates.cxx
• fst_list : ClustalV.cxx
• FT_EXPORT : AWTI_edit.cxx
• FT_IMPORT : AWTI_edit.cxx
• ftnint : f2c.h
• ftnlen : f2c.h
• fts_filesel_changed_cb() : xfergui.cxx
• ftwrite_aligned() : admap.cxx
• ftwrite_unaligned() : admap.cxx
• fulfills : test_unit.h
• FULL_NODE : adoptimize.cxx
• fullMacroname() : adtools.cxx
• FULLNAME_LEN_MAX : names.cxx
• FullNameMap : arb_gene_probe.cxx
• FUNCTION_TYPE_ATTR : attributes.h
• FUNINFO : TestEnvironment.cxx
• fViewAngle : RNA3D_OpenGLEngine.cxx