- u -
- udata()
: POS_TREE1
, POS_TREE2
- unAim()
: TargetGroup
- unalign_op()
: unalign_op
- unassignFromKey()
: Dict
- unbind_from_species()
: AP_sequence
, MostLikelySeq
- uncolorize()
: AP_tree
- uncompressed_size()
: GBENTRY
- undefine()
: ALI_MAP
, LinePart
- undefined()
: ValueTuple
- under_construction()
: SEC_root
- unfold()
: AP_tree_folding
, ED4_group_manager
- unfulfilled()
: arb_test::match_expectation
- unhash_sequence()
: FINAL_TYPE< SEQTYPE >
- unhide_children()
: ED4_manager
- unindent()
: output
- uninstall_tree_changed_callback()
: AWT_graphic_tree
- uniq()
: CharPtrArray
- UniqueNameDetector()
: UniqueNameDetector
- unit_left_of()
: AliData
, AliDataSlice
, FINAL_TYPE< SEQTYPE >
, LazyAliData
, TypedAliData< T >
- unit_right_of()
: AliData
, AliDataSlice
, FINAL_TYPE< SEQTYPE >
, LazyAliData
, TypedAliData< T >
- UnitPtr()
: UnitPtr
- unitsize()
: AliData
, AliDataSlice
, FINAL_TYPE< SEQTYPE >
, LazyAliData
, TypedAliData< T >
- UnitTester()
: UnitTester
- unkeelGroup()
: TreeNode
- unknown()
: TreeRelativePosition
- unlink()
: AP_tree_edge
, AW_awar
, awt_linked_to_item
, FINAL_TYPE< SEQTYPE >
- unlink_awars_from_DB()
: AW_root
- unlink_from_DB()
: AW_awar
, TreeNode
- unlink_from_father()
: TreeNode
- unlink_from_parent()
: ED4_base
- unlinkAllEdges()
: FINAL_TYPE< SEQTYPE >
- unlinkFromDB()
: ARB_seqtree_root
- unload()
: DI_MATRIX
- unlock()
: ArbRefCount
- unmap()
: AW_awar
- unmark_all()
: BranchWindow
- unmarked()
: ARB_tree_info
, AWT_graphic_tree_group_state
- unregisterAll()
: AW_font_group
- unrestrict()
: FamilyFinder
- unrestrictMatchesToRegion()
: PT_Traversal
- unset()
: AP_sequence
- unset_at_commands()
: AW_window
- unsplit_loop()
: SEC_root
- untie_all_widgets()
: AW_awar
- unundefine()
: ALI_MAP
- unusedEdgeIndex()
: FINAL_TYPE< SEQTYPE >
- update()
: ali_aligner_dellist
, ARB_timestamp
, ArbTcpDat
, AW_awar
, AW_selection_list
, SearchSettings
- update_all_fonts()
: AW_gc_manager
- update_base_count()
: SEC_region
- update_bases()
: ED4_manager
- update_bases_and_rebuild_consensi()
: ED4_manager
- update_border()
: ali_aligner_last_cell
- update_button_text()
: RegFieldSelection
- update_buttons()
: RegFieldSelection
- update_cluster_selection_list()
: ClustersData
- update_colors()
: gc_range
- update_consensus()
: ED4_manager
- update_date()
: GBDATA
- update_description()
: Cluster
- update_display()
: MatrixDisplay
- update_display_as_requested()
: AWT_graphic_exports
- update_empty_branch_behavior()
: BootstrapConfig
- update_explicit()
: ScrollSynchronizer
- update_field_content()
: AWT_configuration
- update_field_selection_list()
: AWT_configuration
- update_from_awars()
: AP_userdef_matrix
- update_gauge()
: ArbProgress::nestable
, FINAL_TYPE< SEQTYPE >
, initial_progress
, null_progress
- update_gc_color()
: AW_gc_manager
- update_gc_font()
: AW_gc_manager
- update_group()
: GroupBuilder
- update_group_id()
: ED4_multi_species_manager
- update_implicit()
: ScrollSynchronizer
- update_input_field()
: AW_window
- update_label()
: AW_window
- update_leaf_counters()
: FINAL_TYPE< SEQTYPE >
- update_left()
: ali_aligner_last_cell
- update_ml_likelihood()
: ST_ML
- update_option_menu()
: AW_window
- update_parent_gauge()
: ArbProgress::nestable
- update_pos_no()
: List< Type >
- update_range_gc_color()
: AW_gc_manager
- update_remap()
: ED4_root_group_manager
- update_requested_by_child()
: ED4_manager
- update_requested_children()
: ED4_base
, ED4_manager
, ED4_multi_species_manager
, ED4_terminal
- update_scaler()
: AW_window
- update_scrollbar_settings_from_awars()
: AW_window
- update_scrolled_rectangle()
: ED4_window
- update_settings()
: AP_DefaultTreeShader
, AP_TreeShader
, NT_TreeShader
- update_shown_positions()
: SEC_db_interface
, SEC_root
- update_structure()
: AWT_graphic
, AWT_graphic_tree
- update_subtree_information()
: AP_tree
- update_target()
: AW_awar
- update_targets()
: AW_awar
- update_text_field()
: AW_window
- update_timers()
: AP_tree_root
- update_toggle()
: AW_window
- update_toggle_field()
: AW_window
- update_translation()
: SEC_bond_def
- update_up()
: ali_aligner_last_cell
- update_window_coords()
: ED4_window
- update_world_coords_cache()
: ED4_base
- updateBestChild()
: PS_Candidate
- updateResults()
: ArbMatchResultsManager
- upper_edge()
: AW::Rectangle
- upper_left_corner()
: AW::Rectangle
- upper_right_corner()
: AW::Rectangle
- use_as_remark()
: TreeNode
- use_nrepeat()
: ED4_Edit_String
- use_position()
: AP_filter
- usec_since()
: ARB_timestamp
- UsedColor()
: UsedColor
- useFieldTracker()
: GBL_call_env
- useraction_done()
: AW_cb
- useraction_init()
: AW_cb
- UserActionTracker()
: UserActionTracker
- UserFrame()
: UserFrame
- UserlandCheck()
: UserlandCheck
- uses_rel_matches()
: FamilyFinder